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[转载]活性氧不足也可致不育
热度 2 randomwallklxw 2013-6-12 13:15
博主评论:活性氧(自由基)损伤理论一直没有得到明确的证据支持,从我自己的研究发现,氧化反应可能促进干细胞的活性,今天看到这篇论文摘要,也许从侧面印证了我的观点。 活性氧 被认为是导致癌症和衰老的元凶,还被视为男性不育的原因之一。但日本研究人员在动物实验中发现,如果体内活性氧不足,同样会导致不育。这是由于活性氧不足会导致精原干细胞难以增殖。 活性氧是氧气的同素异形体,其非常容易与其他物质发生反应,是一种强氧化剂。活性氧具有杀死病原菌等微生物的功能,但也会对细胞内的蛋白质等产生不良影响,引发阿尔茨海默氏症等疾病。 日本京都大学等机构的研究人员培养出实验鼠的精原干细胞,然后向干细胞添加抑制活性氧功能的药物,结果精原干细胞变得难以增殖。而如果向精原干细胞添加与实验鼠正常细胞相同浓度的活性氧,则精原干细胞的增殖得到促进。 研究小组指出,过剩的活性氧曾被认为会降低精子功能,导致不育,但是本项实验显示,活性氧不足也会引发男性不育。这个发现提供了治疗不育的新思路。 引自 http://www.biodiscover.com/group/topic/1847.html 。 再看看另外一篇论文: 生物通报道:对于某些生物来说,只需要几个基因就能将寿命延长两倍。当三十年前,人们在线虫研究中认识到这一点后,衰老研究迎来了黄金时期。 本期Cell杂志发表了一篇关于衰老研究的详尽综述,希望能够通过理顺衰老研究中的重要发现,为未来的研究提供基础框架。文中列举了目前哺乳动物衰老研究中的全部九种分子指标。作者们探讨了这些指标的抗衰老潜力,同时也澄清了该领域中的一些传言,例如抗氧化剂能够用于延缓衰老等。 衰老研究领域充满了各种各样的理论,而本综述只着重于迄今为止的分子和遗传学证据,对衰老研究进行系统回顾和梳理。文章认为,理解和研究衰老也有助于人们对抗癌症和一些其它疾病。衰老是一生中DNA损伤累积的结果,而DNA损伤累积也会引发癌症、糖尿病、心血管疾病和阿尔茨海默症等神经退行性疾病。文章指出,癌症和衰老的根源是一样的,可以说是同一基础过程的两种不同表现。 作者们强调,衰老研究的目的并不是消除皱纹,也不是不惜任何代价延长寿命,而是旨在寻找治疗靶标以改善正常衰老时的人体健康。 一级指标是诱因。 文章将九种衰老的分子指标进行了分级:首要指标(触发因子)、机体对触发因子的应答、最终的功能性缺陷。这样的分级非常重要,因为对不同等级进行干预,会产生不同的效果。如果作用于基础性的机制,就可以延缓许多器官和组织的衰老。 文章列举的首要衰老指标包括:基因组不稳定、端粒缩短、表观遗传学改变、和蛋白内稳态丧失。 基因组不稳定性是指,在内因或外因的作用下,随着时间推移而累积的基因缺陷。端粒是染色体末端的保护性结构,端粒缩短其实也属于一种基因组不稳定。但由于端粒缩短在衰老中非常重要,因此文章将其独立出来作为一种首要指标。表观遗传学改变是指环境和生活经历对我们产生的影响。如果无法及时清除缺陷型的蛋白,就会导致蛋白内稳态的丧失,引发衰老相关疾病。例如在阿尔茨海默症中,无法清除的蛋白形成斑块,导致神经元死亡。 二级指标是双刃剑 对于上述触发因素,机体会启动校正机制进行应答,而这些机制本身可能产生危害,文章将这类“双刃剑”指标分为第二级。当细胞中出现太多缺陷时,为了防止癌症,机体会通过细胞老化使其停止分裂。但细胞老化过度,就会造成组织或机体的衰老。此外,这一级的指标还包括:与自由基相关的氧化损伤(线粒体功能障碍)、代谢衍生机制(指热量限制可延长寿命的理论)。这两个指标一直处于衰老领域争论的核心。 文章指出,所有证据都表明延长寿命的秘诀,比使用抗氧化药物或减少食量要复杂得多。虽然大量的自由基可能有害,但它们的存在也会触发保护性的应答。作者坚持认为,没有任何遗传学证据能说明,增强机体的抗氧化防御能够延缓衰老。 另外,虽然热量限制在动物实验中有效,说明机体可能会因为营养不足而启动保护性机制,但作者断言长期过度的营养缺乏,也同样会引起疾病。 “亡羊补牢”的三级指标 机体在受到一二级指标产生的损伤后,会尽力进行补救,当这种努力失败时,就会形成衰老研究中的第三纪指标。例如,组织中的干细胞耗竭,导致无法进行再生。或者细胞间通讯发生故障,引起炎症等问题,而慢性炎症与癌症有关。 文章指出,衰老研究现在面临的挑战是,理解上述指标之间的关联,并寻找加以控制的方法。文章回顾了目前的一些治疗靶标,并阐述了一些有望延缓衰老的方案。例如,有研究可以在小鼠体内停止甚至逆转端粒的缩短。 作者指出,我们在不久的将来就有望延长寿命。虽然说,通过治疗减少或纠正基因组损伤,仍然是个遥远的目标。但针对代谢调节系统的干预措施,可能更容易实施。
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自由基活性氧连环画之一:占用双座轨道的未成对电子
yy188096051 2013-5-4 11:29
更多请参看:北京科普之窗-探索自然-生命赞歌 http://www.bjkp.gov.cn/bjkpzc/tszr/zwdg/yjtzg/241149.shtml 我自己觉得 我对自由基的概念 理解并且表现得还不错,欢迎批评指正啊!
