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核酸检测3
Mech 2020-10-27 22:52
在《 核酸检测 2 》中,曾表达一个小愿望,“事不过三,希望不用再检验核酸了。”这个小愿望还是没有实现。真如宋人诗句所谓,“不如意事常八九,可与人言无二三。”这首诗和作者都不太有名,但钱锺书在《宋诗选注》中引用过。还是需要第三次检测。外出参加会议,正好是主办单位负责人,实在是非去不可。赶上些情况,要进校就需要检测核酸。当时看到有病例的报道,赶紧去机场,午饭都没有吃。担心航班有变化。 医院来学校登门检测。在规定时间到规定地点的教师学生有二十多人。既然是在校园,教师优先。我是第二个受检者。看到前面那位老师龇牙咧嘴满脸痛苦表情,就有种很不好的预感。 预感很准!这次检测比前两次加起来还难受。前两次都是挖一个鼻孔,这次挖两个,而且挖得很深很认真。挖鼻孔前还有抠嗓子的环节,也不好受。 女儿长假里与小伙伴也去玩了。她正犹豫是不是也检测一下。问我的感受。简单说,就是虫虫在鼻子和嗓子里爬的感觉。女儿吓得不要检了。我安慰她,至少知道那些爬着的小虫子最终一定会离开。 检测的那个地方,办公楼腾空后着过一次火。或许一年多没有去过了。检测前和检测后拍些照片,《 上海大学延长校区重游新拍 》。这次是灭火重建后第一次去。有专人导引,免得出来时撞到玻璃上。真是有必要,鼻子嗓子很难受,影响大脑判断。 核酸检测 核酸检测 2
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科学随笔:核酸体外扩增及核酸检测那些事儿
热度 4 cherrylu1960 2020-6-18 13:39
在大自然这个天然实验室里,病毒无处不在,并不断进化,不知什么时候就会跳出来危害一下人类。人类对付病毒,首先要识别它,抓住它。 相比于细菌等微生物,病毒要小的多,一般只有50-100纳米,高倍的电子显微镜,也不容易看请它们的真面貌。但借助于分子生物学的检测手段,对它们进行寻踪早已不是难事。 严格来讲,病毒并不算是真正的生命,它们没有细胞结构,离开生命体不能自我复制,但具有复制生命所必须的核酸。人类不仅搞清了核酸这种特殊生命大分子的结构,及其在体内的作用方式,也掌握了在体外对核酸进行复制增殖操作的一些高超本领。 每种生命都包含不一样的遗传大分子,即核酸,或DNA, 或RNA,抓住了特异的核酸,就抓住了病毒。微量核酸抓着费劲,但借助复制它的神器,问题就容易解决了。 COVID-19疫情爆发,伴随核酸检测这个反复出现的名词和实际发生的事实,RT-PCR、qPCR这些专业术语也更多出现在公众的视野中。可能有必要稍微作些了解,消除一些误解。 学过相关专业知识的,PCR(聚合酶链式扩增反应)都不陌生,但对于普通人肯定不好理解,听名字就够难记的。其实也没有必要了解太多,记住扩增两个字就可以了,还有,这个过程需要一些特殊条件和酶的参与。 提起PCR这个技术,脑海中就会闪现“变性、退火、延伸”这些名词,以及相关画面。变性-退火-延伸也正是描述核酸体外扩增的基本过程。双链的DNA高温(93摄氏度)下变性,解链成单链,目的是让其与互补的引物DNA结合,退火(温度降到55摄氏度)后,模板DNA与引物根据碱基配对原则进行杂交。