博文
我在耶鲁举报科研造假案的经历之“耶鲁的调查”
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作为举报人,我始终就只坚持一条：因为这是实验方法本身的问题,所以必须在对照上实验验证作者的实验方法,即Y FISH，Y/SPC多重标记。况且第一作者3月6 日的电邮中,她自已都说这两类实验她均不行,还得请我做几张Y/SPC多重标记的片子。所以在台面上耶鲁作为世界名校无任何理由不去验证作者的实验方法,要么耶鲁能告诉我:作为名校他们的超级专家有更好,更确实,更简单明了的方法来获的这个非常简单的科学事实真相：作者的Y FISH方法 (protocol) 到底是一个如作者在其文章中所吹嘘那样超高检测敏感度的方法(文章中可使大于99%的公鼠骨髓细胞被标记成Y+，但无任何图像) 还是只是一个检出率很低即漏检率很高的Y FISH方法。遗憾的是耶鲁既不验证作者的实验方法,又不告诉我其超级专家的高招。耶鲁根本不提此案的关键点：作者实验方法的缺陷和由这种缺陷的实验方法所产生的别人无法在阳性对照上 (公鼠骨髓细胞) 重复的, 魔术般的,Y FISH 的神奇“实验数据”。 说其象魔术般神奇一点也不过分, 因为第二年这魔术在作者手中也玩不转了 - 请见我贴上的3月6日的电邮第一作者本人对我所做的坦白！这耶鲁是否在刻意回避我所举报科研造假案的关键点？难道拥有如此雄厚的科学技术资源(包括生命科学领域的大专家学者)和学术界享有盛誉的世界名校接不起我这一在逻辑上,科学上和实验技术上如此简单的一招？如真是这样岂不贻笑天下？因为我只是一个无权,无势,无资源,无学术盛誉,但具有做为一名科研人员而应具备的科学良心和科研态度 - 事实求是的普通草民, 既“四无一有”的平民百姓,况且我所出的招非常简单明了, 就是从经济和时间角度上也是最佳获取我所举报的科研造假案真相的方法: 一步到位,简单明了(在显微镜下只须看一眼由作者的“高科技生产线 - Y FISH方法”所能够生产的“产品 - Y FISH标记的公鼠骨髓片子”则真相大白 - 真可使“各方无话可说”。这也是在整个举报造假案过程中,我一直所要求的：为何不能给科学和事实一次说话的机会？)。
以下是我所经历的耶鲁的所谓调查：
如我在事件回放中所述,由于作者和“中立方”的原因致使“内部方案”流产（参见我的博文: 事件回放）。我于2008年4月正式将此案举报到耶鲁医学院-特别办公室, 会见了 Dr. Linda Mayes 并告诉了她：我是如何发现老板的实验方法有问题,和抗体 - 抗SPC（Chemicon, AB3428) 的问题。我明确说明这是实验方法本身的问题,即按作者的实验方法是无法得出其所发表文章中的相应 “实验结果” 的,而且说明了 “内部方案” (Action Plan) 是如何流产的。她让我写出书面报告。
2008年5月我将书面报告交给 Dr. Linda Mayes (请见我的报告-英文版)。报告中我要求: 1.由中立方实验验证作者所有相关的实验方法(protocols); 2.由中立方重新检测作者3篇文章(FASEB 2007, Science 2004, Cell 2001)的实验组织样本 (组织的石蜡样本）。
2008年5月15日又会见 Dr.Linda Mayes,她以自已不懂技术(Y FISH,Y FISH和荧光免疫标记)为由,让我给她一点时间来找耶鲁的资深学者作为她的科技顾问来与我讨论技术问题。我告诉了她：作者的 Y FISH方法和Y/SPC双标记方法是不可能得出其相应“实验结果”的，我的相应方法比作者的好多了，但也得不出相应结果，这世上无人能得出那种“实验结果”- 这就是一个简单的技术瓶颈问题。作者方法最大的缺陷就是其Y FISH方法的低检测敏感度,即高漏检率,只需用对照实验验证其方法即可得真相,且这是唯一获得真相的方法。
