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美国南加州大学Christopher M. Rose、德国慕尼黑工业大学Bernhard Kuster等研究人员合作为单细胞蛋白质组学定义了载体蛋白质组限制。这一研究成果于2020年12月7日在线发表在国际学术期刊《自然—方法学》上。

研究人员表示，质谱法单细胞蛋白质组学（SCoPE-MS）是最近引入的用于量化多路复用单细胞蛋白质组的方法。尽管这项技术令人兴奋，但基础技术（等压标记和质谱（MS））存在技术局限性，有可能影响数据质量和生物学解读。当使用载体蛋白质组（即单细胞蛋白质组量的25-500倍的样品）进行肽鉴定时，这些限制尤其重要。

研究人员进行了控制实验，增加了载体蛋白质组的数量，并评估了定量准确性，因为这与质量分析仪的动态范围、多路复用水平和所采样离子的数量有关。研究人员证明了增加载体蛋白质组水平需要同时增加采样离子的数量，从而保持定量精度。

最后，研究人员介绍了单细胞蛋白质组伴侣（SCPCompanion），该软件工具可以快速评估单细胞蛋白质组数据，并推荐仪器和数据分析参数以提高数据质量。

附：英文原文

Title: Defining the carrier proteome limit for single-cell proteomics

Author: Tommy K. Cheung, Chien-Yun Lee, Florian P. Bayer, Atticus McCoy, Bernhard Kuster, Christopher M. Rose

Issue&Volume: 2020-12-07

Abstract: Single-cell proteomics by mass spectrometry (SCoPE-MS) is a recently introduced method to quantify multiplexed single-cell proteomes. While this technique has generated great excitement, the underlying technologies (isobaric labeling and mass spectrometry (MS)) have technical limitations with the potential to affect data quality and biological interpretation. These limitations are particularly relevant when a carrier proteome, a sample added at 25–500× the amount of a single-cell proteome, is used to enable peptide identifications. Here we perform controlled experiments with increasing carrier proteome amounts and evaluate quantitative accuracy, as it relates to mass analyzer dynamic range, multiplexing level and number of ions sampled. We demonstrate that an increase in carrier proteome level requires a concomitant increase in the number of ions sampled to maintain quantitative accuracy. Lastly, we introduce Single-Cell Proteomics Companion (SCPCompanion), a software tool that enables rapid evaluation of single-cell proteomic data and recommends instrument and data analysis parameters for improved data quality.

DOI: 10.1038/s41592-020-01002-5

Source: https://www.nature.com/articles/s41592-020-01002-5

Nature Methods：《自然—方法学》，创刊于2004年。隶属于施普林格·自然出版集团，最新IF：47.99
官方网址：https://www.nature.com/nmeth/
投稿链接：https://mts-nmeth.nature.com/cgi-bin/main.plex