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1 简介
prodigal(Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm)用于原核微生物基因组和宏基因组的基因预测, 是Oak Ridge National Laboratory和University of Tennessee-Knoxville 在2007年联合开发的。更多信息(https://github.com/hyattpd/Prodigal/wiki/introduction)
2下载及安装
代码托管于github上,主页地址为:https://github.com/hyattpd/Prodigal
从github上下载压缩包
使用tar -xzvf解压,进入文件目录,使用make install安装即可。
3 使用方法
prodigal [-a trans_file] [-c] [-d nuc_file] [-f output_type]
[-g tr_table] [-h] [-i input_file] [-m] [-n] [-o output_file]
[-p mode] [-q] [-s start_file] [-t training_file] [-v]
-a: 输出的蛋白序列文件名
-c: 封闭的两端。即不允许基因的一端没有起始和终止结构.
-d: 输出的核酸序列文件名
-f: 输出文件格式(gbk, gff, or sco),默认gbk.
-g: 指定密码子表(默认11).
-h: 帮助.
-i: 指定FASTA/Genbank输入文件(默认标准输入).
-m: 屏蔽碱基N.
-n: Bypass Shine-Dalgarno trainer and force a full motif scan.
-o: 指定输出文件(默认标准输出).
-p: 选择过程(单个样品或meta样品),默认单个样品。
-q: Run quietly (suppress normal stderr output).
-s: 将所有带有得分的潜在基因写入到指定文件中
-t: 写入一个训练文件。否则读取并使用一个指定的训练文件
-v: 打印版本号
以基因组contig文件为例:
prodigal -a protein_seq.fasta -d nucleotide_seq.fasta -o genes.gff -s poteintial.stat -i contig.fasta")
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