德国马克斯-普朗克免疫生物学与表观遗传学研究所Dominic Grün课题组，在细胞空间状态下揭示基因表达变化的动力学。该研究成果2019年11月18在线发表在《自然—方法学》上。
研究人员介绍了VarID计算方法。这种方法可以识别细胞状态空间中局部均质邻域，从而可以量化基因表达过程中的局部变化。VarID描绘了差异基因表达的变异性邻域，并揭示了差异化过程中基因表达变化的伪时间动态。
据介绍，在单细胞转录组水平量化低表达的谱系决定因子对于揭示细胞状态转变是至关重要的，这需要敏感的计算方法测量低表达基因的变化。
附：英文原文
Title: Revealing dynamics of gene expression variability in cell state space
Author: Dominic Grn
Issue&Volume: 2019-11-18
Abstract: To decipher cell state transitions from single-cell transcriptomes it is crucial to quantify weak expression of lineage-determining factors, which requires computational methods that are sensitive to the variability of weakly expressed genes. Here, I introduce VarID, a computational method that identifies locally homogenous neighborhoods in cell state space, permitting the quantification of local variability in gene expression. VarID delineates neighborhoods with differential gene expression variability and reveals pseudo-temporal dynamics of variability during differentiation.
DOI: 10.1038/s41592-019-0632-3
Source: https://www.nature.com/articles/s41592-019-0632-3
Nature Methods：《自然—方法学》，创刊于2004年。隶属于施普林格·自然出版集团，最新IF：47.99
官方网址：https://www.nature.com/nmeth/
投稿链接：https://mts-nmeth.nature.com/cgi-bin/main.plex
本期文章：《自然—方法学》：Online/在线发表
