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R画图的一些代码实例
xbinbzy 2016-1-11 13:56
R语言画网络图: http://www.aiweibang.com/yuedu/55102976.html R语言画Polar图: http://oicweixin.com/detail/666376 一行R代码画图,主要介绍利用R的一些来进行可视化的操作: http://www.open-open.com/lib/view/open1448369109907.html
个人分类: R语言画图|4902 次阅读|0 个评论
水稻纹枯病菌蛋白质互作网络构建与预测
zhengaiping 2014-6-10 13:59
近期完成对水稻纹枯病菌蛋白质互作网络构建与预测及相关工作: 1 、使用同源映射法和结构域相互作用的方法预测水稻纹枯病菌的蛋白质互作网络图。运用果蝇、线虫、人类、酵母蛋白实验互作网络数据,通过整合两种预测方法的重叠数据(同源映射中 Inparanoid 算法的可信度分值大于 0.5) 构建含 1,773 个蛋白的 6,705 对互作蛋白网络。 2. 通过 GO 注释、基因共表达和酵母双杂交方法评估纹枯病菌蛋白质互作网络具有较高可信度。 3. 对 PHI 、分泌蛋白、水解酶、信号传导网络中 Core 基因进行互作分析,预测到互作致病功能候选基因。 4. 比较 Necrotroph 和 Biotroph 病原菌的互作模式,发现与致病相关的差异互作调控。 5. 从网络中验证到与致病密切相关的预测转录因子。 相关内容近期发表在: J. Proteome Res. http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021%2Fpr500069r
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这些年的生物奋斗
gaihua559 2014-1-2 12:41
有时还会想起高三填志愿的时候,选择生物学,是因为这一块是个大黑洞,最有潜力获得大的突破。同时也想去找到延长寿命的方法,因为有个梦想,可能需要几百年的时间。 至于生物是不是个合理的选择,当时倒没有考虑。甚至看到说21世纪是生物的世纪,也只是心中稍微暗喜而已,说明自己的选择也许是对的。至于本科后觉得21世纪下半页才是学生物人的世纪,已是后话了。最牛逼的是,压根不知道报的山大是不是还行,后来看看排名,在国内也有十几的样子,就凑合凑合吧。 浑浑噩噩度过了四年本科,最终靠调剂才混到研究生,也算是很失败的。初遇研究生导师,当时说既可以做实验,又可以玩计算机,想都没想就答应了。这个才是真正的大交叉学科啊!记得初中时候就想过,若把各门学科交叉借鉴一下,定有大发现。 想来这就是了。导师让我写写自己的想法,然后洋洋洒洒的写了一页纸。核心就是想建立一个生物调控的网络图,最好能够定量化各个因子,能够实时模拟这些因子变化的动态图。 成千上万的各类分子,以及加上时间轴的分子动态变化,花费四五年时间,连蛋白质中的一种也还没有理解好,注定我从分子结构入手的尝试以失败告终。而此时,与我的调控网络计划,还相差甚远。 然后博士还延期了半年,对内心骄傲的我,也算是一个打击。 想想还有好多美好的人生,再不能把自己往这个坑里填了,风险系数实在太大。于是,找工作的时候,基本决定往公司方向发展。当然,也给高校发了一份简历;还在同学的推荐下,投了一份博后的简历。是继续科研,还是混混商场,就看天意了。 在北京公司实习的时候,觉得不甚顺利,谈待遇都不好开口。于是决定去南方一家新公司,毕竟待遇还不错。而投的高校,虽然最后给我面试机会了,只是已然答应去南方公司了,就回绝了。其实还是想去东北看看那所高校,因为没去过东北,有些遗憾。阴差阳错,在学车快结束,准备收拾装备,去公司报到的时候,博后的offer到了。那就出去吧,虽然师姐早就说过,国外的博后生活很苦逼。 又是一个相对陌生的领域,当然也可能是未来十数年的衣食所在,NGS。为了饭碗果断放弃蛋白质结构模拟。不过,最近终于感觉到,调控网络在向我招手,定性、然后定量,最后形成一套规范的方程式 ,虽然很理想、困难重重,不过,这就是最初的理想。 有时逛逛MITBBS,说起生物博后的千般万般的悲苦,于是想想,人生不过如此,何必那么认真?科研不是全部,抓紧时间,真正的生活才是王道。期待新的一年里能够找到女友,32岁之前把终身大事解决了!
