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人生如棋，棋如人生: 热度 2 wenbaolian 2013-11-20 11:20; 中国古代四大艺术：「琴、棋、书、画」之棋，指的就是围棋。《路史后记》中说尧娶妻富宜氏，生下儿子丹朱。丹朱行为不好，尧至汾水之滨，见二仙对坐翠桧，划沙为道，以黑白行列如阵图。帝前问全丹朱之术，一仙曰：「丹朱善争而愚，当投其所好，以闲其情。」指沙道石子：「此谓弈枰，亦名围棋，局方而静，棋圆而动，以法天地，自立此戏，世无解者。」。丹朱由尧处学了围棋，据说果真有了长进。按照这种说法，制造围棋，是为了开发智能，纯洁性情的。唐朝人皮日休在其《原弈》一文中则以为围棋始于战国，是纵横家们的创造。他的根据是，围棋「有害诈争伪之道」！可谓穿凿附会了。围棋发源于中国，始于尧舜，盛于唐，而现在，流行于中日韩。基本三国鼎立。我读大学时期，围棋在中国盛行，缘于中日围棋擂台赛将一小小的围棋提升为政治影响，聂卫平，成了一个时代的英雄——抗日英雄！新闻联播里专门播放围棋消息！我最早开始接触围棋，是在高三。乱下，没有章法，竟然在班里所向披靡，无人能敌！待上了大学，才知围棋之玄妙，一度刻苦钻研，与同学下棋，不舍昼夜！结果昏天黑地，同学们一个个被抓住——不及格，还好，竟让我逃了过来，我打趣说：古今不及格者今何在？唯有奕者留其名！大学毕业，也曾一度痴迷，收集了历年的围棋书籍，直到现在，我书柜里两层围棋书，两层美术书，两层专业书，两层杂书，虽不奕久矣，棋人棋事仍恍若眼前！中国棋手之中，值得一书的当属聂卫平。聂的棋——大气！聂卫平，1952年8月17日出生，河北深县人。中国围棋协会副主席兼技术委员会主任，中国棋院技术顾问。1982年被授予九段，1988年被中国围棋协会授予围棋“棋圣”称号。1999年被评为“新中国棋坛十大杰出人物”。四届中日围棋擂台赛中11连胜，是其个人颠峰时期，也为围棋在中国大陆的普及产生了重要影响。著有《我的围棋之路》、《聂卫平自战百局》等书，我手头就有聂的亲笔签名著作。聂早期上山下乡到了北大荒，在荒蛮的北大荒，也不忘研习围棋，正是在那种艰苦的环境下，造就了聂卫平顽强的心理素质，一望无际的北大荒，让聂的棋气势恢宏，连续三届擂台赛的胜利，将聂推向了中国棋坛的顶峰，聂具有独特的大局观，宇内独步一时！擂台赛的胜利也推动了这项运动的普及，中国围棋自此兴盛！日本棋手中，当推赵治勋！赵的棋——顽强！赵其实不能算日本人，至少不是纯粹的日本人，旅日韩人。赵治勋，1956年出生于韩国釜山。1962年8月，赵治勋六岁时在叔父赵南哲带领下赴日本，入木谷实九段门下学弈。1968年11岁时入段，同年升二段，1981年晋升为九段。是日本棋院中晋升九段时年龄最小的棋手。赵治勋作为一个外国人，在围棋强国日本获得71次冠军，成为获日本棋战头衔次数最多的棋手，同时还创造了多项纪录。赵治勋的棋风重视实地，擅长与对手在中盘进行搏杀。对胜负非常执著，斗志顽强，为了追求最完美的下法而陷入长考。看赵治勋下棋最容易想到的形容词就是“惊心动魄”。他的每一步棋都要发挥出最高的效率来，即使局面已经大优也决不妥协，以至常让人感觉“过分”。赵治勋被誉为“胜负师”，但他从不会为了一盘棋的胜负放弃自己的信念。给我印象最深的是，赵治勋在7番棋比赛中，数次三连败后四连胜，奇迹翻盘，又有谁能做到这一点？只有赵治勋！顽强！他也因此被誉为斗魂！韩国棋手中，不得不提的是李昌镐！李昌镐的棋——精准！李昌镐，韩国围棋九段，是世界围棋历史上难得的奇才，曾创造多项围棋历史记录，开创了“李昌镐时代”（1996~2006）。从1992年夺得第一个世界冠军起，李昌镐共夺得20个个人赛冠军、13次团体赛冠军（作为主将夺得8次）。李昌镐已实现世界围棋大赛“大满贯”，所获的冠军包括目前举办的LG杯、三星杯、应氏杯、富士通杯、丰田杯、春兰杯、亚洲电视快棋赛和中环杯等，以及团体赛真露杯、农心杯和已经停办的东洋证券杯。在围棋界，他有“外星棋手”、“少年姜太公”、“石佛”、“神算子”和“鳄鱼”等称号。他外貌柔弱，常面无表情，喜怒不形于色。其棋风厚实均衡，基本功扎实，计算精确，各种战法样样精通，他下出的棋很少出错，常令对手感到无隙可乘，其官子功夫号称“天下第一”，且其心理素质极佳，常能在激烈的比赛中自始至终保持极其冷静的心理，从而使其对手在后半盘常有压力感，丧失斗志。对李昌镐的棋，对手很难找到非常有力的攻击手段。在李昌镐十三岁出道，我看了他的棋，感觉他日必成大器，事实也确如此！李昌镐的名言就是：人都会犯错误，你只要肯等，抓住一个疑问手穷追猛打，必将对手置于死地！李常常赢对手半目——围棋中胜负的最小差距！但有谁赢过李半目？李的棋，精准、稳健！大气，顽强，精准！棋道如斯，人亦如斯！棋如人生，人生如棋！; 4955 次阅读|11 个评论