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氢气通过抑制活性氧减少血管内皮细胞凋亡
热度 1 孙学军 2013-4-11 13:36
Int J Mol Med Early Online ijmm.2013.1334.pdf 氢气通过抑制活性氧影响细胞凋亡 第三军医大学附属医院整形外科的最新研究发现,氢气可以对抗糖基化终产物诱导的内皮细胞凋亡,这一研究目前在线发表在 Int J Mol Med. 2013 Apr 5. doi: 10.3892/ijmm.2013.1334.文章题目为 Hydrogen-rich medium suppresses the generation of reactive oxygen species, elevates the Bcl-2/Bax ratio and inhibits advanced glycation end product-induced apoptosis. 本研究目的是确定含氢气培养基对 AGEs ( 糖基化终产物 advanced glycation end products )诱导的内皮细胞凋亡的保护作用。分离成年 SD 大鼠主动脉内皮细胞进行培养,加入 AGEs 和氢气培养基共培养(对照组不加氢气) 24 小时, Annexin V/7-AAD 和 TUNEL 染色鉴定细胞凋亡,萤光探针结合流式细胞仪监测细胞内活性氧水平。抗氧化酶 SOD 和谷胱氨肽过氧化物酶 mRNA 水平用定量 PCR 进行监测,酶活性采用化学发光法监测。凋亡相关蛋白 Bcl-2 和 Bax 采用 western blot 监测 并计算相对水平。结果发现 AGEs 可以剂量依赖性诱导大血管内皮细胞凋亡增加细胞内活性氧水,氢气加入细胞培养基可以提高细胞抗氧化能力,减少细胞内活性氧水平,减少细胞凋亡。 The purpose of the present studywas to determine whether using hydrogen-rich medium (HRM) to increase hydrogenlevels in endothelial cells (ECs) protects ECs from apoptosis induced by advancedglycation end products (AGEs). The thoracic aorta was removed from 2-3-year-oldSprague-Dawley rats, and ECs were isolated and cultured. After culturing ECsin the presence of AGEs and/or with HRM for 24 h, Annexin V/7-AAD andTUNEL staining were carried out to detect apoptosis. Intracellular ROS were detected byfluorescent probe and quantified by flow cytometry. The expression ofantioxidative enzymes (superoxide dismutase, glutathione peroxidase) wasdetermined by real-time PCR analysis and enzymatic assay. The relative expressionlevels of Bcl-2 and Bax were analyzed by western blotting. The addition of AGEsincreased the apoptosis of ECs in a concentration-dependent manner andHRM reduced the AGE (400 μg/ml)-induced apoptosis from 21.61±2.52 to11.32±1.75%. HRM also significantly attenuated the AGE-induced intracellular ROSinduction and decrease in the expression of antioxidative enzymes. Inconclusion, hydrogen exhibits significant protective effects against AGE-induced ECinjury possibly through reducing ROS generation, intracellular antioxidant enzymesystem protection and elevation of the Bcl-2/Bax ratio. PMID: 23563626
个人分类: 氢气细胞学研究|4951 次阅读|1 个评论
《氢气生物学》第五章 活性氧和氧化损伤
孙学军 2013-1-28 15:16
氢气的生物学效应机制中被广泛接受的是选择性抗氧化,为了详细了解这一机制,必须熟悉自由基和活性氧,以及氧化损伤的研究背景。本章主要围绕和氢气选择性抗氧化关系比较密切的相关内容进行梳理,以方便读者对自由基生物学有一个大概了解和把握。如果要更全面了解自由基生物学知识,需要参考自由基相关专著。 自由基是原子核外存在不成对电子的原子、原子团或分子,活性氧是指在生物体内与氧代谢有关的含氧自由基和易形成自由基的过氧化物的总称。许多人认为,自由基或活性氧是百病之源,这是过分夸张了自由基或活性氧的负面作用。实际上,自由基或活性氧首先是生命体内非常重要的活性物质,大部分自由基或活性氧是对机体有利的,而不是有害的。从某种意义讲,氧化应激也是机体维持正常功能的重要条件,但自由基或活性氧过渡增加或氧化应激超过一定限度,则会造成组织损伤,引起氧化损伤,氧化损伤几乎在所有疾病的病理生理过程中不同程度地发挥作用。由于自由基或活性氧存在许多类型,大部分自由基或活性氧是对机体有利,少部分活性强的毒性自由基才是产生氧化损伤的关键。内源性抗氧化和选择性抗氧化是应对氧化损伤最可靠的手段。运动和食用白藜芦醇、姜黄素和萝卜硫素等都是具有诱导内源性抗氧化能力的手段。氢气的选择性抗氧化是最近几年自由基生物学领域最活跃的研究方向,主要是由于氢气的独特生物学效应和巨大而诱人的应用前景。如果把自由基生物学比喻为一座宝塔,氢气的选择性抗氧化可以说是自由基生物学领域最灿烂的明珠。
