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美国布莱根妇女医院Stephen J. Elledge团队近期取得重要工作进展，他们研究提出了使用功能遗传学筛选平台进行高通量、靶向MHC I类免疫肽组学的研究。相关研究成果2023年1月2日在线发表于《自然—生物技术》杂志上。

据介绍，CD8⁺ T细胞表位的鉴定对于免疫疗法的进展至关重要。现有的主要组织相容性复合体I类（MHC I类）配体发现方法是时间密集型的、专门化的，无法大规模鉴别特定蛋白质。

研究人员介绍了EpiScan，它使用表面MHC I类水平作为基因编码肽是否为MHC I级配体的读取标准。可以使用寡核苷酸合成设计由>100000个多肽组成的预定起始池，允许大规模MHC I类筛选。研究人员利用EpiScan的这种可编程性，揭示了半胱氨酸的一个未被认可的作用，它将预测配体的数量增加了9-21%，通过分析偏倚的锚定肽库揭示亲和层次，并筛选了MHC I类配体的病毒蛋白质组。使用这些数据，研究人员生成并迭代优化肽结合预测，以创建EpiScan 预测器。EpiScan 预测器的性能与其他最先进的MHC I类肽结合预测算法相当，而不受含半胱氨酸肽表达不足的影响。

因此，使用EpiScan的靶向免疫肽组学将加速CD8⁺ T细胞表位的发现，从而实现个体特异性免疫治疗的目标。

附：英文原文

Title: High-throughput, targeted MHC class I immunopeptidomics using a functional genetics screening platform

Author: Bruno, Peter M., Timms, Richard T., Abdelfattah, Nouran S., Leng, Yumei, Lelis, Felipe J. N., Wesemann, Duane R., Yu, Xu G., Elledge, Stephen J.

Issue&Volume: 2023-01-02

Abstract: Identification of CD8+ T cell epitopes is critical for the development of immunotherapeutics. Existing methods for major histocompatibility complex class I (MHC class I) ligand discovery are time intensive, specialized and unable to interrogate specific proteins on a large scale. Here, we present EpiScan, which uses surface MHC class I levels as a readout for whether a genetically encoded peptide is an MHC class I ligand. Predetermined starting pools composed of >100,000 peptides can be designed using oligonucleotide synthesis, permitting large-scale MHC class I screening. We exploit this programmability of EpiScan to uncover an unappreciated role for cysteine that increases the number of predicted ligands by 9–21%, reveal affinity hierarchies by analysis of biased anchor peptide libraries and screen viral proteomes for MHC class I ligands. Using these data, we generate and iteratively refine peptide binding predictions to create EpiScan Predictor. EpiScan Predictor performs comparably to other state-of-the-art MHC class I peptide binding prediction algorithms without suffering from underrepresentation of cysteine-containing peptides. Thus, targeted immunopeptidomics using EpiScan will accelerate CD8+ T cell epitope discovery toward the goal of individual-specific immunotherapeutics.

DOI: 10.1038/s41587-022-01566-x

Source: https://www.nature.com/articles/s41587-022-01566-x

Nature Biotechnology：《自然—生物技术》，创刊于1996年。隶属于施普林格·自然出版集团，最新IF：68.164
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