污染战争对人口增长的影响: gzchengzhi 2012-5-7 15:23; 　　昨天我为晚期恐龙生活方式建立了一个微分方程模型，通过该模型，设置特定的参数，可以获得因为恐龙生活居住地重金属污染而导致恐龙灭绝的变化曲线，这一曲线跟已有的考古数据还是比较一致的。　　今天我思考了一下，这一方程似乎还可以应用到人类社会人口的增长方面。　　这里先列出该方程：　　　　方程形式上没有变化，但如果应用到人类社会，则其中的一些参数的解释有所变化。　　其中A反映的是制约人口增长的因素，可能是环境污染、疾病、战争等因素。该因素随着人口数量的增加，其数量以及规模都会迅速增加。但是随着时间的推移，这些因素有存在自然衰减的趋势。比如污染和战争，在经过一段时间峰值以后，会出现下降的趋势。比如三国时代，开始的时候战争比较激烈，而到了三国鼎立的情况下，战争的烈度就开始逐渐减弱了，直到三国的人口数量增加到一定的程度，才开始大规模的战争。　　B反映的是人口数量。在出生率大于死亡率的情况下，人口的增长是呈现指数式增长的。然而污染物等会导致人口的出生率下降。在人口数量太低的情况下，也很难维持人口的持续性增长。　　经过对这两个放长进行数值求解，可以看出通过设置参数e的数值，可以获得两种曲线：　　当e比较大的时候，意味着导致人口减少的因素消失得比较快，则可以获得图1的曲线：　　　　图1 减少人口的因素消失得比较快　　这类消失的比较快的人口减少因素对应了疾病和战争等方式。从图1中可以看出，当导致人口减少的因素消失的比较快时，人口的增长是周期性的，即人口开始迅速增长，导致减少人口的因素出现，这一因素又会导致人口迅速减少。而人口减少到一定程度以后，减少人口的因素也降低到很低的程度，这时候人口开始爆发性增长。从图中可以看出人口增长的比原来还要多。然后又开始引起减少人口的因素出现，进入下一个循环。　　从图中可以看出，每一个循环过程结束以后，新增加的人口总是会超过上一个周期的人口数量。这可以解释为什么人类历史上发生过多次人口的减少，但是随着时间的推移，地球上的人口数量还是在不断增加。　　从方程的数值解来看，方程只有两个稳定的状态，一是这种人口螺旋式增长的解，另一个则是图2所示的人口灭绝的解。这同马尔萨斯方程的解有点区别。或许通过增加一个资源制约，然后再仔细设计人类社会的运作方式，防止减少人口的因素出现，应该可以获得一个人口数量稳定的解。　　图2显示的是另一种情况，在这种情况下，由于减少人口的因素消失得比较缓慢，则最终导致人口减少到零。　　　　图2 减少人口因素消失得太慢　　这一类因素对应了环境污染等因素，特别是放射性污染物质，其半衰期太长，一旦这类因素足以降低生育率、减少人口，则人类可能很难等到其完全消失的那一天了。; 5219 次阅读|0 个评论

[转载]3000bp测序的新时代: syfox 2011-12-1 09:44; 测序技术已成为当今生命科学研究中发展最快的领域之一，其技术更新速度之快，用“日新月异”一词来形容也不为过。全球首个第三代测序平台——PacBio RS单分子实时测序系统自今年4月底推出，受到了很多研究者的关注。Pacific Biosciences预计将在明年一季度正式发布PacBio RS的新版本C2试剂，届时该系统的平均读长将从现在的1300 bp骤然提升至2500-3000 bp！最长读长可超过10000bp。令人惊叹的数字！经典的Sanger测序长度也就是1200bp左右，已难以匹敌，新一代测序（NGS，即二代测序）就更是望尘莫及啦。