个人分类: 氢气生物学|3142 次阅读|0 个评论
细胞内纳米结构立体膜
热度 4 孙学军 2012-11-13 13:52
上周末在上海华东医院参加一次上海自由基医学与生物学专业委员会和中国活性氧生物效应专业委员会举办的一次学术会议,会议的主题为“线粒体与衰老及疾病”,其中一个报告是新加坡国立大学 Deng Yuru 教授关于细胞内立体膜的研究。细胞线粒体是研究老年疾病和人体衰老的重要细胞器,新加坡国立大学 Deng Yuru 教授在国际上率先发现并开展研究线粒体在应激条件下所呈现特异的三维立体膜结构图纹,并发现细胞立体膜其变化规律与营养、饥饿、缺氧应激及细胞自噬密切相关。关于立体膜的研究十分有意思,相关研究对理解细胞膜的功能非常有帮助,这里根据自己的理解简单介绍,以引起相关研究者关注。 我们关于细胞膜的最基本认识是这样的,细胞膜作为一种结构简单,功能单一的细胞边界,最多不过是一些蛋白质发挥功能的平台而已。我们更愿意把细胞膜作为一种细胞组成结构,而不愿意作为一种具有功能细胞器。更多关于细胞膜结构和功能的认识历史,可以从本文最后几段文字中简单了解。 我们过去关于细胞膜的认识是把它们作为一种平面,最多是一种简单折叠。但关于立体膜的研究彻底打破了这一认识,相关研究发现细胞膜的折叠具有惊人的规律性。 随着电子断层摄影术技术的发展,微观立体成像的分辨率逐渐增加,甚至可以对一些大分子进行立体成像,给亚细胞结构精确成像提供了技术条件。例如可以进行 400 nm 厚度,分辨率达到 5 nm 以下的立体成像。这对于厚度可达到 7-8nm 厚度的细胞膜简直就是高分辨成像方法。由于过去的研究者没有从整体上分析膜结构,同样一个立体结构在不同的断层会呈现出非常复杂的结构特征,这类似于平时的 CT 断层,人体在不同的断面呈现出非常多样的断面图象。立体膜的研究正是解决了这样一种问题,在整体上分析细胞膜结构特点。通过对立体膜结构的研究发现,许多外界刺激在不引起明显病理损伤的情况下,可以使细胞内的膜结构发生剧烈改变。例如心脏缺血后,在非缺血部位虽然没有病理学改变,但心肌细胞内的线粒体的立体结构发生明显变化。这些变化提示,细胞膜空间折叠的不同代表着细胞的不同功能状态,或者是细胞感受外界刺激的敏感反映。 关于立体膜的研究结果发现,许多具有细胞膜结构的细胞器,其立体结构具有非常惊人的有序性。例如线粒体,过去我们都熟悉存在内膜脊结构,其实这种结构只是少数情况的推测,大多数线粒体内膜结构呈现出宏观上规律性非常强的有序结构。这种有序结构被研究者称为立体膜。这种立体膜在细胞遇到各类外界刺激时发生构像改变,而且已经发现有的立体膜结构本身具有生物学功能意义,例如在视网膜感光细胞中的立体膜具有光栅效应,也就是说正是这种结构赋予感光细胞本身具有特殊的光学性质。相信这种结构具有更广泛的功能意义。 过去生物学研究中,关于亚细胞结构的认识是随着微观技术的发展而发展的,我们认识到各类细胞器的超微结构和功能,但在整体上研究细胞器的结构仍存在许多困难,关于立体膜研究,可以说给这一研究道理提供了新的研究范式。具有特别重要的意义和价值。 关于细胞膜结构的研究历史(以下内容根据网络资料整理) 17 世纪中叶以后的 2 个世纪中,细胞学说的发展史已经大体完成。但是唯独对细胞膜的认识还要推迟两个世纪。 9 世纪中叶 K.W.Mageli 发现细胞表面有阻碍染料进入的现象,提示膜结构的存在; 1899 年 E.Overton 发现脂溶性大的物质易入胞,推想应为脂类屏障。 1925 年荷兰人 E.Gorter 和 F.Grendel 用丙酮抽提红细胞膜结构,计算出红细胞膜平铺面积约为其表面积的两倍,提出脂质双分子层模型 . 40 年后 Bar 重复这一试验发现红细胞膜平铺面积应不是 70% ~ 80% ,而是 1.5 倍还有蛋白质表面,同时干膜面积是 99 μ m2 ,湿膜面积则为 145 μ m2 。两项误差相抵,结果基本正确。根据细胞的生理生化特征,曾先后推测质膜是一种脂肪栅、脂类双分子层和由蛋白质 - 磷脂 - 蛋白质构成的三夹板结构。同时电镜观察也证实质膜确实呈暗 - 明 - 暗三层结构。随后冷冻蚀刻技术显示双层膜中存在蛋白质颗粒;免疫荧光技术证明质膜中蛋白质是流动的。据此 S.J.Singer 等人在 1972 年提出生物膜的流动镶嵌模型,流动镶嵌模型的结构特征是:生物膜的骨架是磷脂类双分子层,蛋白质分子以不同的方式镶嵌其中,细胞膜的表面还有糖类分子,形成糖脂、糖蛋白;生物膜的内外表面上,脂类和蛋白质的分布不平衡,反映了膜两侧的功能不同;脂双层具有流动性,其脂类分子可以自由移动,蛋白质分子也可以在脂双层中横向移动。 关于细胞膜的结构,后来又有一些人进行了补充,并提出了多种模型,如 1975 年, Wallach 提出晶格模型。 1977 年, Jain 和 White 提出生物膜是由具有不同流动性的板块镶嵌而成的动态结构。脂筏模型可以说是细胞膜功能最新的功能解释模型。脂筏是在生物膜上胆固醇富集而形成有序脂相 , 如同脂筏一样载着各种蛋白 . 脂筏是质膜上富含胆固醇和鞘磷脂的微结构域。大小约 70nm 左右,是一种动态结构,位于质膜的外小页。由于鞘磷脂具有较长的饱和脂肪酸链,分子间的作用力较强,所以这些区域结构致密,介于无序液体与液晶之间,称为有序液体。脂筏就像一个蛋白质停泊的平台,与膜的信号转导、蛋白质分选均有密切的关系。脂筏最初可能在内质网上形成,转运到细胞膜上后,有些脂筏可在不同程度上与膜下细胞骨架蛋白交联 . 推测一个 100nm 大小的脂筏可能载有 600 个蛋白分子。
个人分类: 研究生培养|8179 次阅读|8 个评论
[转载]Nature头条:同步的时钟
crossludo 2012-5-18 01:58