2008年6月9日 Dr. Linda Mayes 和具有近50年经历的耶鲁资深学者 Dr. Michael Kashgarian 作为她的科技顾问与我讨论实验技术问题。此学者对我说: 他会看荧光免疫标记的片子,“内部方案”中的抗SPC片子是工作的。我只问了他一个问题: 那抗体-抗SPC (Chemicon, AB3428)是否从公司直接订购？他答: 不是,但他看了装抗体的管子是 AB3428。我说: 您打住,已没必要讨论这抗体的问题了(请见我的博文-事件回放)。现在我们来谈正事-Y FISH和Y/荧光免疫多重标记实验方法的问题。这位代表世界名校耶鲁资深学者的回答令我大跌眼镜,他说: 对于Y FISH实验技术除了这个名词以外,他一概不知,他需要时间上网去查相关信息。不是亲身经历,简直不敢相信此类黑色幽默,此人当然算资深学者,但能否算这里所要讨论的 实验技术方面的“专家”？ Linda Mayes 说: 给他一个月时间去查Y FISH的资料。对于这种拖延战术,我又能说什么呢？那位专家离去后,我对 Linda Mayes 说:在这一小小块我所打击的实验技术领域, 我敢说我自已就是目前世上最好的专家之一, 因为我已建好的此类实验方法 (protocols)能产生最好的此类实验的真结果。所以我可以用自己的生命和人格担保: 作者文中公鼠骨髓细胞Y FISH 的“实验数据”只能是100%有意伪造的数字!
注：自2008年4月份以后,有关各方就对我施压以让我承认所谓“内部方案”验证的抗SPC（AB3428）的结果,但绝口不提为何不从公司订购该抗体？为何不做 Y/SPC双标记验证？那位资深学者就是通过院办 (Dean's Office)安排读片的“独立”(independent) 专家！漏洞在那里,请看我的博文: 事件回放(管子里的抗体是可以调包的)!
2008年7月10日特别办的 Linda Mayes 又约我与 Dr. Kashgarian 谈技术问题。可此学者还大谈抗SPC的事。我说: 您还是先打住,该谈正事了。您Y FISH方法的技术资料查得如何？他居然告诉我: 他根本就没查Y FISH技术的资料,但他咨询了本领域的超级专家(super experts), 专家认为在致死照射后骨髓移植, 受体鼠骨髓细胞替换(engraftment)可达90%,半致死照射后,可达50%的替换(engraftment),而且此文(FASEB 2007)是经过审稿的(peer-reviewed)所以他看不出文章有何问题。(注：我不知道这位资深学者所指本领域为何领域,我只知道我们应该讨论的领域是Y FISH，Y/荧光免疫多重标记实验方法的技术问题) 我告诉他：作为一种专家学者的看法,我也赞成这看法,但这并不是我所挑战的问题。我挑战的是作者文中那组公鼠骨髓细胞Y FISH实验数据：小于1%的公鼠骨髓细胞为Y阴性,因为作者 所用实验方法具有大百份之几十的漏检率,也就是大百分之几十的公鼠细胞会被作者的方法所漏检成Y阴性而决非小于1%的公鼠细胞被漏检成Y阴性！这问题有何难懂吗？最后这位资深学者只得对我说：步根, 实在抱歉我不知道你挑战是何问题。这种幽默实在是不敢恭维, 一个代表世界名校的资深学者作为科技顾问与举报人来谈具体的实验技术问题, 而举报人举报此科研造假案的逻辑和科学实验依据就是：作者具体的实验方法本身的缺陷,即按其方法是不可能得出其文章中相应“实验结果”的。先是说:对此类技术Y FISH除了名字以外,其余一概不知。给您一个月时间去查资料吧,再告诉你: 他根本就没查！只差没说公鼠细胞均含Y染色体了。最后再告诉你: 挑战的目标为何物,他也不知道！岂不象一场辩论完了后,对方对你说：这次辩论的主题我不知道！我应该有权质疑: 那您来干什么呢？ 这可不是儿戏。此学者离去后, Linda Mayes 居然还敢问我: 让他再去查有关资料,过段时间再和他一起讨论有关技术问题。我答: 已无此必要了,你为何不能请外校具有中立立场而又能听得懂该些技术的学者来讨论此技术问题呢？她又说:她会再找耶鲁其他的资深学者再与我讨论实验技术问题。并说:希望我第二天能将我的实验记录本(含有我未发表的Y FISH和Y/荧光免疫多重标记方法)交到她办公室以确保 其安全。第二天我去了特别办给她看了下我的记录本,并对她说:不劳您驾,我自已会将记录本锁好。