短读长之困风起云涌的新一代测序（NGS）市场三国鼎立，三大平台你追我赶，在测序速度和单次运行能获取的数据量上不断刷新记录，精彩纷呈，但其共同的短板也非常明显——序列读长太短——仅100-200bp的读长相比庞大的基因组，使得完成拼接工作变得无比艰巨，不少用户虽然获得了大量的测序数据，测序覆盖深度达到了几十倍甚至上百倍，但仍然没法完成基因组的拼接。对于新物种来说，往往还需要传统的Sanger测序先做scaffold。今年罗氏454平台通过升级达到平均读长500bp以上，最长可达到1000bp，因此一些顶级研究院在做de novo测序时更倾向于用454做scaffold，再配合其他速度更快的NGS平台完成后续的测序工作，以求提高数据处理速度。关于单分子实时测序的各种疑问生物通第三代单分子实时测序技术自问世以来就备受关注，有关其工作原理，生物通早在去年的ebiotech期刊新一代测序专辑中已有文章介绍过（纵观第三代测序之Pacific Biosciences http://www.ebiotrade.com/newsf/2010-10/20101014173036143.htm ）。C2试剂对平均读长大幅提升则在“第三代测序PacBioRS升级（ http://www.ebiotrade.com/newsf/2011-10/20111018165836418.htm ）”一文着重介绍。但是许多疑问依然存在： 1）最受大家关注的，是PacBio RS的准确性究竟如何？有用户反馈，PacBio单分子测序准确度大概只有85%，这么低的准确度怎么能保证结果的准确性？ 2）PacBio RS的长读长，对数据分析而言到底有什么优势？ 3）PacBio RS单分子测序无需PCR扩增，有何优势和劣势？ 4）单分子测序获得结果的速度会更快吗？运行通量有多大？一次运行需要多长时间？能获得多少可定位数据？ 5）除了速度，读长，通量，精确性，PacBio未来的可扩展性如何？ 6）PacBio的运行费用如何？ 7）已成三国鼎立之势的测序市场，PacBio RS加入战局究竟会扮演什么样的角色？会不会秒杀NGS出局呢？为此，生物通特邀了PacBio RS中国代理——基因有限公司专门负责PacBio的技术专家，就大家普遍关心的这些问题进行了比较深入的探讨，希望能使广大读者对这一最新的测序技术了解更多。关于读长 Q：长读长是PacBio RS最引人注目的特点之一，长读长对测序来说到底有什么优势？ A：长读长在序列拼接、定位以及需要跨越重复区域的应用中有着极大优势。例如在De Novo Assembly时，目前遇到的主要困难在于如何跨越那些重复区域以及高/低GC含量的区域，从而完成整个基因组的拼接。如果把拼接工作看作是在做拼图游戏。NGS获得的读长都很短，就好象把一幅图打成非常小的碎片，然后做拼图。由于碎片太小，因此许多碎片看起来都差不多，这样要拼出一副完整的图难度很大。PacBio RS目前可以获得1300bp的平均读长，明年初随着试剂升级，平均读长可提升至2500-3000bp，这就相当于同样的一幅图，用大的碎片来做拼图，由于大碎片比小碎片的识别度要高，因此完成拼图的难度就可以大幅降低。同NGS通常100-150bp的读长相比，PacBio RS的平均读长提高了近20倍。试想一下，同样大小的一幅拼图，10,000片的还是500片的更好拼？另外，随着读长的增加，拼接过程中所需要测序覆盖深度也会随之下降。对变异检测来说，我们首先需要的是准确定位，如果无法准确定位，那无论原始或者一致性准确度有多高都是没有意义的。而长读长可以帮助研究者进行更准确的定位。 Q：C2试剂据说能将读长提高到2500-3000bp，这是PacBio实验室得出的数据，还是用户数据？ A：目前PacBio公布出来的C2试剂的参数是，在Long模式下，平均读长可达到2500bp，95%ile读长可达到6500bp，在X-Long模式下，平均读长可达到3000bp，95%ile读长可达到8500bp。C2试剂明年Q1将实现大规模的商品化供应，目前部分实验室已经率先在使用。 C2试剂第一次被使用是在德国大肠杆菌疫情研究中，研究人员通过将不同测序模式混合使用，最终获得了2900bp的平均读长以及99.998%的一致性准确度。这项研究的结果今年七月底已经发表在新英格兰医学杂志上，题为“Origins of the E. coli Strain Causing an Outbreak of Hemolytic–Uremic Syndrome in Germany”。