后边的延伸过程简单来说,就是在DNA聚合酶和中间反应原料(dNTP)的参与和稍高温度下,实现DNA连续的半保留复制。整个温度和酶控的过程,现在都可以由仪器自动完成,操作起来比较方便。 新冠病毒属于单链RNA病毒,不稳定,需要通过逆转录酶,以RNA为模板合成cDNA(从RNA到DNA反向转录的DNA),然后以其为模板,扩增合成目的片段,这就是人们所说的RT-PCR核酸检测技术(逆转录核酸扩增),这个技术在RNA病毒检测上应用比较广泛,扩增后结合探针(一段人工合成的碱基序列)荧光标记(qPCR)等,就可以准确识别靶标。 应该说,PCR技术已经不算什么新玩意儿,从上世纪八九十年代开始,技术已逐渐成熟,更好用的工具酶的不断发现和筛选,加上技术的不断改进,大面积应用也有几十年时间。我们熟悉的亲子鉴定,通过DNA比对锁定罪犯,还有DNA考古,等等,都离不开PCR这个超级神器。抓个病毒更不在话下了。 基于PCR的核酸检测也不是什么很新鲜的技术。但的确,只有在这次不同寻常的疫情爆发后,它才真正进入大众的视野。 涉及大量人群的病毒病源学检测,使得核酸检测这几个字不断深入人心。病毒核酸,阴性还是阳性,希望和失望,从来没有像今天这样牵动着人们的神经。记得2003年SARS时,媒体并没怎么提到需要通过核酸检测作为确诊依据,主要原因是SARS的症状比较典型,通过临床症状和影像学检查,基本就可以定性,不需要借助病源学检测这个武器。关键是,SARS没有这么多隐形感染者。 追踪病毒的还有另一种方式,即血清免疫学检查,需要采血测抗体,主要看以往感染的情况,结果的不确定性相对复杂,抗体产生的滞后,也需要发病后一段时间才能检测到。核酸检测看起来相对单纯,只要能搞到含有病毒核酸的微量样本,只要是合格的试剂,规范的操作,抓住病毒的概率就应该比较高,所以,利用RT-PCR技术进行病毒核酸检测,特异性应该没有大问题(不需要整个的核酸,只需要其中一个片段,即靶标,就可以了)。至于灵敏性保证,看具体情况。 人们普遍关心假阴性的产生,一方面与样品受限有关(没有取到有病毒或者病毒载量过低的组织样本),或者试剂不太合格,灵敏度低,如造成逆转录的起始DNA含量太低。还有人提出,如果病毒变异了,正好涉及那段靶标,也可能检测不出来,但我觉得这种可能性不大。据知情人讲,我们的检测试剂有很多种,大多数是靠得住的。不合格的试剂能随便上市应用吗?估计很快被淘汰了。 当然,通过核酸检测可以确认病毒的存在,至于它是不是活着(具有感染力),还无法判断。所以要结合临床症状和其他检查来确定。 COVID-19,较多的无症状和不典型症状人群的存在,真的让核酸检测在疫情防控和患者确诊中发挥了史无前例的作用。如果没有核酸检测这个武器,无法及时筛查到感染人群,不能采取有效干预手段,结果可想而知。 人类科技的进步,总会在对抗疾病,对抗自然界敌人入侵中发挥越来越重要的作用。相信科学,依靠科学,我们一定可以找到更多与大自然抗衡的有力武器,当然,我发自内心的想法是,最好,我们能找到更多方法,与大自然和谐相处,不要有太多的杀戮。我们能做到吗?
个人分类: 科普文章|8541 次阅读|11 个评论
回国核酸检测通过了是否就不用统一参加14天隔离了?