个人分类: 生活点滴|3617 次阅读|0 个评论
[转载]PNAS:科学家绘制灵长类动物—寄生虫网络图
qujiangwen 2013-6-19 15:18
PNAS:科学家绘制灵长类动物—寄生虫网络图 2013-05-13 来源:科技日报 大多数感染人类的新兴传染病(EIDs)都来源于动物,但在这些人畜共患病感染人类之前,科学家很难把它们识别出来。因此要控制监视这类疾病,找出高风险宿主至关重要。 最近,西班牙格拉纳达大学和美国哈佛大学的科学家开发出一种网络学预测工具,能预测哪种动物最可能把EIDs传染给人类。相关论文发表在《PNAS》杂志上。 用网络研究来预测疾病传播已不新鲜。流行病学家能通过社会网络了解不同人群之间的联系,靠这些信息预测传染病会怎样传播。环境科学家也能通过物种之间的网络图,描述它们彼此之间的互相交往。一些动物会携带寄生虫,而寄生虫会携带病原体。研究小组就是用共同寄生虫把它们的宿主动物连接起来,把携带病原体的动物和种间疾病传播联系在一起,作为一种网络工具来研究、预测寄生虫病和未来EIDs的源头。 格拉纳达大学的何塞·M·戈麦斯和研究小组检查了140种非人类灵长类宿主所携带的300种寄生物种,把同一寄生物种所寄居的不同动物连接起来,构建了一种宿主—寄生物网络。研究集中在非人类灵长目动物,是因为它们与人类亲缘关系较近,并有相同的栖居地,因此它们身上的寄生虫也最可能传给人类。 他们发现,共同携带了大部分寄生虫的寄主动物,处于网络的中心位置。这些寄主动物往往在地理分布上也很广泛,生活在大型的且密度较大的社会性动物群中,这种环境也增加了它们与其他物种之间互动的可能性。这些“超级传播者”的嫌疑是最大的,携带的寄生虫与人类更相似,最可能引发EIDs感染人类。 与人类关系最近的猿类和一些传染病源,如HIV(人类免疫缺陷病毒)、疟疾、黄热病等处在网络中心位置,然而,狒狒、猕猴、松鼠猴、吼猴和长尾猴也出现在网络中心。 戈麦斯和研究小组建议,科学家可以密切关注那些高密度社群动物和地理分布广泛的动物,以帮助抵御下一次疾病大流行,并对“超级传播者”进行病毒测试,检测那些变异率高的病毒,病毒变异率越高,感染其他物种的机会越大。 研究人员还指出,这种方法并不局限于灵长类动物,其他动物包括鸟类、猪、蝙蝠和啮齿类动物,也能作为EIDs的源头。网络工具有助于识别出所有能向人类传播疾病的高风险物种。 原文检索: José María Gómez, Charles L. Nunn, and Miguel Verdú. Centrality in primate–parasite networks reveals the potential for the transmission of emerging infectious diseases to humans . PNAS, May 7, 2013; doi: 10.1073/pnas.1220716110 在最新一期(4月22日)《美国国家科学院院刊》(PNAS)杂志上,来自西班牙格拉纳达大学,哈佛大学的研究人员发表了题为“Centrality in primate–parasite networks reveals the potential for the transmission of emerging infectious diseases to humans”的文章,解析了人感染传染病的传播潜力,提出了一种可以预测新发传染病如何从动物向人类传播的风险,这也许有助于解析H7N9病毒的来源。文章表示,大多数人体内新发传染疾病(emerging infectious diseases,EIDs)起源于动物,但是这些动物传染源往往直到疾病出现之后才会被发现。因此识别高风险宿主对于控制和监控这些疾病的发展就至关重要了。在这篇文章中,研究人员通过分析两者共有的寄生虫,利用一些网络工具将患有同种寄生感染的宿主连系了起来。研究重点放在非人类灵长类动物身上,因为它们是许多人类新发病原体的重要来源。针对300种寄生物种的140个灵长类宿主的记录,研究人员构建了一个宿主-病原体相互作用网络,这300种寄生物种包括病毒、细菌、寄生虫、原生动物、节肢动物和真菌。研究人员又进行了检测,分析宿主网络中心是否与宿主作为一个潜在EID来源有关,结果他们发现在这个网络中更加居于中心位置的灵长类拥有更多的寄生病原体,包括此前被证明是新发传染病的病原体。更重要的是,研究人员还发现,更靠近中心位置的灵长类也倾向于生活在高密度的群体中,而且有较大的地理范围,这是寄生感染和传播的关键预报因子,并且并且携带着类似存在于人类体内的寄生群落。 因此研究人员提出,位于这个网络的中心位置的非人类灵长类动物与人类共享传染病的可能性高,这提示向心性可能有利于在疾病爆发前预测传染病在灵长类动物和其他生物中出现。关于H7N9禽流感,近期荷兰和中国研究人员分析H7N9禽流感病毒后发现,病毒基因正在低调、神秘地广泛传播,并出现基因变异。而且未来可能继续变异,暴发人传人大规模疫情的风险变得更大。有研究人员将H7N9病毒数据与2003年在荷兰禽类和人类大规模暴发的H7N7病毒以及1999年和2000年在意大利禽类中大规模暴发的H7N1病毒作了比较。结果发现H7N9病毒肯定已经广泛传播,并实现了基因多样化。病毒已经完成了一些演变,且未来可能继续变异,推高大规模人际感染的风险。 http://www.imicams.ac.cn/news/shownews.aspx?id=4488
