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英国伦敦玛丽女王大学Faraz K. Mardakheh等研究人员合作发现，TREX揭示与活细胞中特定RNA区域结合的蛋白质。该研究于2024年2月19日在线发表于国际一流学术期刊《自然—方法学》。

研究人员介绍了TREX（RNase H介导的交联RBP靶向提取），这是一种高灵敏度的方法，用于鉴定活细胞中直接与特定RNA区域结合的蛋白质。研究人员证明TREX在鉴定U1 snRNA的已知相互作用者方面优于现有方法，并揭示了NORAD长非编码RNA的内源性特异性区域相互作用者。

利用TREX，研究人员生成了一个全面的45S rRNA各区域相互作用组，并发现了调节核糖体生物发生的既有的和以前未知的相互作用。TREX适用于不同类型的细胞，是一种以RNA为中心的工具，可用于无偏倚地绘制活细胞中内源性RNA蛋白相互作用的位置图谱。

据悉，RNA分子的不同区域往往会与不同的RNA结合蛋白（RBP）发生特定的相互作用，从而产生多种多样的RNA调节和功能模式。然而，目前还没有方法能在活细胞和内源环境下无偏倚地鉴定与特定RNA区域相互作用的RBP。

附：英文原文

Title: TREX reveals proteins that bind to specific RNA regions in living cells

Author: Dodel, Martin, Guiducci, Giulia, Dermit, Maria, Krishnamurthy, Sneha, Alard, Emilie L., Capraro, Federica, Rekad, Zeinab, Stojic, Lovorka, Mardakheh, Faraz K.

Issue&Volume: 2024-02-19

Abstract: Different regions of RNA molecules can often engage in specific interactions with distinct RNA-binding proteins (RBPs), giving rise to diverse modalities of RNA regulation and function. However, there are currently no methods for unbiased identification of RBPs that interact with specific RNA regions in living cells and under endogenous settings. Here we introduce TREX (targeted RNaseH-mediated extraction of crosslinked RBPs)—a highly sensitive approach for identifying proteins that directly bind to specific RNA regions in living cells. We demonstrate that TREX outperforms existing methods in identifying known interactors of U1 snRNA, and reveals endogenous region-specific interactors of NORAD long noncoding RNA. Using TREX, we generated a comprehensive region-by-region interactome for 45S rRNA, uncovering both established and previously unknown interactions that regulate ribosome biogenesis. With its applicability to different cell types, TREX is an RNA-centric tool for unbiased positional mapping of endogenous RNA–protein interactions in living cells.

DOI: 10.1038/s41592-024-02181-1

Source: https://www.nature.com/articles/s41592-024-02181-1

Nature Methods：《自然—方法学》，创刊于2004年。隶属于施普林格·自然出版集团，最新IF：47.99
官方网址：https://www.nature.com/nmeth/
投稿链接：https://mts-nmeth.nature.com/cgi-bin/main.plex