Nature头条:同步的时钟 编辑推荐:   许多的生物体呈现出昼夜节律——调控每日新陈代谢、生理学和行为改变的内部生物钟。但是从真菌、果蝇到人类,在物种间还没有发现有共同的生物钟基因或蛋白。在新研究中,研究人员首次鉴别出了在细菌、古细菌(archaea)和真核生物(eukaryotes)的昼夜节律中活跃的一个代谢蛋白。 研究人员鉴别出了跨越生命所有三个领域的首个保守的生物钟元件。 许多的生物体呈现出昼夜节律——调控每日新陈代谢、生理学和行为改变的内部生物钟。但是从真菌、果蝇到人类,在物种间还没有发现有共同的生物钟基因或蛋白。在新研究中,研究人员首次鉴别出了在细菌、古细菌(archaea)和真核生物(eukaryotes)的昼夜节律中活跃的一个代谢蛋白。 这一研究发现发布在5月16日的《自然》(Nature)杂志上,表明与此前的观点相反,昼夜时钟可能享有一个共同的祖先。此外,由于这一清除活性氧的代谢蛋白发生了周期性的改变,作者们认为在25亿年前对于大气中氧聚集的传感和反应有可能驱动了昼夜节律的进化。 “最厉害的是它表明不知何故所有这些生物体都具有从前不明显的代谢昼夜节律,”俄勒冈州立大学生物学家P. Andrew Karplus(没有参与这一研究)说。不过,他指出尽管鉴别的蛋白是代谢昼夜节律的一个有力标志物,但是没有证据表明它是这种节律的原因。最大的问题是这一节律的起源是什么?它是如何发生的? 在过去的20年里,研究人员主要通过研究果蝇确确定了大量的基因和蛋白质提供给共同模式:一个转录-翻译反馈回路,凭借它基因被转录然后翻译为蛋白质,然后累积直至它们达到能够触发转录关闭的阈值,所有都发生在大约24小时的周期内。这一模型已经成为了昼夜节律研究的基础。 然而在去年,英国剑桥大学的Akhilesh Reddy和同事们证实这一昼夜生物钟机器至少有一个组件与转录无关——一个称为过氧化物酶(peroxiredoxin)蛋白的抗氧化剂家族,它可以在与代谢相关的24小时氧化-还原循环中吸纳细胞中过量的过氧化氢。Reddy研究小组发现这一几乎存在于每一个生物体中的蛋白质在人类、小鼠和海藻细胞中均显示出了昼夜节律振荡(circadian oscillation)。 “我们似乎已经发现这些真核生物体具有这些节律,因此我们决定在细菌和古细菌中开展进一步研究,”Reddy说。在最近的研究中,他的研究团队在淡水蓝藻细长聚球藻(Synechococcus elongatus)和海洋有氧古菌嗜盐杆菌(Halobacterium salinarum)中检测了过氧化物酶的氧化节律。每个生物体均在48-72小时内维持在恒定的光线和温度中,在这期间研究人员定期检测样品的过氧化物酶氧化与否。果然,在这两个物种中,蛋白质随着24小时周期显示出强大的氧化振荡。 研究小组还检测了从前鉴别的生物钟机制与过氧化物酶之间的联系,发现当果蝇和拟南芥中的已知基因突变时,过氧化物酶周期仍持续不间断。这表明两个组件——传统的转录-翻译回路因子和过氧化物酶——相互独立运作生成了生物体的昼夜节律。 由于从前在生命的不同领域没有鉴别出共同的生物钟机制,科学家们认为昼夜节律是独立多次进化而来。“但是为何要多次推倒重来?它没有任何的意义,”Reddy说。Reddy早就怀疑昼夜节律可能享有一个共同的分子起源,而事实上生命的所有三个领域都享有过氧化物酶周期支持了这一观点。例如,昼夜节律有可能是随着细胞适应早期环境能源供应(阳光)循环和随后的氧化应激循环而进化的。 目前进化的证据还不能完全令人信服,Karplus说:“过氧化物酶蛋白似乎没有驱动任何或是大概与生物钟蛋白的互作。它们只是碰巧发生了成为了代谢活动的读值。” 但是由于新发现,过氧化物酶现在可用作一种标记物来在其他研究很少的物种中寻找昼夜节律。“第一次我们发现了可在所有生物体中观测昼夜节律的一个共同点,”Reddy说。 Reddy补充说研究结果也可能还有其他更多的实际应用。例如在未来,研究人员或可利用小分子靶向过氧化物酶来破坏致病细菌的昼夜节律,或是提高农作物的节律帮助它们更有效率地生长。 (生物通:何嫱) 原摘要:Peroxiredoxins are conserved markers of circadian rhythms Cellular life emerged ~3.7 billion years ago. With scant exception, terrestrial organisms have evolved under predictable daily cycles owing to the Earth’s rotation. The advantage conferred on organisms that anticipate such environmental cycles has driven the evolution of endogenous circadian rhythms that tune internal physiology to external conditions. The molecular phylogeny of mechanisms driving these rhythms has been difficult to dissect because identified clock genes and proteins are not conserved across the domains of life: Bacteria, Archaea and Eukaryota. Here we show that oxidation–reduction cycles of peroxiredoxin proteins constitute a universal marker for circadian rhythms in all domains of life, by characterizing their oscillations in a variety of model organisms. Furthermore, we explore the interconnectivity between these metabolic cycles and transcription–translation feedback loops of the clockwork in each system. Our results suggest an intimate co-evolution of cellular timekeeping with redox homeostatic mechanisms after the Great Oxidation Event ~2.5 billion years ago. · 创新参选:Western Blot中如何消除内源的过氧化物酶( 4-28) · 奥运新忧:Cell报道提高耐力药物问世( 8-4) · 日研究人员发现膀胱生物钟机制( 5-7) · 生物钟有助人体昼夜循环( 5-4) · Nature头条:调控我们的生物钟( 4-1) · 生物钟节奏对新陈代谢有重要影响( 3-26) · Science:植物内部的生物钟( 3-12) · 《自然》:科学家用大肠杆菌创造出“遗传时钟”