注: 自从问题上台面,举报人的核心目标就是打击造假者的“死穴”- 实验方法本身, 如内部方案中实验验证其方法,而当时所有各方均知道我手中拥有最好的此类实验方法(protocols)。所以老板使用各种借口想得到我的方法, 当然我是不会让她如愿的。当时我在这种无助的情况下也数次送电子邮件给官方求援, 并表明就是开除我,在我所举报问题解决之前谁也别想见到我的实验方法！在官方验证作者的实验方法结果出来之前, 我为何须死保自已的方法被漏出去。只须用常识就不难理解。因为: 耶鲁作为世界名校不会不知道一旦实验验证作者的Y FISH单标记和Y/SPC双标记方法的片子一出来, 在荧光显微镜下只需看一眼则真相大白: 只能是大百分之几十的公鼠细胞被作者“超高检测敏感度”的Y FSIH方法而漏检被标记成Y阴性细胞,而绝非小于1%的细胞缺乏Y染色体！此乃事实胜于雄辩, 耶鲁作为名校也无法将用眼睛就能看到的大百分之几十的Y阴性细胞硬说成小于1%的公鼠细胞为Y阴性细胞吧，因为任何一双正常的眼睛就能判别此种差异,无须具备高科技知识,更无须只有名校的“超级专家”才能判别这种差异 - 荧光显微镜下判别大百分之几十与小于百分之一 Y阴性细胞的差别吧！(耶鲁, 作者总不能说大比例的正常公鼠细胞都必发生了Y染色体丢失吧, 因为不管其做多少张片子,结果都会一样。这就是科学！）请见我的博文：事件回放, 实验系统和实验技术的解释, 图解中图6 到图10是我用作者的Y FISH方法所做的正常公鼠骨髓细胞片的Y标记,当然是大多数细胞被漏检而为Y阴性！这就是作者Y FISH方法本身所具有的高漏检率所决定。如我博文中所讲,其方法本身的硬伤是：Y DNA变性条件实在太差,73度 5分钟 - 这不足以打开所有细胞核中Y DNA 的双链,而此乃Y探针杂交的先决条件！随着其Y FISH方法高漏检率的暴光,则作者有意伪造相应实验数据的多米诺骨牌较应马上见较(如其他组小鼠骨髓细胞Y FISH的数据：含Y染色体即Y阳性率均大于93%!)。
2008年7月29日 Dr. Linda Mayes 又约见我, 并有该特别办前主任 Dr. Larry Cohen。首先这位前主任就将我与老板的关系定义为: 两人之间的个人关系不和(因为此前我曾告诉官方: 老板有意给我“穿小鞋”,但并未难倒我,因为均为技术上的所谓难题, 而这正是我的强项), 所以耶鲁想解决此问题。耶鲁提供给我一个“保护方案(protection plan)”即由院长特别基金支付我的工资为一定时期(certain period) 而将我调出老板实验室, 但这基金只管工资(即我被挂起来, 无法再做实验)。我当即纠正他的说法: 我与老板无任何个人恩怨,只是她逼我做假而我不干且举报她做假而已。从7月30日到8月7日 Linda Mayes 一连给我送了4封电子邮件以催促我赶快进入“保护方案”我当然不会犯傻。很简单,我不接球,我让你玩你自已的单边游戏(我一个多年的美国朋友告诉我：这是典型的由耶鲁律师们为你量身订做而设的套,你不接球,则他们没招。并提醒我:千万别在任何文件上签字，因为你读不懂那些法律名词,就让他们双手抱球吧。并告诉我应该向美国政府ORI举报此案了。这哥们当时正在学法律)。我是可以将她的电子邮件暴光的。
