方差分析在生态及遗传学分析中是再普通不过的方法了。利用它几乎可以理解所有的问题（因为它很直接的关注于效应、效应的大小及效应的显著性）。

1. manova() R base 包中的基于传统方法的多变量方差分析

例子，注意模型的写法。
mano<-manova(cbind(bio1,bio2,bio3,bio4,bio5,bio12,bio14,bio15,FRS,GDD,SC,SpH,VAP,WET) ~ species, data=manova14.data)
summary(mano, test="Wilks")


2. adonis() vegan 包中基于permutation的多变量方差分析。它还可以替换遗传学中分子多变量方差分析AMOVA
“permutational manova” (formerly “nonparametric manova”), also adonis is an alternative to AMOVA

adonis(formula, data, permutations = 999, method = "bray", strata = NULL, contr.unordered = "contr.sum", contr.ordered = "contr.poly", ...) 这里，请注意选择恰当的计算距离矩阵的方法。

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