这个分析是基于公共数据TCGA的胃癌RNASeq表达谱数据。这批数据中，有20个样本幽门螺旋杆菌（+），有153个样本幽门螺旋杆菌感染（-），其他样本没有检测数据。

差异基因寻找方法：t检验，p value < 0.05

当然，还有其他常用的差异基因寻找方法：1) SAM; 2) edgeR or DEseq。这些方法的结果，暂时不公开，有更新会及时通知。

有109个是显著上调，1053个是显著下调。

用David网站，上下调的差异基因的功能富集分析。结果是可以下载的，链接在文章末尾处。

这里，我们只展示上调基因的显著功能富集的结果。因为过表达更适合做为生物标记物。

David网站用了很多基因注释来源，包括uniprot，kegg, gene ontology等。下面展示的是上调基因在各个基因注释来源中富集terms的个数。

下面，展示了上调基因的富集功能的terms。这里有一些功能很有意思，例如“GO:0031012~extracellular matrix”，“GO:0070062~extracellular exosome”，“GO:0006954~inflammatory response”。手里有样本的朋友们，可以自己设计引物验证。

这里用柱状图展示了“GOTERM_BP_DIRECT”中的terms。

下载链接：

http://pan.baidu.com/s/1nuEppMD

压缩包中有下面文件

差异基因结果：tcga_stad_hpylori.sigGenes.csv

上调基因的david富集结果： tcga_stad_hpylori.sigGenes.up.david.csv

下调基因的david富集结果：tcga_stad_hpylori.sigGenes.down.david.csv