在这项研究中，研究人员在PacBio RS平台上通过全球合作几天内就完成了对从疫情中获得的大肠杆菌样品以及近似菌株的测序和数据分析。PacBio RS的长读长优势使得只使用PacBio RS数据完成致病大肠杆菌的De Novo Assembly成为可能，而PacBio相对NGS平台可更快获得结果这点这对鉴定新的病原体来说也是一个极大优势。另外美国著名基因组技术服务商Expression Analysis（EA）负责研发的Pat Hurban在今年9月底一次网络会议中展示了其最新获得的PacBio数据：他们将大肠杆菌基因组DNA分别处理成2kb和6kb的片段，其中2kb的模板只用C1试剂进行了测序，6kb的模板则分别用C1和C2试剂进行了测序。Hurban发现使用C2试剂后，获得了2715bp的平均读长，最长的读长甚至达到了13091bp（可能有用户会问，插入片段大小只有6kb，怎么会产生将近13kb的读长？这是由于在PacBio平台上，样本制备完成后会形成环形的而非线性的模板结构，因此如果影片持续拍摄，当完成插入片段从一端到另一端的读取后，会跨过接头，继续读取其反义链的序列，因此这里最长读长超过了插入片段的长度)，EA对使用C2试剂获得的结果非常满意。 Q：PacBio RS的准确性究竟如何？PacBio 工作原理和C2试剂的技术文章在生物通发布后，多位读者在评语、留言和邮件中都不约而同的提到了一篇留美中国学者的博文，提及在今年4月他个人在美国实验室试用PacBio样机的感受，原文这么说“首先，Library 和SMRTBell的准备快速而简单（生物通注：SMRTBell is the name of the prepared template DNA. SMRTBell的制备实际就是PacBio文库制备过程的一部分）。测序时间确实很短。其次，合成的DNA链长度可以达到3kb，确实比目前所有的高通测序仪都高。最致命的是误差问题。结论是单次测序错误率15%, 循环测序误差8%左右，仪器目前的性能很令人失望。我自己写了个程序来做序列对比，能把误差降到3%左右，相比起其454来，还是有很大的差距。PacBio目前还不足以投放市场。他们的软件部分实在是需要改进。”您会怎么回应？ A：首先，在PacBio RS之前，没有任何一台测序仪能够提供单分子的准确度数据。在NGS平台上，由于硬件的限制，其所检测到的信号是基于成百上千甚至更多分子，无法检测到单分子的信号。NGS平台给出的准确度是将这成百上千甚至更多分子获得的信号的平均值同reference sequence比对后获得的结果，也即一致性准确度。PacBio RS在测序历史上第一次给出了“单分子的测序准确度”数据，这是把单个模板分子的原始测序结果（标准测序模式）同reference sequence比对获得的数据，目前单分子的原始测序准确度在85～92%，平均值为87%。由于PacBio的单分子测序反应是在ZMW中进行，而每个SMRT cell含有15W个ZMW，因此当我们把N个ZMW中的单分子测序数据也做个平均，之后再同reference sequence比较，则PacBio的准确率也会大幅上升。另外，在NGS平台上，文库制备时必须要先进行PCR扩增，PCR过程中的bias或者mismatch等将无法在测序时修正，也就意味着这些错误会变成系统误差，且无法通过增加测序覆盖深度来消除。PacBio平台上，文库制备时无需PCR扩增，因此避免了PCR产生的bias等。由于PacBio上产生的错误是随机错误，且错误率并不随着读长增加而升高。因此其一致性准确度可随着测序覆盖深度的增加而提高。当测序覆盖深度达到30×时，PacBio的一致性准确度可以达到99.999%。其次，PacBio的环形比对测序模式（CCS）可以帮助用户获得高准确度的单分子测序数据，由于我们可以对每一个单分子模板都进行评估，且无需通过PCR扩增，这对于突变检测（例如稀有SNP的检测）来说非常重要。已有实验数据表明PacBio可检测到低至1/100的突变。在突变检测中，现阶段我们建议的插入片段大小在250-500bp，以500bp的插入片段为例，当使用环形比对测序模式，单分子的测序准确度可以达到99%@ 5×CCS。