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Genome MuSic(Mutational Significance in Cancer)Linux下的安装

已有 4935 次阅读 2016-5-5 14:40 |个人分类:科研文章|系统分类:科研笔记|关键词:学者| Music

参考资料:

    http://gmt.genome.wustl.edu/packages/genome-music/install.html

     http://readline.net/?tag=music

     

   Genome MuSic是perl包,安装过程主要是

   1、perl -MCPAN -e shell                           进入CPAN界面

   2、i  /Genome/                                         查询Genome相关模块

   3、install Genome                                    安装Genome的相关包

   4、i  /Genome::Model::Tools::Music/        查询Music的相关模块

   5、install Genome::Model::Tools::Music   安装Music的相关包

   

   (一) 在安装过程中,第一步操作时发现出现

   

       google查找可以通过yum install perl-CPAN进行安装,尝试过发现

   

   没有该包的存在,利用yum search perl- 也未发现此包。于是从http://search.cpan.org/~andk/CPAN-2.10/lib/CPAN.pm

下载到服务器上进行安装,安装步骤如下:

       (1)tar -zxvf CPAN-2.10.tar.gz  文件解压

       (2)cd CPAN-2.10                     进入目录

       (3)perl Makefile.PL                  生成makefile

       (4)make

       (5)make test                            提示all test ok时,进行下一步

       (6)make install

   此处cpan.pm模块安装成功后,尝试perl -MCPAN -e shell时,显示

   

   (二)i /Genome/                                            一切正常

   (三)install Genome                                      按照提示操作,一切正常,需要点时间

   (四)i  /Genome::Model::Tools::Music/          一切正常

   (五)install Genome::Model::Tools::Music     显示Can't locate Bit/Vector.pm,

         利用命令“sudo perl -MCPAN -e 'install Bit::Vector'”进行Vertor.pm安装

   重新install Genome::Model::Tools::Music时,提示错误信息如下:

进入/root/.cpan/build/Genome-Model-Tools-Music-0.04-mEWDzk,删除Genome-Model-Tools-Music-0.04-mEWDzk,然后再重新运行install Genome::Model::Tools::Music,一切正常。

   这五步成功运行后,输入命令genome music -h,显示如下


 



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