kd652 2020-4-24 12:29
刚才看到一则消息: https://mp.weixin.qq.com/s/AAL8p7R_gz2-wMMIUZPNKQ 沿续过去几个月超大规模和超严厉的禁足闭户措施,经济难以承受。 时至今日,我们的航线仍在维持 3 月 27 日起的“国内每家航空公司经营至任一国家的航线只能保留一条,且每条航线每周运营班次不得超过一班;外国每家航空公司至我国的航线只能保留一条”。简称“五个一”:一个航空公司一个国家只能有一条航线,且一周只限一个航班。 同时进入北京都还必须隔离 14 天。 国内国际商务活动中的人员往来因此基本停顿。留学生和滞留海外的人员回国已经形成怨声载道的堰塞湖现象,机票奇贵且乱象叠出。 对复工复学人员统一进行免费核酸检测。能发现新冠病毒感染者,那么回国人员核酸检测通过了是否就和普通国人一样乘国内航班车船回家了? 请明白人回答一下。
个人分类: 生活点滴|168 次阅读|0 个评论
疫情一线专家回顾“走出至暗时刻”经验——多学科救治是治疗核心和成功保障
kexueren07 2020-3-9 16:12
抗击新冠肺炎,中国正在走出疫情“至暗时刻”。上海的治疗方案里,特别提到多学科救治是治疗的核心和救治成功的保障。 3 月 7 日下午,由医道、华山感染和医界共同组织的主题为“走出至暗时刻”的首届新冠肺炎多学科论坛直播在线进行。呼吸病学家钟南山院士、感染病专家张文宏教授、流行病学家曾光教授、传染病学家李太生教授、病毒学家金冬雁教授、呼吸病学家周新教授、医院管理专家马昕教授、精神卫生学家刘铁榜教授等 8 位身处疫情一线的顶级专家深度分享、理性反思本次疫情救治过程中的经验与体会,并就国内外疫情形势、疾病诊断治疗方法、复工复产等问题和公众展开了积极探讨。 社会需要可持续的有效控制 中国疾控中心流行病学首席科学家曾光教授表示,现在说“走出疫情至暗时刻”,对中国是合适的,因为中国 目前的确看到了向好的趋势。湖北省除武汉之外,其他地级市新冠肺炎确诊患者人数已接近国内其他城市。现在病人从发病到确诊的时间,武汉以外是 1 天,武汉也已从之前的十多天减少至 7 天。医院已从病人不能及时就诊到出现了“床位等人”的现象。他预计 3 月武汉的日新增确诊人数有望从两位数降到一位数,接近国内其他城市。但就全世界范围来说,有些国家才刚刚开始走进“至暗时刻”。各国都在试图寻找适合自己社会特征的抗疫道路,措施有所不同并非不能理解。截至论坛当天,中国有一半的县、区从来没有出现过一例新冠病人,有 7 个省的疫情防控响应级别从一级降到了二级,有 9 个省从二级降到了三级,虽然还有十四五个省仍处在一级响应,渐渐回归正常的生产生活已经可期。曾光认为,社会需要的是在推进工作的同时,做到可持续的有效控制。 系统性疾病需多学科合作治疗 复旦大学附属华山医院感染科主任张文宏教授介绍,各个国家疫情所处的阶段不同,采取的方案也不同。美国目前大致是走一步看一步,中国已基本将疫情控制下来了,接下来要加强控制输入型病例。考虑到超级传播者的存在可能,为了将风险降到最低,仍然要对病人进行严格的筛查。但就医院而言,如果长期不复工,很多患其他疾病的病人无法前往诊治,风险其实也很高,因此,医院开工迫在眉睫。目前对新冠肺炎的诊断方法已经不只有一种,而有多种,理论上,如果医院保持对病人的常态监测,哪怕有个别感染新冠病毒的病人漏进医院,医院也能够在第一时间将其检测出来。迄今还缺乏的是循证医学等级非常高的抗病毒药物,接下来会加紧筛选。疫苗的研制至少需要一年,国产的疫苗如果今年底能够生产出来,需要使用的病人应该已经很少,主要还是为未来准备的。对于免疫力特别低下的人群,如小孩、老人,建议积极地寻求疫苗的保护。据曾光教授介绍,老年人一般至少患有一种慢性疾病,香港一项对几万发烧老年人连续 500 天的观察显示,他们中未接种过疫苗的死亡率比接种疫苗的要高 40% 。 张文宏教授还指出,新冠肺炎不是肺炎,而是整个系统的疾病。根据上海近期对 300 多例病人的治疗情况来看,轻症病人用到多学科治疗的少一些,针对危重症病人的救治,肯定需要感染、呼吸、 ECMO 、心血管、肺栓塞等多学科团队的合作,目前看来,救治成功率还是比较理想的。现在面临的一个大问题是:如何鉴别新冠肺炎和由其他疾病引起的病毒性肺炎。 全球范围内控制疫情发展仍是挑战 香港大学李嘉诚医学院生物医学学院分子病毒学教授、美国微生物科学院院士金冬雁认为,总体来说,国内对病毒传播的控制取得了一定成效,但基于世界上已出现伊朗、意大利等新的疾病爆发点,在全球范围内控制住疫情发展目前看来还很有挑战性。 现在看来,超级传播者肯定存在。日本钻石公主号邮轮上的病毒传播、香港几个大的聚集性感染案例,以及韩国新天地教会成员的感染,很可能是由超级传播者导致的。超级传播者的传播力高除了病毒载量大以外,传播者本身也是一个重要的放大因素。