C2试剂已经可以使平均读长提高到2500bp，最长的读长甚至可超过10,000bp。考虑到后续PacBio还将通过对试剂的持续优化，不断提高其读长。因此对突变检测来说，未来可研究的插入片段长度将越来越长。 Q：单分子单次测序产生错误的原理是什么？是长读长的错误累计结果还是机器原因？87%这个单分子原始测序平均准确度数字，在将来序列读长再次翻番时是否也会随之降低？那怎么办？再次提高测序覆盖深度吗？ A：PacBio平台上目前的错误主要是插入和缺失，只有大概1%是substitution。缺失错误源自于有时候碱基掺入速度过快，超过了PacBio相机的拍摄帧数。插入错误源自于有的时候酶随机的选择一些碱基，但并未将这些碱基真的掺入合成链中。由于这些错误是随机的，因而可以随着测序覆盖深度的增加而消除。因此，尽管PacBio的单分子单次读取的原始准确度并不非常高，但随着测序覆盖深度的增加，它可以获得比NGS平台更高的一致性准确度。 PacBio的错误是随机错误，并不会随着读长的增加而提高，因此，当读长翻番时，错误率并不会随之提高。未来随着试剂的不断优化，单分子测序的原始准确度也会逐步提高，且每个SMRT cell可获得的数据量也会进一步提高。关于速度和运行通量 Q：PacBio RS的测序速度有多快？样品制备需要多久？一次测序运行需要多长时间？一次运行最多能得到多少Gb可定位数据？运行通量能有多大？ A：目前PacBio上所使用的DNA聚合酶的合成速度大概是1-3个碱基/秒，由于在该平台上，聚合酶合成的过程就是序列解读的过程，这意味着测序速度每分钟可超过100个碱基。从样品制备到获得碱基序列的全部流程可在1天内完成。如果使用C2试剂，每个SMRT cell可以获得90M 的可定位数据（mappable data）。现阶段每天最多可运行12个SMRT cell，因此每天可获得的数据是12×90=1080Mb mappable data。 Q：PacBio平台每天可获得的数据量目前来看与大型NGS平台（例如HiSeq2000每天可获得55Gb数据）相比还小得多，PacBio“每天最多运行12个SMRT cell”这个界限几时能翻番？每个SMRT cell最大读取数还能继续提高吗？平台未来的扩展性如何？有的NGS平台强调只需升级试剂部分即可实现读长翻番或者测序通量翻番，PacBio未来将从哪些方面扩展其性能呢？ A：现阶段PacBio平台和NGS平台更多的是一种互为补充的关系，NGS可以获得更多的数据量，而PacBio可以获得更多的信息量。接下来的发展计划中，PacBio将通过对试剂以及软件的持续开发和优化，进一步提升读长，增加每个SMRT cell的数据产出量，并且会对DNA碱基修饰（例如DNA甲基化等）分析以及RNA直接测序等提供更多的支持（例如提供配套试剂盒和相应分析软件等）。关于价格和市场 Q: 这是个敏感问题！精明的用户肯定会关心性价比。特别是后续运行费用，往往是决定采购的一个关键因素。PacBio RS每次运行费用大概多少？ A： PacBio的后续消耗品主要包含试剂和耗材两部分。试剂有3种：模板制备试剂盒，结合试剂盒以及测序试剂盒，耗材就是SMRT cell。我们可以把整个测序过程分成模板制备以及测序两个阶段，模板制备阶段的费用，取决于样本数、所要研究的基因片段的大小、测序方案的选择、测序模式等，很难一概而论。测序阶段涉及测序试剂盒以及SMRT cell的消耗，现在SMRT cell的价格已经包含了测序试剂费用。详细情况可以联系基因有限公司咨询。你说的性价比，研究者更加关注的是从样品开始到可发表的最终结果——你不能只看单价，或者单次运行的成本——因为不是运行结束，软件自动出来的结果就可以打印发表。如果考虑到长读取的优势和在数据拼接上能节省的时间和费用，就这一点而言，PacBio RS有其他方法不可比拟的优势。关键是它是否能满足你的需要，帮助你快人一步达到目标。 Q：已成三国鼎立之势的测序市场，PacBio RS加入战局究竟会扮演什么样的角色？能否秒杀NGS出局呢？ A：这取决用户的具体应用。