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2021年5月7日出版的《自然—方法学》杂志发表了美国科学家的一项最新研究成果。来自加州大学圣地亚哥分校的Gene W. Yeo团队在单细胞水平揭示RNA结合蛋白和核糖体的RNA靶点。

研究人员表示，RNA结合蛋白（RBP）是RNA加工的关键调节因子，这一过程是基因表达和基因功能所需的。然而，在单个细胞中RBP调节的动力学是未知的。

为了解决这种理解上的差距，研究人员开发了STAMP（Surveying Targets by APOBEC-Mediated Profiling），可有效检测RBP-RNA的相互作用。STAMP不依赖于紫外线交联或免疫沉淀，当与单细胞捕获结合使用时，可以在单个汇总实验中鉴定多种RBP和细胞类型的RBP特异性和细胞类型特异性RNA蛋白相互作用。将STAMP与长读测序结合能够以亚型特异性的方式产生RBP靶位点。

最后，Ribo-STAMP利用小核糖体亚基来测量了单个细胞中转录组范围的核糖体结合。STAMP能够以前所未有的细胞分辨率研究RBP-RNA相互作用组和翻译图谱。

附：英文原文

Title: Robust single-cell discovery of RNA targets of RNA-binding proteins and ribosomes

Author: Kristopher W. Brannan, Isaac A. Chaim, Ryan J. Marina, Brian A. Yee, Eric R. Kofman, Daniel A. Lorenz, Pratibha Jagannatha, Kevin D. Dong, Assael A. Madrigal, Jason G. Underwood, Gene W. Yeo

Issue&Volume: 2021-05-07

Abstract: RNA-binding proteins (RBPs) are critical regulators of gene expression and RNA processing that are required for gene function. Yet the dynamics of RBP regulation in single cells is unknown. To address this gap in understanding, we developed STAMP (Surveying Targets by APOBEC-Mediated Profiling), which efficiently detects RBP–RNA interactions. STAMP does not rely on ultraviolet cross-linking or immunoprecipitation and, when coupled with single-cell capture, can identify RBP-specific and cell-type–specific RNA–protein interactions for multiple RBPs and cell types in single, pooled experiments. Pairing STAMP with long-read sequencing yields RBP target sites in an isoform-specific manner. Finally, Ribo-STAMP leverages small ribosomal subunits to measure transcriptome-wide ribosome association in single cells. STAMP enables the study of RBP–RNA interactomes and translational landscapes with unprecedented cellular resolution.

DOI: 10.1038/s41592-021-01128-0

Source: https://www.nature.com/articles/s41592-021-01128-0

Nature Methods：《自然—方法学》，创刊于2004年。隶属于施普林格·自然出版集团，最新IF：47.99
官方网址：https://www.nature.com/nmeth/
投稿链接：https://mts-nmeth.nature.com/cgi-bin/main.plex