个人分类: 新发传染病|2084 次阅读|0 个评论
解决单倍型网络图软件TCS1.21.jar打不开的难题
热度 1 Bearjazz 2012-11-22 16:03
解决单倍型网络图软件 TCS1.21.jar 打不开的难题 熊荣川 xiong rongchuan 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 之前我们讲过“绘制基于分子数据的 TCS 网络图的基本步骤” http://bbs.sciencenet.cn/blog-508298-505843.html 但是,常常会遇到打不开软件“ TCS1.21.jar ”的情况。一般来说 jar 格式的程序是基于 java 虚拟平台运行的应用程序,简单的说就是你的机器必须装有 JDK 软件,你可以到 sun 的官网上去下载 http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html 然后,情况是即使你装了 JDK 之后,可能还是打不开。那么你要做的就是两件事情: 为了图文并貌,请下载pdf文件观看 解决单倍型网络图软件TCS1.21.jar打不开的难题.pdf 首先,设置“环境变量”中的“路径” 如果你的系统是 win7 ,可以按以下步骤设置 打开控制面板后,点选“系统和安全” 然后选择“系统”——“高级系统设置” 弹出选项卡 选择右下角的“环境变量” 在弹出来的新选项卡中,有两个窗口,一个是用户变量,一个是系统变量 找到用户变量的路径“ Path ”,双击 将你的 java 安装路径复制到变量值的前面,以分号“;”和其它路径隔开 例如我的安装路径为“ C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_02\bin; ……” 修改后点“确定” 这样环境变量就修改好了 第二步 在你的 TCS1.21.jar 所在的文件夹中用记事本新建一个 bat 命令文件“ Bear-TCS1.21.bat ” 内容如下 java -jar TCS1.21.jar 双击“ Bear-TCS1.21.bat ”后, TCS1.21.jar 就开始运行了。 好了,就这么简单,祝你科研愉快。
个人分类: 我的研究|8756 次阅读|1 个评论
制度的若干思考
热度 1 yanghualei 2012-7-31 22:49
看制度体系或者一制度看做一含有节点和连接的网络图,而节点间的连接,或者称为网络的边是制度路径,即制度告诉行子的行为路径,而行子是否走这条制度路径,即是否按照制度路径去行为,还是重新构造行为路径,取决于其成本和收益。 在行为空间上任给一群节点和节点之间的任意连边,就给出了一制度或者制度体系。一个网络图代表实现一群行为目标的一个制度或者一个制度体系,但任两个节点之间的行为路径,或者是制度行为,或者说成制度路径,并不意味是实现从一初始目标到一最终目标的最优的行为路径或行为,或者说成是连接网络上两个行为目标的最短路。
个人分类: 交叉科学|2866 次阅读|5 个评论
物流沙龙(www.logclub.com)关系网络图
热度 1 panyok 2011-3-17 22:47
物流沙龙(www.logclub.com)关系网络图
最近开始研究复杂网络,请大家看看logclub的关系网络图谱。 图中数据为前七千多个好友的连接数据,其中一些特征数据为: 网络图展现:
个人分类: network|3055 次阅读|3 个评论
[转载]项目管理中“网络图和时差分析”例题
zhaopei 2010-8-26 16:43
考核点:关键路径、总时差、自由时差、赶工 项目管理中网络图和时差分析例题
个人分类: 3G工程与管理策略|3463 次阅读|0 个评论

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GMT+8, 2024-6-1 19:48

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