个人分类: 医学前沿|1419 次阅读|1 个评论
基因“诉说”进化的秘密
kejidaobao 2012-5-10 11:22
文/杨书卷 生物通过“增加基因”而增加复杂性向前进化,这一现代进化论的观点已深入人心。然而,美国田纳西大学的微生物教授Eric Zienze却发现,某些物种会通过“丢弃基因”并依靠其他物种而得以生存,而此假说可能会对进化论做出修改。 把自己进化的越来越简单?这一超出常规的新理论是Zienze和他的团队在对原绿球菌进行研究后偶然发现的。原绿球菌是海洋微生物中一种最常见的光合细菌,但是令人疑惑的是,把这种普普通通的细菌放在培养环境中却十分难以生长。经过深入研究后才得知,原绿球菌对环境中的活性氧十分敏感,自己却束手无策。而要依赖于其他细菌分解这种对它说来有毒的物质才行,所以,离开微生物群,原绿球菌是不可能“单独”生存下去的。 但研究表明,以前原绿球菌却具有分解活性氧的能力,不过在进化过程中,主动将这一能力“丢弃”了。原来,分解活性氧需要细菌消耗大量的精力,不利于自身繁殖,所以“聪明”的原绿球菌就“想”出了这个从周围其他微生物的艰辛工作中获益的方法。 通常来说,进化的假设是生物会增添基因从“简单”变得“复杂”,但Zienze通过微生物基因组的分析中认识到,某些微生物的进化趋势是从“复杂”到“简单”,同其祖辈相比,基因出现“净损失”现象。换句话说,有些微生物在与其他微生物共存的环境中,会出现导致“失去”的进化,这与人们普遍认同的生物通过添加基因而进化的进化论背道而驰。 目前,新的假说仅局限于微生物群,但Zienze认为它可能会扩展到更多的生物领域,因为我们可以据此推测,一个增加了生物复杂度的无用变异,也许就可能因耗费资源而被淘汰。同时,Zienze的工作也诠释了生物多样性的重要性,因为微生物群正在向相互间更加依赖的方向发展,如果失去了某种微生物,其结果可能是给整个微生物群带来灾难。看来,人类还远远未能认知各种可能存在的进化机制之谜(4月6日《科技日报》)。 要快速破解基因组成的密码,让基因告诉我们更多的生命故事,庞大数据的分析研究功不可没。美国密苏里大学计算机科学助理教授Terry Culkin与加州大学研究人员一起,利用开创性的计算机算法,寻找到不同种类植物的相同DNA序列,解决了一项重要的生物难题。 此前的研究发现,不同种类动物DNA中存在着相同的遗传密码长符,但是,计算机程序从未有能力寻找植物DNA中相同的序列,因为相同的DNA序列存在于多种植物基因组内完全不同的位置,这大大增加了计算的难度,而Culkin的算法则巧妙地突破了这一藩篱。 在研究中,Culkin对拟南芥、大豆、大米、杨木、高粱和葡萄这6种植物的基因组进行了比较,同时还比较了犬、鸡、人、家鼠、猕猴和田鼠这6种动物的基因组。为完成所有的基因序列对比,其计算量令人咋舌:48台计算机处理器,以每小时100万条检索的速度工作了4周,检索总量约为320亿条。 结果还是非常令人欣喜。科学家找到了不同植物之间相同的序列,同时也发现植物序列进化存在着不同。例如,面对相同的环境挑战,不同植物解决问题的基因组密码却不相同,这点与同为复杂多细胞生物的动物类似。 除了解开了有关植物的某些进化之谜,更有意义的是,这套分析遗传密码的计算机程序本身还能帮助开发新药物,因为如果一种致病源没有开发出有效的药物治疗,但它和另一种拥有有效药物的致病源有着某种相同的基因序列模式,就可以用现有的药物或药物的改进品种进行治疗。鉴于计算技术对基因分析的重要性与日俱增,对基因组的庞大数据分析已成为美国国家优先发展项目(4月11日《科技日报》)。 近日,科学家在基因领域还有一项极具醒目的突破:携带生命遗传密码的重要载体DNA,也能被人工合成的物质替代了。 这种人工合成的物质被命名为XNA。众所周知,DNA拥有双螺旋结构,就像衣服上的拉链,由两个链条组成,链齿则是一些碱基。而XNA所用的“链齿”也是碱基,和DNA一样也能存储遗传信息,在许多关键功能上可替代DNA。 有意思的是,XNA链条和DNA链条之间还可互相结合,实现遗传信息的传递。在实验中,研究人员将一个DNA链条上的遗传信息传递到XNA上,随后再传回另一个DNA链条,遗传信息传递的准确度高达95%以上。更有甚者,如果满足一些前提条件,部分XNA聚合物在试管中还能如DNA一样,进化成不同形态! “XNA已拥有DNA的两个关键功能——遗传和进化,由于人造的XNA在分子构成上与DNA并不完全相同,这说明DNA不一定是携带生命遗传密码的唯一载体。”研究者之一、英国医学研究委员会分子生物学实验室的Philip Huolige郑重表示。 这对生命进化起源的研究具有深刻的意义——虽然地球上的生物都采用了DNA来携带遗传信息,但在宇宙中其他地方,也许存在遗传方式不相同的生命形式。另外,这也是在“人造生命”道路上迈出的重要一步,虽然,人类要使用XNA来人工编制遗传信息并创造一种新生命应该还有很长的路要走。 自从发现DNA的双螺旋结构,人们才真正认知基因的本质,打开了破译生命密码之门。至此之后,基因就开始“源源不断”地诉说着生命的秘密,但是,生命的复杂度还是远远超出我们的想象,它的进化历程究竟还有多少不可思议之处呢?人类了解自身的渴望从未像现在这样表现得如此强烈,也如此自信。■
个人分类: 科技风云|3533 次阅读|0 个评论
分析试验数据要谨慎一些
孙学军 2012-1-27 12:24
http://www.springerlink.com/content/vt413114v8v63011/ 最近研究发现呼吸或通过饮水摄取氢气可以中和机体内的活性氧,如羟基自由基,从而通过降低氧化应激诱导的脑、心脏等器官损伤对各种疾病产生保护作用。这些研究认为外源性氢气会与自由基反应,从而被机体“利用”。本研究主要是评价饮用含氢气水后氢气被机体消耗的量。 7 名成年受试者饮用氢气水后,采用气相色谱半导体检测呼吸气体中氢气的含量。呼吸气体中氢气的水平饮水后 10 分钟迅速升高到 36 ppm 。然后迅速在 60 分钟内下降到正常水平,采用呼吸时间和浓度计算出氢气释放的总数量大概为吸收氢气的 59% 。试验过程中氢气的泄露大概 3% 以下。通过皮肤释放的氢气不到 0.1% 。因此大概有 40% 的氢气被保留在身体内。由于氢气属于弱还原剂量,只能和羟基自由基发生中和反应,因此可以推断身体内产生羟自由基的速度低于 1.0 μmol/min/m 2. 