虽然超级传播者是小概率的,但一旦出现,会有一发不可收拾的可能,所以大家仍需要多加小心。 金冬雁还指出, 新冠肺炎病人中大约有 8 成是轻症,与普通流感很难区分,这也对控制疫情具有一定的挑战性。病毒是否会持续变异,其在后续传播中的传播力是否有所减弱,需要进一步的流行病学分析。 深圳市康宁医院院长、深圳市精神卫生中心主任刘铁榜教授 提出,在方舱医院、隔离病房,精神心理专家要与其他专家在一个团队里,便于精神心理专家对所有队员的心理状况进行评估、监测、处理,及时提醒医疗队里的易感者撤下“火线”以保护自身健康。“这不是一个政治问题,这是一个专业问题。” 对此,张文宏教授补充说,进入负压病房后,凡是正常人都会产生心理恐惧和焦虑,这时心理医生一定要到位,避免病人出现病情以外的问题。 钟南山团队研发出新检测、诊断工具 由于工作原因未能亲身到现场的国家卫健委高级别专家组组长钟南山院士传来一段他与国外同行交流的视频在会场首发播出,其中介绍了作为核酸检测之外的一种确诊补充工具——即时的 lgM 检测试纸。该检测方法通过测流式免疫层析法实现,患者感染 7 天后或是出现症状 3 到 4 天后,即可检出 lgM 。此外,他介绍新开发的一种恒温扩增芯片可以实现同步对多个患者进行检测,并区分新冠病毒与 A 、 B 型流感及其它现存病毒。   上海交通大学附属第一人民医院呼吸与危重症医学科学学科带头人周新教授强调,在冬天流感流行的季节,一定不要忘记普通流感的存在。要重视区分新冠病毒肺炎和普通流感,以采取正确的对策。
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一份优秀的专利检索策略 新型核酸检测技术
xupeiyang 2010-12-3 15:25
博主看法:这是一份非常好的专利检索策略,全面、准确、科学、合理。信息检索质量是信息对比分析的基础,也是查新结论正确、可靠的保证。 检索内容: 新型核酸检测技术的研究 1、 利用 LAMP 技术鉴别诊断 MTB 和 NTM ,以及 NTM 分型的核酸检测试剂; 2、 利用多重荧光 PCR 技术同时检测 4 种(或以上)呼吸道病原体的试剂盒; 3、 利用 NASBA 技术检测呼吸道病毒的试剂盒; 4、 呼吸道标本核酸的提取和富集试剂盒 --- 利用 MDA 技术; 5、 SNP 位点分析:利用 LNA 荧光探针 PCR 技术检测肺炎支原体大环内酯耐药位点试剂盒; 6、 利用 FQ-PCR 技术检测呼吸道标本中曲霉菌的试剂盒; 7、 利用新一代深度测序方法: Ion Torrent 对结核分枝杆菌全基因组耐药位点分析。 文献检索范围及检索策略 文献检索范围 (一)检索国内下列有关专利文献检索系统 1. 国家知识产权局专利检索系统 1983 2010 年 2. 上海知识产权(专利信息)公共服务平台检索系统 1985 2010 年 (二)检索国外下列有关专利文献检索系统 3. ISI 德温特创新索引( Derwent Innovation Index ) 1981 2010 年 4. 美国专利商标局( USPTO ) 1981 2010 年 5. 欧洲专利局( esp@cenet ) 1981 2010 年 委托人提供的中英文关键词 中文 英文 1. 单分子扩增 MDA 2. 多重荧光 PCR Multiplex FQ-PCR 3. 核酸等温扩增 LAMP 4. 核酸序列依赖性扩增 NASBA 5. 锁核酸荧光探针 LNA 6. 离子激流测序 Ion Torrent 7. 肺炎 Pneumonia 8. 分枝杆菌 Mycobacterium 检索策略 中文 序号 检索表达式 1. 环介导等温扩增 OR LAMP 2. 结核分枝杆菌 OR MTB 3. 非结核分枝杆菌 OR NTM 4. 分型 OR 分类 5. 多重荧光聚合酶链反应 OR 多重荧光PCR OR 多重FQ-PCR 6. 呼吸道病原体 OR 肺炎支原体 OR 肺炎链球菌 OR 流感嗜血杆菌 OR 肺炎衣原体 OR 肺炎克雷伯菌 OR 金黄色葡萄球菌 OR 嗜肺军团菌 OR 大肠埃希菌 OR 绿脓杆菌 7. 核酸序列依赖性扩增 OR 依赖核酸序列的扩增 OR 核酸序列依赖的扩增 OR 核酸序列为基础的扩增 OR NASBA 8. 呼吸道病毒 OR 甲型流感病毒 OR 乙型流感病毒 OR 呼吸道合胞病毒 OR 腺病毒 OR ( 副流感病毒 and (I 型 OR 1 型 )) OR PIV-I OR PIV-1 OR ( 副流感病毒 and (II 型 OR 2 型 )) OR PIV-II OR PIV-2 OR ( 副流感病毒 and (III 型 OR 3 型 )) OR PIV-III OR PIV-3 OR 偏肺病毒 OR 细小病毒 9. 