以基因组拼接为例，对于基因组较大的物种，例如植物，现阶段PacBio平台和NGS平台是一种互为补充的关系，NGS可以获得更多的数据量，而PacBio可以获得更多的信息量（例如NGS平台很难获得的高GC含量区域的信息等）。通过PacBio RS的配套分析软件，我们可以实现同NGS数据（兼容三大NGS平台）的混合拼接，从而大幅提高Genome Finishing的速度。对于基因组较小的物种，例如微生物和病毒等，则可以仅通过PacBio RS，独立完成De Novo Assembly。Q：PacBio RS除了在De Novo Assembly、突变检测等领域有优势，还在其他哪些方面有更多应用？ A: PacBio RS可以对高GC含量区域测序，例如美国UC Davis医学院利用单分子实时测序技术，对脆性X染色体综合征的关键基因FMR1中的CGG三核苷酸重复区域进行了测序，并在第15届脆性X和早发性认知缺损国际研讨会上公布研究成果。在所有人的X染色体上都有一段CGG三核苷酸重复序列，正常人的CGG重复次数为5-44次。过长的重复次数会对FRM1基因转录或翻译出FRM1蛋白不利，当重复次数超过200次时，就会导致脆性X综合征。所以检测CGG的重复次数非常有意义。一般CGG重复在200次以上，被认为是具有临床意义的，但这个长度不管对于Sanger法测序或者新一代测序来说，都是很困难的，而PacBio则很好的解决了这个问题，利用环形比对测序模式，UC Davis医学院获得了超过10kb的原始读长，覆盖了CGG重复超过750次的三核苷酸重复区域。另外一个例子。甲基化研究如今开展得如火如荼。除了人们熟知的5-mC，另一种修饰方式——5-mC的羟基化形式5-hmC也引起人们注意。但现有的测序方法如亚硫酸氢盐测序，无法区分5-mC和5-hmC。若想深入了解5-hmC的生物学功能，必须开发出一种灵敏的测序方法，以揭示它在基因组中的位置。美国芝加哥大学利用第三代单分子SMRT测序技术和5-hmC的选择性化学标记方法来高通量检测5-hmC。通过聚合酶动力学带来的宝贵信息，研究人员可直接检测DNA甲基化，包括N6-甲基腺嘌呤、5-mC和5-hmC。（详细阅读：单分子测序灵敏检测5-hmC， http://www.ebiotrade.com/newsf/2011-11/20111123171704271.htm ） PacBio RS还可对连续的A或者T区域测序，有研究者曾成功的对含有poly A的序列（含111个连续的A）测序。PacBio可以获得动力学信息，因此可以用于研究DNA甲基化等DNA碱基修饰情况。另外，由于PacBio从样本制备到获得序列信息所需时间非常短（1天），在具有时效性的病原微生物鉴定中（例如生物反恐、流行病爆发监控等）也非常有优势。（详细阅读：利用基因组学来对付疾病爆发 http://www.ebiotrade.com/newsf/2011-11/20111123170930924.htm ）其他的应用文献，欢迎联系PacBio独家代理商基因有限公司索取。至此，我们对PacBio第三代单分子测序技术有了更深入的了解。令人期待的技术，更令人期待的是PacBio能更快的升级，尽快将测序成本降低——如他们自己所预测的：到2013年，个人基因组的测序能在15分钟内完成，费用低于1000美元，人人都可以消费得起。。。。。。（访问结束，感谢基因有限公司提供的协助）后继：另外一个感受，今后的科学研究，除了依靠思维创新，某种程度上拼的就是装备了。。。装备好，用得好（这个还得靠研究人的想法啦），出成果快，文章多，影响力大——面包（经费）就会有的，一切都会有的。。。（循环N次放大，一如PCR）。; 个人分类: 测序|3224 次阅读|0 个评论

细胞学教材的三国鼎立: 热度 1 liudongyang 2011-7-11 19:24; 1.1986年第一版，Darnell 主编，从第二版开始为Lodish主编，里面的插图为双色印刷。 2. 2008年的Alberts第五版，细胞生物学中的圣经，后五章改成电子版，遗憾。 3. 独树一帜的Karp 2008第五版，双栏排版，插图精美，紧跟学科前沿。一个有趣的现象：英文教材每章后面列出进一步阅读的文献是一些经典的综述。中文教材给的参考文献就是英文的教材和中文的教材。 12346; 个人分类: 读书买书|2439 次阅读|1 个评论