这个研究工作没有太多的研究证据,只根据一组人体呼吸气体氢气浓度的检测推断出身体内羟基自由基的产生速度。恐怕太大胆了。 本人提出质疑如下: 一、 氢气还原性弱,只能和羟基自由基反应,但不能排除羟基自由基和其他物质发生反应。氢气进入身体很难和比氢气还原性强的物质进行竞争。因此不能利用氢气被“消耗”的量来判断羟基自由基的产生速度。另外氢气也可能和其他活性强的自由基反应,也不能完全归因于羟基自由基。 二、 氢气摄取和释放应该符合气体运行规律,身体内不同组织溶解和释放氢气的速度完全不同。不同性质的组织溶解氢气的能力也不同。因此难以从整体上分析氢气的保留数量。身体的成分复杂,气体进入身体内,特别是少量气体,很容易被一些分子黏附,这些气体并不是被中和,而是长时间存在于身体内。这类似于把气体通入粘稠的液体中。气体只是物理隔离在液体中而已,并没有被利用。 三、 经过皮肤释放的数量可能不准确。氢气比其他气体分子量小,更容易扩散,更容易经过皮肤扩散。 四、 成年身体内本身存在一定数量的氢气,如何排除干扰。 五、 试验的设计太过简单,例如反复试验多次,看前面保留在身体的氢气是否会影响后来的氢气释放数量。应该设计不同的剂量,看不同剂量的释放和保留是否有规律。 六、 15 年前,有学者曾经用动物试验和氢同位素标记都没有证明氢气被身体利用。而现在采用的技术分辨率远低于同位素标记。竟然说有那么多氢气被利用。别说氢气,许多药物都很难被利用 40% 。而且氢气进入身体只有几分钟时间,更不可能被利用那么多。 总之,这个资料的唯一价值是测定氢气的释放规律。其他的判断和推测近乎荒唐。 Estimation of Molecular Hydrogen Consumption in the Human Whole Body After the Ingestion of Hydrogen-Rich Water Recent studies have revealed that inhaled or ingested hydrogen gas (H 2 ) inactivates reactive oxygen species such as hydroxyl radicals in various kinds of diseases and disorders in animal models and that H 2 reduces oxidative stress-induced damage in brain, heart, and other peripheral tissues. These reports suggested that exogenous H 2 is partially trapped by oxygen radicals. This study was conducted to evaluate H 2 consumption after the ingestion of H 2 -rich water. Seven adult subjects ingested H 2 -rich water. The H 2 content of their expired breath was measured by gas chromatography with a semiconductor. The ingestion of H 2 -rich water rapidly increased breath H 2 content to its maximal level of approximately 36 ppm at 10 min after ingestion and thereafter decreased it to the baseline level within 60 min. Taken together with simultaneous measurements of expiratory minute volume, 59% of the ingested H 2 was exhaled. The loss of H 2 from the water during the experimental procedures accounted for 3% or less of the H 2 . H 2 release from the skin surface was estimated as approximately 0.1%. Based on the remaining H 2 mass balance, approximately 40% of the ingested H 2 was consumed in the body. As the H 2 molecule is reported to be a weak scavenger of hydroxyl radicals and is not effective against superoxide or hydrogen peroxide, the rate of hydroxyl radical production was estimated to be at least 1.0 μmol/min/m 2 (equivalent to 29 nmol/min/kg), assuming that the H 2 molecules were all used to scavenge hydroxyl radicals and that bacterial consumption in the alimentary tract and on the skin surface could be excluded. In summary, 59% of ingested H 2 was exhaled, and most of the remainder was consumed in the body.
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氧、活性氧和SOD
热度 4 孙学军 2011-12-27 11:01