注：因为与老板个人关系不和,学校出钱出力来解决,在名校作 bench scientist 能有此类好事吗？对我而言,这可成为潜在的陷井。在美国实验室干过的人均知,由老板科研基金所雇的人,只要与老板不和,可让你立马另找工作。但条例规定实名举报人须受到保护,所以老板无法开我。反观耶鲁的“保护方案”：一定时期的法律解释权均在耶鲁手中,即这可以是2个月也可为2年(基金可随时完了!),并且全为口说。
2008年8月我正式向美国政府监管机构ORI举报此案。我会另写博文讲ORI的作为。
2008年9月11日耶鲁收缴作者的原始记录时,作者无法交出与其文章 FASEB 2007有关的任何原始记录包括实验记录本。而只有一句话:所有的记录均找不到了。这篇文章可是篇规模不小的文章,用了60多只不同的小鼠,由多人所做的各种具体的实验，难道大家的实验记录本均不约而同地一起消失？另一方面则以保护我为由强迫我交出相关的实验记录本(含有我自已未发表的Y FISH和Y/荧光免疫多重标记的实验方法)。
2008年10月22日耶鲁关闭此案,没给我任何科学事实,证据,依据可用来反驳我的依据和论据。只说无学术道德问题。院长的信:“太完美的实验数据不一定是有意造假,别人无法重复可有多种原因。” 关闭案例对我而言就是丧失实名举报人身份。
注：这里院长大人玩的是偷梁换柱的把戏。因为我举报作者有意伪造实验结果数据的依据是: 其所用实验方法本身的缺陷, 即用作者的方法是无法得出其相应 “实验结果”的 - 方法学上的造假！就是按其所玩把戏:“别人无法重复可有多种原因”这其中一种最重要的原因就是:作者所伪造的“结果数据”远超过了该实验技术的瓶颈很远, 即用这种实验技术是无法得到此类完美的“实验数据”的 - 逻辑上的不可能事件(这里是作者公鼠骨髓细胞Y FISH实验的结果数据：0.8 +/- 0.8 % 的公细胞缺乏Y染色体-这结果是说：其Y FISH方法标记公鼠骨髓细胞后,大于99%的细胞被标记为Y阳性-这是一个技术上的天方夜谈)所以无人能重复！有兴趣的网友可以上网查查看能否发现一张全景图像(含50-100个细胞): 公鼠骨髓细胞被Y FISH方法标记后只有少与10%的细胞为Y阴性-即漏检,我是找不到此类图像, 也没见过任何文章敢说其Y FISH方法能将90%或以上的公鼠骨髓细胞标记成Y阳性 - 当然世界名校耶鲁的专家学者我老板的团队例外！遗憾的是我老板团队从不显示她们完美的公鼠样本Y FISH标记全景图像, 作为其研究项目的继任研究人员工作了二年多,在内部我也无这眼福-看一看这完美Y FISH标记图像。倒是进入2008年可能是作者的倒霉年, 因为其刚用过不久的魔法般的实验方法：Y FISH和Y/SPC 双标记似乎失灵了。第一作者 Dr. Erica Herzog 在看完我用自已的Y/SPC多重标记方法所做的实物-片子后，于2008年3月6日送给我的电子邮件,此邮件中她明白无误地坦白：她从未能将Y/SPC双标记搞工作过 ...连FISH看来都不工作了。 她怎敢送如此邮件给我,请见我的博文-事件回放。为了便于直观理解,在这里上传用我的方法所做的Y/SPC多重标记的野生型公鼠肺切片图像, 和用作者Y FISH方法所做的野生型公鼠骨髓细胞片子的Y标记 - 即实验验证作者的Y FISH方法(在我的博文: “图解”中有更多的图像和图像解释)。此文中我也贴上作者2008年3月6日和2007年6月18, 19日的电子邮件看她两人在不同的时候是如何谈她们的同一 Y FISH方法的。
2008年12月2日老板给我一信：通知我90天后支付我职位的基金就到期了。2008年下半年老板先将我的位子从最大的基金转到一个将到期的小基金支付，我知道这把戏又能怎样呢。谁让我不合作呢？注：随着耶鲁10月22日关闭案例，我已不是举报人了！
