Analysis of Reproducibility of Proteome Coverage and Quantitation Using Isobaric Mass Tags (iTRAQ and TMT)
使用等压质量标签（iTRAQ和TMT）分析蛋白质组覆盖和定量的再现性
发表期刊：Journal of proteome research
影响因子：4.466
发表时间：2017.02.03
发表单位：蛋白质组学国际公司 西澳大利亚大学，
研究手段：iTRAQ TMT
研究背景
基于定量质谱的蛋白质组学方法可以测量多个蛋白质组间的蛋白质丰度变化，iTRAQ和TMT是常用的定量手段，测定原理相同，但是在质量和结构上略有不同，两者之前重复性的全面比较尚未在文献中广泛报道。
研究方法
1、下图是在iTRAQ4-plex实验中使用的工作流程，其中通过质谱法测量了三个技术重复。在iTRAQ8-plex和TMT6-plex实验中使用了相同的工作流程。
由于文章的目的之一是比较不同软件的性能，因此使用了ProteinPilot，Mascot和Proteome Discoverer进行光谱分析
方式 | 简要说明 |
ProteinPilot | ProteinPilot 4.5 Beta Software；该数据集由15812个预测蛋白组成；设置相应的参数，所有鉴定的蛋白未使用的蛋白评分为>1.3；p≤0.05 |
Mascot | Mascot search engine (version 2.2.4），采用Mascot的MOWSE算法对每个蛋白鉴定的肽/蛋白匹配的显著性进行评分；FDR ≤1%；p ≤0.05 |
Proteome Discoverer | Proteome Discoverer Version 1.4.0.288，FDR ≤1%；p ≤0.05；使用Python中的SciPy(www.scipy.org)统计模块，使用双尾单样本t检验，对每个定量-阳离子比进行t检验，p ≤0.05 |
研究发现
1、用iTRAQ4-plex鉴定的蛋白质数量最高，其次是iTRAQ 8-plex和TMT 6-plex。定量分析显示，iTRAQ 4-plex试剂比iTRAQ 8-plex和TMT 6-plex具有更多的差异表达蛋白。运行iTRAQ 8-plex或TMT 6-plex实验而不是iTRAQ 4-plex实验，蛋白质鉴定分别减少了26%或39%。技术重复的重复性为≥为69%，技术三次重复的≥为57%。
2、当使用三个软件工具-ProteinPilot、Mascot和 Proteome Discoverer搜索iTRAQ4-plex光谱时，使用Mascot获得了最多的蛋白质鉴定。
2、利用阴性对照，当比较重复运行时，有11个蛋白差异表达，当比较三次重复运行时，有一个蛋白差异表达。这些发现强调了将iTRAQ实验作为重复的重要性，以减少假阳性结果的产生。
研究结论
本研究展示了使用iTRAQ4-plex试剂相对于iTRAQ8-plex和TMT6-plex试剂的优势，提供了技术重复和三次重复性的估计，并强调了运行复制样本的价值。
文章链接：https://sci-hub.ren/10.1021/acs.jproteome.5b01154
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