0841575cB.pdf 最近看了个文献,题目“ Does More MnSOD Mean More Hydrogen Peroxide? ”,文章来自 University of Arkansas 的 Macmillan-Crow LA 和 Crow JP 发表在 Anti-Cancer Agents in Medicinal Chemistry ( 2011, 11, 178-180 )。文章很有意思,引起我兴趣的主要原因是将我多年的一个疑问给解释清楚了。 如果不了解这个问题,请先了解一下关于氧气和活性氧的一般背景。氧气是需氧生物重要的物质,氧气的重要性是因为它是生物体系的 唯一的最终电子接受体 。(我曾经问过许多医学生物学教授,氧气为什么重要?很少有人能回答出这个问题)生物体内能接受电子的物质很多,这些物质就是氧化性物质,例如许多金属离子和活性氧等。可以释放电子的物质也有很多,这些就是还原性物质,许多维生素和能量物质。当然也有一些物质既可以接受电子,也可以释放电子,他们具有氧化和还原两种性质。从广义上考虑,具有双性的分子更普遍。而生物体系受到物质浓度的有效管制,许多物质主要发生其中一种反应。也就是说只担负氧化物质或还原物质,这是生物化学反应的最主要特征。 氧气作为唯一的电子最终接受体,一个氧气分子可以同时接受 4 个电子,与氢离子结合产生水。氧气的重要性在于它是最终电子接受体。氧气的另一个重要性是在于生物体系进化出可以同时把 4 个电子一起传递的氧化磷酸化过程。这个还原氧气的最重要任务是由细胞色素 c 还原酶完成的。从这个角度看,这个酶的成功进化可能是生命进化过程中最最关键的一个过程,有了这个酶,才有了氧气的利用,才有了高等生物进化的基础。 氧气是非常重要的氧化剂,而且是一种非常安分的分子。 几乎所有(98%或更多)的氧气都是先与血红蛋白结合,被运输到组织细胞,然后在细胞内的氧气结合蛋白(如肌红蛋白)协助下,转移到细胞的线粒体,最后接受四个电子完成使用。 98% 是完全被一次性还原成水,但其中 1-2% 的氧气没有同时接受 4 个电子,而是只接受 1 个电子(注意不是接受 2 或 3 个)。接受一个电子的氧气与接受 4 个电子的氧气的后果完全不同。接受 4 个电子的氧气变成水,就完成了使命。而接受一个电子的氧气变成了超氧阴离子。当然这个接受一个电子过程也往往不是自发产生,也是一种酶催化的生物化学反应。例如 NADPH 氧化酶,就是这种著名的常见的产生方式。这类过程有个重要特征,是要酶把还原性物质的一个电子转移给氧气。 氧气获得一个电子变成超氧阴离子,就不像氧气那么安分了,这是一个可以主动接受和释放电子的角色,也就是说可以在没有酶的协助下与其他物质发生化学反应。而且,作为一个离子,在细胞内由于存在各类膜结构的限制,往往不容易自由扩散,这往往具有在局部产生高浓度的趋势。生物体系最不希望的事情就是无法控制的化学反应。解决这个问题的办法仍需要借助酶。生物体系进化出一类专门清除这个分子的物质,那就是 SOD 。而且要保证有两个效果,一是把超氧阴离子的浓度降低到最低,这需要浓度比较高。另外可以把它们转变成另一个活性相对比较弱,而且可以自由扩散的分子过氧化氢,后者可以通过扩散迅速把局部的活性氧浓度降低到安全浓度。为了保证效果可靠,在细胞的各个角落都存在,就连细胞外也有这类物质,而且浓度是相当地高。 这个文章主要阐述了一个常见误解,那就是认为:如果 SOD 多了,细胞内的过氧化氢就一定会高。 这个问题也困惑我多年,今天看到此文章,很有相见恨晚的感觉。首先一个疑问是 SOD 只催化一种反应吗?答案是不。主要的反应是将超氧阴离子变成氧气和过氧化氢。在一定条件下,也可以将过氧化氢催化成超氧阴离子。这符合酶催化化学反应的双向特征。另外在存在一氧化氮的情况下,可以将过氧化氢变成亚硝酸阴离子(毒性远远超过上述几个分子,说明 SOD 绝对不是只做好事不办坏事的)。这个文章对理解 SOD 是非常好的一个资料。 为什么 SOD 增加,过氧化氢不一定增加? 为什么不会发生这样似乎很应该发生的事情?原因很简单,因为正常情况下, SOD 已经足够多,远远超过超氧阴离子的需要量。就是说已经达到饱和,再继续增加也不会增加催化效果了。这道理似乎很简单,催化剂有一个浓度上限很正常。不过在生物体内这种情况并不常见,往往都不是达到饱和浓度。在这个催化的生物化学反应中,反映速度几乎完全决定于超氧阴离子浓度。 从过氧化氢角度考虑,其浓度不仅决定于产生速度,也就是说超氧阴离子浓度。也受到降解速度的影响,而影响和负责过氧化氢降解速度有过氧化氢酶(最快)、谷胱甘肽过氧化物酶 peroxidases 和过氧化 还原 物酶 peroxiredoxins (两个英文表达不同)。 关于检测过氧化氢的方法,文献中最常用的是 DCDHF-DA ,但我们要知道这个分子对检测过氧化氢不具有特异性。如果要进行特异性检测过氧化氢,建议采用 Amplex Red assay 。不过,这个问题过去经常有人论述。 如何解释 SOD 过量表达的细胞保护作用,如果 SOD 增加可以促进过氧化氢产生,产生的后果有可能产生毒性。为什么没有产生?许多研究表明其作用可能与降低亚硝酸阴离子产生减少有关系。这个过程是这样发生的,当生物系统内存在一氧化氮, NO 可以迅速与超氧阴离子发生反应,并产生亚硝酸阴离子。后者誉也可以对 SOD 产生直接毒性作用,降低酶活性。而这个时候由于超氧阴离子迅速下降,可以通过 SOD 动员过氧氢转化成超氧阴离子(逆反应发生)。原来是这样!
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文献导读-----------衰老后疾病是如何引发的
热度 2 zhangjinami 2011-4-10 07:48
nature09787-s1.pdf nature09787.pdf 作者:Ronald A. DePinho,在美国哈佛研究肿瘤的 发表期刊:nature 题目:Telomere dysfunction induces metabolic and mitochondrial compromise 研究背景及内容:端粒异常会引发细胞内p53介导的细胞衰老和细胞凋亡途径,会引起细胞各方面的活动最终慢慢消失,作者发现端粒的异常引发p53活动会使得,与线粒体功能有关的两个蛋白PGC-1a和PGC-1b表达下降,而这两种蛋白对于线粒体的正常功能是必须的,线粒体功能的异常会引发很多疾病,如心肌病、肌肉萎缩、糖尿病等等,这篇文章向我们介绍了衰老后疾病产生的一个模型,也解决了我长期困惑的一个问题:如果是基因异常导致了疾病的发生,那么为什么有些只在老年发生而不再幼年期发生? 作者思路的由来:研究很多的疾病如;肌肉萎缩、糖尿病、心肌病等,它们的发病与多种分子的有关,最终会出现过早的衰老,另外衰老的组织细胞会出现线粒体异常的积累,线粒体DNA异常增加,活性氧ROS积累。