按理在举报人和被举报人之间耶鲁应该担当公正的裁判,作为世界名校其据有学术技术和逻辑的判断能力-如何得到我所举报案的真相。而获取真相这对举报方和被举报方均公平,如果我错了,则我为自己的行为承担所有后果包括面对作者,耶鲁，美国政府ORI的法律起诉因为我给各方找了麻烦，但如果我对了则作者须对她们自已的行为承担后果(在给官方邮件中我也写下了对自己的行为承担后果)。而正常用于这种涉及科研结果造假的程序是：只要举报人对发表的实验结果提出了科学技术上合理的质疑, 则自证清白的重担就转到作者的肩上了(proof of burden), 即作者必须拿出证据来证明其“实验结果”是真实的。也就是说这个程序与法庭上的无罪推论是相反的。耶鲁在这个程序中应该担当的是裁判或法官的角色,完全以证据本身作出判断和结论(可惜这里没有陪审员-在法庭上作有罪或无罪的决断)。
如果遵循程序, 即游戏规则(这也是美国最崇尚的基本价值观念之一),对双方的证据和证据的可靠度不采用双重标准,裁判还是裁判,则此案的解决太容易了。这是由于作者造假的方式所决定了的：在实验方法学上造假,即上演“空城记”且反复演此戏。其伪造的Y FISH实验结果不但远远超出其方法本身的检出率, 而且远超出此类实验技术的技术瓶颈 - 即这世上目前还没人拥有这种能达100%检出率的Y FISH方法 (protocol),况且也知道其方法检出率太低连包含几十个细胞均为Y阳性的假电子图像都无法做出,这么多年还敢这般玩法。真是无知才能无畏,连把戏不可久玩的道理都不懂！
作为举报人在第一次举报时我就告诉特别办：抗SPC抗体(Chemicon, AB3428)在我手中从不工作,作者Y FISH方法检出率低,所以其文章 FASEB 2007中阳性对照组-公鼠骨髓Y FISH的实验数据只能是100%的伪造的数字,根本不可能为Y FISH的实验数据,还提供了作者自已所写的相关电子邮件包括第一作者 Erica 3月6日送给我的邮件。我还告诉 Dr. Linda Mayes：你不必相信我所说的,但用对照实验验证作者的Y FSIH方法则结果一目了然,而这也是得到作者Y FISH方法低检出率真相的唯一方法,而不是“你说,我说,或她说”。
注：当时我是可以将作者所有用于组织切片，细胞片的Y FISH方法,Y/荧光免疫多重标记方法全都实验验证,然后将片子放到校方的桌上的。我没那么做,因为我想给各方留足面子。
而作者方则提供不出任何证据能说明其文章中那组公鼠骨髓Y FISH实验数据是真的实验数据，逻辑上至少你的方法要能够产生此类结果吧(在公鼠骨髓片子上将99% 以上的细胞标记成Y阳性)。连是否做了此类Y FISH实验的证据也没提供。唯一的证据就是作者在文章中所写下的阿拉伯数字。我反复向官方要求让他们检查已拷贝的硬盘看是否有与作者神奇Y FISH数据相对应的电子图像,可人家就是回避。作者连一丁点产生该文章的原始记录都无法提供：全找不到了(2007年发表的文章)! 在耶鲁居然连这种借口也接受！
出于无奈，2009年2月初我再举报此案时得将物证作好：将我自已按作者Y FISH 方法做的野生型公鼠骨髓细胞片子,全景图像,作者的电子邮件,技术解释,书面报告等全交到院长办公室。也寄一份给美国政府ORI请他们眼见为实！并请作者,中立方来挑战我所提供的物证：你们自已实验验证作者的Y FISH方法。这非常合理吧, 免得对方说: 举报人提供的物证无公信力 。我主动让你交互验证（cross-examination)总可以吧。作这种骨髓细胞Y FISH实验,第二天下午就能得到标记好的片子,即可在荧光显微镜下一显真相: 片子上到底是小于1% 的细胞被标记成Y阴性还是大百分之几十的细胞被标记成Y阴性则一目了然,任何各方均无话可说,即让简单的科学事实来说话！