[转载]2010文综历史常识题，曹魏为“土德”，代魏的晋是何德？: yuchyu 2011-3-13 11:13; 2010文综历史常识题，曹魏被定为“土德”，通过'禅让"代魏的晋是什么德？五行来自河图、洛书。河图主生，表示被自然控制中的人互助生成的关系，所以五行相生；洛书主克，表示人能制约自然后，人与人之间的相互控制关系，所以五行相克。因此，人类大同社会以前，社会形式和结构的更替必以克为主。史书记载：黄帝是土德，夏朝就是木德，商就是金德，周自然就是火德，秦朝就是水德。汉初续秦水德，汉武帝应土德，刘秀开国始应火德。三国鼎立，其实就是水土火三拨人争来打去。魏是土德，那么晋就应该是金德，因为土生金。隋朝只认准了北周木德，木生火，隋应火德。唐李渊起兵。隋应火德，唐于是就顺了土，武则天把国号改为“周”，说是火德。宋乃是从后周而出，后周属木德，木生火，宋为火德。契丹族生于辽水，就是水德。金朝金章宗定土德。元朝攻灭金朝的，金属土德，五行相生，土生金，所以元是金德。明朝属火德，“明”这个国号有传说指出是“三重火”。清朝改族名为满洲，改国号为清，以三个水德毙掉明朝的三个火德。民国建立，袁大头称帝，年号洪宪。奉了火德，登基那天还拿红油漆把紫禁城涂了个遍。林语堂说民国青天白日尚青，该应木德。袁世凯系非正统，抛开不提。如此看来的话，继续往下推演，五行相生，木生火，火德尚赤，无怪十几年后全国河山一片红了。中华传统学问还真丰富，五行无所不在，都可以拿来替帝王开道了; 3415 次阅读|0 个评论

史玉柱、马云、陈天桥: 热度 1 metanb 2011-2-12 07:18; 哈哈，三国鼎立啊，我该帮谁呢？; 个人分类: 魔鬼辞典|1649 次阅读|1 个评论

骂街行为艺术展: tarimriver 2011-1-27 13:53; 很多人都听说过泼妇，但听到过泼妇骂街的恐怕不多，最近新浪微博向大家展示了一出泼妇骂街的行为艺术，这骂人水平融庸俗于高雅之中，将科学与生活育一体，集古今之大成，展华夏之绝骂，简直是前无古人，后无来者；科学网曾经有一段时间叫骂行为十分茂盛，但如果与这微博骂展相比，不可同世纪而语；想当年骂死王郎于厅堂之上的诸葛孔明先生如果碰上这唱骂，就不会有三国鼎立的局面了，下面请欣赏这恶俗文化的标杆的行为艺术吧：自称供职于摩根士丹利一女士（简称大摩女）回复昨日晚间当当网CEO李国庆在新浪微博上创作的一首“摇滚歌词”，双方用词较为激烈。昨日李国庆称投行压低当当IPO发行价，大摩女认为投行并没有多拿一分钱，并针对当当网的盈利和现金流连发两条微薄，提到“小心做假账会被整到四肢不全”。（注：大摩女在新浪微博注册名字为“迷失的唯怡”；其个人资料介绍为供职于摩根士丹利，也即大摩，为当当IPO主承销商之一。大摩女的身份信息，未经新浪微博认证。）　　事情缘起于昨日李国庆微薄透露当当将为投行设庆功宴，而李国庆认为投行在IPO之时压低发行价。当当网上市之前，承销商给其定发行区间为11-13 美元，后发行价区间调高至13-15美元，最终确定发行价为16美元，发行1700万份ADS，以此计算当时市值为12.46亿美元。　　2010年12月8日，当当网首日开盘即报24.5美元，较发行价上涨53%，至收盘报29.91美元，较发行价上涨86.94%。市值达23.3亿美元。　　今日大摩女微薄针对李国庆骂投行进行回复，言辞激烈，认为投行并没有多收其一分钱。（以下双方对话均摘自双方微薄，无任何更改）　　大摩女：投行赚你钱了回家去用你的破锣脑子仔细算算有没有多收你妈了个B的一毛钱！你忍？哈哈哈，你知道自己是个什么人吗？叫花子！十年来你哪天没在躲债？你让你老婆替你还了多少债？你真以为大摩跟瑞信是投了你？如果没有俞渝你就是个放在北京大街边上都没人拣的垃圾！　　你这辈子在钱面前就是个吃老婆软饭的二大B，除非你不要钱去死，永远都摘不掉这顶帽子，你自己看看身边有几人看好你？董事会议你不出局才真是中国人的大笑话。　　你爸你妈一定都是B型血的正常人，才能生出你这种2B型血的神经病王八蛋忘恩负义吃软饭的耸人。别以为在网络上玩硬耍横是本事，有种你到大摩瑞信的会议室里放个响屁给大家听听，是你自己自做多情要找两家公司的人摆什么庆功宴，大家都没兴趣参加，知道为什么吗？