美西的自由主义者比别处可能是要多一点。 今天打开FB，就看到PLoS ONE上很兴奋地宣布它在Wired关于新社会主义及全球集体合作的讨论中被排为马克思列宁的继承者。

Wired的历史权威性不论，PLoS ONE这一阵子在主流新闻里的出镜率是相当高的。比起其他的科学杂志， PLoS ONE个性像刚灌下三份浓咖，尤其是Ada上了Google首页那天。  这几天的热门话题是关于科学家作弊是否很广泛的问题. 有朋友说这样多的Publicity 可能会给人浮躁的印象。 作为开放式出版的坚定粉丝， 我只为它能够成长到今天，吸引到这么多的兴趣感到高兴。  有这样的立场，不仅是因为有点理想主义的倾向，或者是因为好些朋友在给PLoS系列杂志作编委。 归根到底，还是因为在以前的研究中被收费杂志的控制欲“烧“到的缘故

零一年，我从实验生物转向到系统生物。因为老板手下就我一个生物科班出身的，怎么把实验结果忠实地转化成能在系统计算中可利用的数据就成了我的课题之一。 在当时的条件下，面临的挑战远超过了预计。 概念对照， 统一词汇，这些基础性的国际合作都还刚开始。 在人力不够的情况下，我找到了伯克里信息管理学院的Marti 合作，企图用计算语言学的方法来解决数据量过大的问题。 这个项目（BioText）拿到美国国立科学基金支持。解决了生物医学词汇的计算鉴别后， 接下来的Text-mining部分，我建议课题组侧重于全篇文献的分析，尤其是图片数据说明部分。 写过文章的人都知道，Abstract里面的信息有限，Introduction大多没有新意，Discussion部分可能是Sheer Speculation.  即使是数据图片，也还要通过对照其实验设计来判断结论是否合理。 这样的方向选择，立刻面临了未期的法律问题。   在生命科学领域，自然，细胞，和科学这样的权威性杂志都是收费的。 人看了文章记笔记没问题，计算机去Text-mine就侵犯版权。 我们的研究只能集中在一些开放性出版的杂志上，采样范围很受限制。  所以当PLoS 在零三年成立时，大家都成了坚定的粉丝。

去年第一次写通讯作者的文章，首先想到的就是PLoS系列。公司让发就不容易，要交买路钱岂不是限制了读者人群。 因为结论涉及医学实践，CompBio 副编的前老板建议我赶快投PLoS ONE。文章的编委很负责，动作也非常快，从投稿到修改到发表也就四个多月，还是主要因为第二稿要法律部审核拖了点时间。　和国内的朋友谈起来，提到这个杂志完全没有Impact Factor, 有点担心．朋友安慰说就当潜力股吧．　今天看到中国农科院和农业大学的黄瓜基因组就发在PLoS ONE上，心里踏实了点。 也希望这么可爱的杂志能越办越好，大家受惠。

　

http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0005795
http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0005738
http://www.wired.com/culture/culturereviews/magazine/17-06/nep_newsocialism?currentPage=2

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