从上一次举报到关案,我也学到不少东西。所以再举时报我全采用电子邮件方式,而避免上次那种闭门会谈: 被人一次次当猴耍了,还口说无凭。但写下来的东西总得认帐吧。再则就是使案例最简单化：只打击一个实验方法：用于骨髓细胞片子的Y FISH方法; 和一组该方法所产生的Y FISH实验数据: 阳性对照组-野生型公鼠骨髓细胞的数据: "0.8 +/- 0.8 % 的细胞缺乏Y然色体"这结果是说: 在整组此公鼠的所有骨髓细胞片子上, 作者用其Y FISH方法标记Y染色体DNA, 其结果是平均只有0.8% 的细胞被标记为Y阴性,标准差或标准误也只有0.8% (作者还有意不将这0.8% 的Y阴性说成漏检,而说成缺乏Y染色体;其潜台词是: 她的方法本身的检出率还是 100%，这0.8% 的细胞是由于没有Y然色体,所以作者没测到。这潜台词是给审稿者看的, 表示作者的Y FISH方法确实具有100%的检出率而可作为其文章中的逻辑推理前提，所以在实验鼠样本中(含有公鼠细胞和母鼠细胞 - 供，受体鼠性别相反模型)对其Y FISH实验结果作者可以作如下反推理: 在所谓的公鼠细胞中如作者未能用其Y FISH方法检测到Y就等于Y染色体丢失! 对于她们自已用了多年的看家本事-Y FISH方法具有很低的检出率作者自已当然知道, 她们所蒙的是外人并不知此真相而信以为真。因为此领域使用该方法的实验室并不多。有关祥情请见我的博文：实验系统和实验技术解释。我怎么能知道真相呢？我是她们研究相目的继任者，即这方法学上所演的“空城记”的城中之人, 我当然得用她们的实验方法！)。
即再次举报造假案非常简单明了：次案的命运只系于一组公鼠骨髓细胞Y FISH的实验数据。我举报的立足点或依据: 作者的Y FISH方法具有很低的检出率而绝非其文章中所称超高的检出率。用其方法 (protocol)标记任何正常公鼠骨髓细胞片子只能产生具有大百分之几十的细胞被标记成Y阴性的公鼠骨髓细胞片子；这就决定了在获取这组Y FISH实验数据时 (data acquisition),作者的双眼在荧光显微镜下所能看到的每一个视野只能是百分之几十的细胞被标记成Y阴性, 而绝非小于1% 的细胞被标记为Y阴性; 并且任何一双诚实的眼睛是无法将百分之几十的Y阴性细胞重复地判别,记数成小于1%的Y阴性细胞的；所以文章中那组Y FISH的所谓实验数据只能是100%的有意伪造的数字,而根本不可能为次类实验的数据。这就是我的证据链。证明完毕。在举报时我已将这些证据放上了台面,如果作者方, 耶鲁方想在科学上推翻我的结论，也必须用以科学技术为基础的证据链来打段我的证据链。逻辑上这组“数据”只能是真实验数据或伪造的数字，总不能亦真亦假吧？我证的是这只能为作者有意伪造的数字, 因为其所用方法(protocol)无法产生此神奇结果,而作者文章的发表又需要此神奇数字 - 则只能伪造,或者别发这文章！遗憾的是在整个所谓的调查过程中,我看不到耶鲁对作者的这个Y FISH实验方法(protocol)作出任何的科学评估即用这方法作者能否有可能得出其文章中的相应“结果数据”；更没看到耶鲁对那组神奇数据作出任何的科学评估即这神奇数据是否有可能是真的Y FISH实验的结果。而事实上我再次举报的造假案就是这两个目标！难到作为拥有如此强大的科研和学术实力的世界名校真接不起由我这个平民百姓所出的在科学技术上如此简单的招或不愿意接这招可又不便说出？作为纳税人我有权知道真相，因为那篇文章是由纳税人的钱-NIH基金资助的。而且我个人认为：科学面前人人平等；科学的基本精神就是事实求是；在实验科学上实践是检验真理的唯一标准也应该是普世真理！我深信这一点：科学就是自然法则(这也是我从小学到研究生所受的教育), 谁也无法将自然法则象面团一样任意揉捏。这也就是为何我敢叫板的根本原因。我还真不信有人能象舞台上变戏法一样用作者的Y FISH实验方法 (protocol)在任何公鼠骨髓细胞片子上将99%的细胞标记成Y阳性。