呼吸道标本 10. 重置换扩增 OR MDA 11. 锁核酸荧光探针 OR LNA 荧光探针 12. 肺炎支原体 AND 大环内酯 AND ( 耐药 OR 抗药 ) 13. 荧光聚合酶链反应 OR 荧光定量 PCR OR FQ-PCR 14. 曲霉菌 15. ( 离子激流测序 OR Ion Torrent) AND 结核分枝杆菌 AND ( 耐药位点 OR 抗药位点 ) 16. #1 AND #2 AND #3 17. #1 AND #3 AND #4 18. #5 AND #6 19. #7 AND #8 20. #9 AND #10 21. #11 AND #12 22. #9 AND #13 AND #14 检索策略 英文 序号 检索表达式 1. loop-mediated isothermal amplification OR LAMP 2. Mycobacterium tuberculosis OR M.tuberculosis 3. Nontuberculous Mycobacteria OR nontuberculous mycobacterial OR non-tuberculous mycobacterial 4. Classification OR type OR typing 5. Multiplex fluorescence quantitative PCR OR Multiplex fluorescent quantitative PCR OR Multiplex FQ-PCR 6. respiratory pathogens OR (mycoplasma pneumoniae OR mycoplasma pneumonia) OR streptococcus pneumoniae OR haemophilus influenzae OR (chlamydia pneumoniae OR chlamydia pneumonia) OR klebsiella pneumonia OR (staphylococcus aureus OR staphylococcal) OR legionella pneumophila OR escherichia coli OR pseudomonas aeruginosa 7. Nucleic acid sequence-based amplification OR nucleic acid sequence based amplification OR NASBA 8. respiratory virus OR respiratory viruses OR influenza a virus OR influenza b virus OR respiratory syncytial virus OR adenovirus OR parainfluenza virus OR PIV-I OR PIV-1 OR PIV-II OR PIV-2 OR PIV-III OR PIV-3 OR Metapneumovirus OR Parvovirus 9. respiratory tract specimen 10. multiple displacement amplification OR MDA 11. locked nucleic acid OR LNA 12. (mycoplasma pneumoniae OR mycoplasma pneumonia) AND macrolide AND (drug Resistance site OR resistant site OR drug Resistance sites OR resistant sites) 13. fluorescence quantitative PCR OR fluorescent quantitative PCR OR FQ-PCR 14. Aspergillus OR aspergilli 15. Ion Torrent AND (Mycobacterium tuberculosis OR M.tuberculosis) AND (drug Resistance site OR resistant site OR drug Resistance sites OR resistant sites) 16. #1 AND #2 AND #3 17. #1 AND #3 AND #4 18. #5 AND #6 19. #7 AND #8 20. #9 AND #10 21. #11 AND #12 22. #9 AND #13 AND #14
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