科学创新活动是一个多要素投入和多要素产出的过程，这就决定了科学创新能力是一个综合性的系统概念，是由多维能力构成的能力系统。因此，要客观、准确地评价一个国家的科学创新能力，需要综合运用多种方法，进行多维度、多视角的考察和分析，全面把握中国科学创新体系的优势与问题，探求中国科学创新能力实现跨越发展的可能道路。

具体来说，评价一国科学创新能力，需要综合运用以下三种基本方法：

历史分析的方法 任何事物的发展是由其内部矛盾推动的由量变到质变的过程，科学创新能力的提升也不例外。科学上的创新是一种连续性和积累性的活动，没有长期的科学知识的积累，就不会有科学上的重大创新突破。对于单项原创性成果的产生如此，对于一个国家科学创新能力的提升，同样也需要一个积累过程。科学创新能力作为国家科学创新系统的潜能和效能，它的实现和发展演变直接受系统的组织结构和运行机制的影响和制约，而系统的结构和运行机制是否合理和高效，依赖于国家对发展科学的目标定位。

国家科学创新体系作为国家系统中的一个子系统，它的形成与发展总是与国家发展的阶段性目标相联系，在不同的发展阶段所面临的问题和所要解决的矛盾不同，科学在社会系统中的地位和作用也不一样；同时，科学创新体系又具有自身演变的逻辑，即过去科研宏观管理制度的创新绩效对现在和未来创新能力的发展重大影响。本报告将中国科研宏观管理制度的历史演变及其特点与国家经济社会发展的历史实践结合起来，考察这一制度产生和发展的历史背景、条件和进程，分析不同发展阶段制度的优势和不足，把握哪些是发展中的问题，哪些是带有根本性的问题，以期揭示中国国家科学创新能力的演变规律。

系统评价的方法  科学创新能力是由知识的、管理的、文化的诸多相互联系的要素构成的有机整体，是由多维能力构成的能力系统。评价一个国家科学创新能力不仅要看到创新的优势，还要看到创新劣势，有时候制度设计好了，劣势可以变成优势；不仅要看创新产出的数量和品质，还要看创新资源供给、创新投入-产出绩效；不仅要看到国家整体创新能力表现，还应该看到个体创新能力的发挥。通过对科学创新能力全面地考察和分析，从整体上把握制约中国科学创新能力的关键因素，科学技术发展状况能否为国家未来经济社会发展提供重要支撑，存在怎样的差距等。本报告将从国家发展路径和国家科技体系布局出发，运用科学计量分析手段着重考察近十年来我国科学资源投入与系统产出的关系，考察科学创新产出的数量、质量与资源配置结构的关系，不同层面创新能力之间的关系以及国家整体科学创新能力的状况与地位等。

合理比较的方法  任何事物的发展既具有共性或普遍性，又具有个性或特殊性，是共性和个性、普遍性和特殊性的辩证统一。科学的发展也不例外。一方面，科学发展离不开一定的制度和文化环境，不同国家科学资源禀赋不同，文化传统和制度环境不同，科学发展的路径选择可能存在较大差异，各个国家科学的发展有其特殊规律。另一方面，科学研究创新具有相对独立性，有其自身发展的内在逻辑，科学的发展又存在普遍规律。这就为比较研究提供了可能性。随着全球经济一体化的发展，当前世界各国科学发展逐步走向全球化，研究问题、研究资源和研究手段的国际化趋势不断增强。这就使对不同国家的科学创新能力进行比较分析成为必要。