就这个非常简单的科学技术问题我敢跟你名校耶鲁,美国政府的监管机构ORI打擂台,从理论上,实验原理上,实践上,为何作者的Y FISH方法只能是一个低检出率的方法,我所打击的数据只能是作者有意伪造的数字。如我输了,则承担所有后果,如我赢了,也只要求你名校,你政府机构回到你们自已所订的游戏规则和公平,公正的价值观上来。我所举报的科研造假案不是靠权力和所谓的公信力就能改变的，因为权力与所谓的公信力无法改变这样一个非常简单的科学事实：作者的Y FISH方法只能是低检出率的实验方法这是已被自然法则 (DNA 分子原位杂交的实验原理)所决定了的。在此我也呼吁世界上任何具有公信力的科学实验室: 愿意出面来实验验证作者用于小鼠骨髓细胞的Y FISH方法,我可以提供所有的技术支持。
更无法理解的是我反复送电子邮件给耶鲁，问其一个简单的问题：我是否为此案的实名举报人？对方回复我的邮件，但不回答我的问题。耶鲁怎么回答，如说我是，则老板精心安排想将我踢出的方案则会前功尽弃，如说不是吧，则太不合逻辑，所以还是回避! 这就是他们所谓非常严肃的调查。耶鲁的所谓结论我7个月以后才从ORI索取到，有多莫名奇妙我会在下一篇博文写出。
我并不是一个职业打假员，在极困难的环境下我仍在默默的干科研。不经意间科学给了我丰厚的回报。我在按照自已的想法所做的模型中“偶然”发现了整个成年干细胞发育可塑性研究领域谁也没见过的实验现像 (该领域从2004年以后基本处于仃摆状态)，因为这是一株老板团队没做出任何名堂而准备杀掉的小鼠,也不属于她的科研基金项目。所以对我没雷池。我的发现是在同一个体的同一靶器官小鼠骨髓中的干细胞可以两种完全不同的途径变成特化的组织细胞：1.与宿主的细胞融合而变成该组织细胞（在2004年以前有许多大文章证明此现像); 2.直接分化成为该组织的细胞 (此现象未被证明过)。由于靶器官的原因,如果第二种途径能被确证,则意味着我在“不经意” 间证明了一个当年这领域中许多大实验室均想证明而未能证明的一个非常重要基本概念：转分化。我的模型证明: 属于中胚层的骨髓细胞中含有“成年多能干细胞”其可以突破现存理论规定的胚胎种子层的限制而直接转分化成为只能来源于内胚层的上皮细胞。当我刚看到此现像时,我已有策略和技术方法去确证该现像。当我告诉老板这事时,她反而不让我去完成此证明。所以,我只得利用晚上和周末来做证明转分化的实验。2007年11月我将一些主要全景图像给干细胞中心主任看了,他也劝我以此为机会让老板“自我纠错”- 即送她一篇大文章而又指出她一，二篇文章中方法学上的缺陷,而让她自己体面的撤下这文章。我说: 早已试过此招,没用。
----- Forwarded message from Erica Herzog <erica.lyndrup@yale.edu> -----
Date: Thu, 06 Mar 2008 14:51:55 -0500
From: Erica Herzog <erica.lyndrup@yale.edu>
Reply-To: Erica Herzog <erica.lyndrup@yale.edu>
Subject: slides
To: bugen.hu@yale.edu
hi bugen
i left the slides and results for you on the bench. were they in any way
correct? i never was able to get pro-spc to work with fish because of the
autofluor but if you are able to that's great. i always did prospc first and
detected that way so the signal was really bright and then did fish after doing