过去的研究表明了端粒和衰老的关系主要有两种学说:一种是氧化损伤和修复学说;另一种是端粒学说。现在作者把衰老和疾病发生联系到了一起。 1 作者的实验设计思路 作者通过端粒酶基因敲出小鼠构建了纯的端粒酶缺乏的一代和四代小鼠,以野生小鼠为对照组。 作者选取了增殖旺盛的细胞和增殖相对静止的细胞:肠细胞、造血干细胞和肝脏和心脏细胞。 作者在这个过程中研究了小鼠体重变化、饮食变化、运动的变化等。 作者分析了血液中生化成分的变化,特别是与代谢有关的物质。 作者做了解剖,从器官水平观察不同实验鼠的变化。 2 研究发现的相关现象 2.1发现了很多基因的扰动如:氧化磷酸化的基因、SOD1(谷胱甘肽过氧化物酶,与抵御细胞氧化有关)、糖质新生的基因、b氧化等相关的基因表达异常而这些基因收到了PGC-1a和PGC-1b的调节。 2.2 进一步的研究发现,端粒的异常会导致线粒体ATP合成减少,细胞超氧自由基增加等线粒体的功能的异常变化 2.3 作者又做了相关实验,表明了PGC-1a和PGC-1b添加会使得线粒体的先关异常得以恢复,这就得到了一个线性的关系-telomere------PGCs--------与线粒体有关的相关基因。 2.4 作者做到这里就得出结论,那么就没有什么值得赞扬的了,作者又想到了端粒异常导致p53激发,引起细胞凋亡的过程,因此作者就想p53是不是直接调节了PGCs那?于是作者有引进了p53基因敲出的小鼠,通过小鼠之间的交配,得到了terc-/-相关基因和p53-/-都缺失小鼠和只有p53缺失的小鼠,大体重复上面的实验,结果发现了p53缺失的小鼠即使端粒异常也不会产生线粒体功能异常的变化,这就得到了一个新的关系 端粒异常-------启动p53--------抑制PGCs--------抑制与线粒体维持正常功能基因的表达-------线粒体异常引发疾病最终导致衰老。 这个过程是一个逐步累积的过程,因为线粒体异常ROS增加,进一步破坏端粒,端粒损伤进一步加剧,进一步引发线粒体的异常,有些疾病的病人器官损伤是很快的,一旦发病后可能就逐渐加剧。 注:真实的研究是相当复杂的,光研究材料附件就多达172张pdf,作者文章中的每一个观点都是用实验验证的,深刻体会到了做科学研究的严谨性。 不明白的问题:在静止细胞,G4代没有出现细胞凋亡,一般的话端粒异常或者线粒体异常都会引发细胞凋亡 结论:现在很多的研究就是把以前的知识给结合在一起,如果A与B有关系,而B与C有关系,那么A与C的关系可能是由B介导的,这是个很简单线性关系,但是生物学中很多的研究就是发现这些关系,寻找解决疾病的新方法。发现规律是需要长期积累的,然后把所积累的知识联系起来,就有可能有新的研究思路。
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氢气的抗氧化
jozheng 2011-2-15 19:37
氢气通过选择性的减少具有细胞毒性的氧自由基含量在治疗学中扮演抗氧化剂的作用 缺血再灌注或是炎症导致的急性氧化应激会引起组织的一系列损伤,持久性的氧化应激被认为是许多常见疾病包括癌症的诱因。在此,我们描述了氢气在预防和治疗疾病中具有作为抗氧化剂的潜能并得到应用。我们通过三种独立方法在培养细胞中建立急性氧化应激模型。氢气选择性地减少了羟自由基,最具毒性的活性氧(ROS)并有效的保护了细胞;但是,氢气并没有和氧自由基反应,这就使得氢气具有生理作用。我们使用了一通过脑部局部缺血和再灌注导致的氧化应激急性老鼠模型。氢气气体的吸入通过缓解氧化应激的作用,显著的抑制了大脑的损伤。因此,氢气可以作为一种有效的抗氧化剂治疗;主要归功于氢气能快速穿过半透膜的能力,到达并与具有细胞毒性的活性氧反应从而起到保护细胞的作用。 氧化应激源于细胞内活性氧(ROS)或是自由基过多导致的强氧化性。大部分的超氧阴离子基团(O2-)是有线粒体通过电子转运链和Krebs循环的电子泄漏产生的。O2-还能通过代谢的氧化酶作用产生,其中包括NADPH激酶和黄嘌呤激酶。超氧化物歧化酶将O2-转化为过氧化氢(H2O2),过氧化氢再经谷胱甘肽过氧化物酶或是过氧化氢酶脱毒转化为水H20。过剩的O2-会较少转换金属离子如三价铁和2价铜,减价形式的Fe和cu又能通过Fenton反应与过氧化氢反应生成羟自由基(OH)。羟自由基(OH)是氧化剂中最强的氧化剂并能和核酸,脂质和蛋白质轻易反应。对于羟自由基现在还没有其相应的脱毒系统,因此,去除羟自由基是抗氧化过程中的决定性一步。 虽然O2-和过氧化氢具有细胞毒性,大师他们在低浓度下具有非常重要的生理作用:他们的功能如调节大量的信号转导级联的信号分子,也能调节一些生物进程如细胞凋亡,细胞增殖和分化。在高浓度下,过氧化氢会被髓过氧化物酶转化为次氯酸,而次氯酸是抵抗微生物入侵的物质。一氧化氮,另一种活性氧,他的功能是作为神经递质和血管舒张的必须物质。因此,具有细胞毒性的自由基如羟自由基必须在没有影响必须的生物学活性和生理作用下下才能被中和。我们在该文章中阐述了氢气能在没有影响其他自由基的情况下减缓由羟自由基导致的细胞毒性,由此我们推测氢气在预防和治疗疾病的应用中具有潜在的抗氧化活性。 结果 氢气选择性地减少了细胞培养液中羟自由基的含量 氢气还原为请自由基是由辐射水解或是光水解产生的;但是,氢气是否能有效地在活细胞中中和羟自由基至今还没有直接的报道。 细胞损伤是由自然产生的羟自由基引起的,他的含量很低是检测不到的,我们在PC12细胞培养系中使O2-产生。 为此,我们用线粒体呼吸复合体抑制剂-抗霉素A来处理细胞,经过抗霉素A处理后,细胞中的O2-被快速转化为过氧化氢。抗霉素A的添加增加了细胞中O2-和过氧化氢的水平,通过 氧化的MitoSOX发出的荧光信号可以检测得到。(图1a)和2,7-DCF(图一)。 我们将氢气和氧气溶解到培养基中,并培养24小时,期间保持氢气的水平。 培养液中溶解的氢气并没有没有增加MitoSOX和DCF的信号。 另外,氢气没有降低平稳状态下的一氧化氮水平。 相反的是,通过荧光信号来判断氢气处理显著地降低了羟自由基的水平。 当我们将细胞暴露在抗霉素A(30ug/ml)并在没有氢气的条件下,HPF信号在细胞核和细胞质区域都有增加,可能是因为透过线粒体的过氧化氢产生了羟自由基的原因。值得注意的是 氢气降低了细胞核区域的羟自由基水
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