因为鄙视你！　　李国庆:投行傻妞昨天骂我父母脏话，今天威胁我股价，我只是在创作里骂。投行：我是甲方，你们Y事情做砸，也只有我骂你们的份，你们挣了我们钱还敢骂甲方？　　大摩女：就算你挺着屁让投行操，也没人看得上，智商低得连基本做人道理都不明白，你爹当年咋没把你射墙上？　　你有个P的管理知识，你懂什么叫资本运作，你玩过正经的国际商业，你听得懂几句英文，你TMD还在这儿装B装大拿，当当网十年你口袋里有几两德行，你的人品值多少钱一斤，未来你能为当当网的员工创富多少，你圈着多少钱了，到你口袋里了吗？养狗还知道摇尾，你TMD知道自己方向在哪吗？蠢货！　　如果不是俞渝哭得可怜，你以为现在还有你在这儿说话的份，先把当当网和你们家的电费水费房租外加欠的网费交了吧你！顺便！赶紧还钱！　　李国庆:你这个大摩投行的小人物，在招标投行时，我当着你们10多个VP，训斥你们科技全球定价的头：“你不能说服基金给当当这样价钱，可你挣的就是这钱，否则你不被需要”。是你们为了这个单子，他撅着屁股又来单独向我道歉。周三晚宴谁去谁是孙子。　　大摩女：这些VP都分管哪块业务啊？　　李国庆:你是永远没机会进我们董事会，有本事你离开投行，做个投资基金来炫耀啊。董事会在俞渝和我老婆有经营或管理分歧时，90%情况是支持我的。也正是为了支持我的股东，此次上市价格高点低点都上了。　　大摩女：行了，别白活了，上市企业的董事会定义是什么，自己还娘胎再造出来好好学学吧。一个占山为王的土鳖，连个基本公司法都没弄明白，还好意思放P！顺便指点一下，董事会的定义在斯宾塞法案里有，你上的是美国市场不是中国市场，谁CARE你在中国的董事会！白痴，骂你都脏了老娘嘴！　　李国庆：看你这个销售员，都不看报表，估计看不懂。当当网09年全年就盈利，09年销售比08年增长90%. 　　大摩女：哈哈哈，周一让你知道老娘到底是不是个销售员。　　你开啥网上书店呀，改行印钞吧，走了狗屎运去美国抢了钱，还在这不要脸，有本事当初你怎么不敢上中国股市呀，骗嘛，当然是骗远地的人。　　而且就你这么个吃软饭的样儿，有空多吃点伟哥，干点正经事，发点人民日报封面公开跟大摩瑞信叫叫板，去呀，你怎么不敢呐？　　李国庆:我这就是在公开批评投行，批评大摩，怎么了大摩不能批评？不能被骂？你这个洋人的奴才！伟哥从没吃过，软试试？软饭更没吃过。　　大摩女：你TMD软饭硬吃七八年了，还好意思在外面充有脸的，少喷粪了，我是不是洋人奴才轮不着你说，有本事洋人钱你Y别要呀！在中国上市呀！　　有俞渝就够了，我都懒得跟你吵了，你这个洋才的正版奴才，早点安息吧，找高盛去吧，反正你还有六个孔，看看高盛有没兴趣搞，我们全体写推荐给高盛，总算把坨屎指引到正确的理解上了，没错，你当初就该去舔高盛的脚，哎呀，不过高盛的人也就是你的第一棒资本，好像已经被你骂过一轮了吧。哈哈哈哈　　李国庆:俺没去过大摩任何办公室，我后悔没给高盛做。世界前5大的投行都来竞标了。说哭穷就是此次路演包机，我老婆不同意均摊　　大摩女：你贪就别报怨游戏规则，这些都是你自作自受！　　我看你是被迫害妄想狂吧，看来你被上市的很压抑啊，可惜啊，只能等了，等下次机会，等时间比你更愚蠢，等人生机遇让你去做某财主女儿的情人了，恐怕等你等来的机会，却发现你已经太强大了，找不到人！　　贪婪成性的李国庆天生一副金钱奴隶，他骂骂咧咧两个月，只为觉得自己卖了肉却没得到想要的肉钱。好笑，真是非常好笑。　　李国庆：瑞信就还不错。每提定价，他们带头支持。他们大MD在路演时就单独鼓励PEGGY和CFO："我闻到了网景上市味道，基金热情，盛况”。他的高位已经不做 DEAL，但全程参加路演，他说：一生做好DEAL是乐趣。但最后定价，他还是看了大摩脸色，他和大摩MD是大学同学。我们感谢他，把超发权和手续费只给瑞信。　　大摩女：瑞信是不错，要不然怎么总跟着大摩一起做DEAL呢，有点知识吧，李国庆，你是个白痴、没人品、钱奴、垃圾是一半中国人都知道的事情。还有就是你放的屁勾点欠就糊在墙上遗臭万年！; 2469 次阅读|0 个评论

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标签: 三国鼎立

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