转录组测序数据在分析过程中的应该对其每一步的产生结果，都做一下评估，也即质量控制(QC)。

      reads回贴后，回贴情况也应进行相应的评估。

      对于有参考基因组的物种来说，在将转录组测序数据回贴到基因组(如mm9.fa)之后，首先我们应该看一下回贴率如何。看回贴率的目的就是为了看转录组测序数据有多少能回贴到基因组。

      但是仅仅评估基因组回贴率是不够的，比如一个转录组数据中可能有DNA污染，那么此时基因组比对率也可以很高啊！因此，再作以下转录组(如mm9_mrna.fa)比对就显的很重要了！

      方法：

      1.回贴到基因组，以基因组的fasta文件作为参考文件，用tophat回贴即可；

      2.回贴到转录组，应以转录组的fasta文件作为参考文件，用bowtie回贴(注意:是bowtie，不是bowtie2)；