confocal. your control looked nice and like real signal. the few experimental
cells that i saw that were possibly spc+ didn't look exactly like the control.
anyway let me know how this compared with your results
also since my lab cannot seem to get fish to work diane said you guys would be
willing to collaborate if i gave you some slides for staining - if so can i
bring you the slides sometime soon?
best,
erica
Erica Herzog MD, PhD
Assistant Professor
Yale University School of Medicine
Internal Medicine - Pulmonary and Critical Care Division
333 Cedar St TAC 441-S
New Haven CT 06511
(203)785-3207
----- End forwarded message -----
注：她问我她的判片结果怎样（看了我的实验样本片)？ 她不能将Y/SPC双标记方法搞工作的原因是其Y FISH方法本身和抗SPC抗体 (Chemicon, AB3428) 本身不工 作。对于这种Y/荧光免疫多重标记方法的有关详情，请见我的博文：实验系统和实验技术的解释。autofluor （自发荧光）总是存在的， 这根本就不是她的双标记方法 不工作的原因！在实验方法学上此人一贯狡辩。其 Y/SPC 双标记的方法都不工作, 但敢在文章 FASEB 2007 中将此双标记结果写成1000 分之1000的双阳性（8只野生型公鼠肺石蜡切片,表-2 p.2596). 她所说其 lab 不能将FISH搞工作,应该是指很 高的漏检率。当时她已不敢再对我说她们的 Y FISH是100% 的检出率了, 因为她 还等着我帮她一把。请见她 2007年6月18,19 日电邮, 看她们当时是怎样说她们的 同一Y FISH方法的。
当时她应该还不知道我老板已将我逼到死角, 我已别无选择, 准备打假了, 否则她不 会给我送这电子邮件。
----- Forwarded message from Diane Krause <diane.krause@yale.edu> -----
Date: Tue, 19 Jun 2007 06:32:54 -0400
From: Diane Krause <diane.krause@yale.edu>
Reply-To: Diane Krause <diane.krause@yale.edu>
Subject: Re: Y loss in males
To: Erica Herzog <erica.lyndrup@yale.edu>
What % of the male into male transplants were Y-? At this point
Bugen is using cytospins. So far, he's only done older transplanted
and untransplanted SPC-/- and untransplanted WT males. So far, with
cytospins, we never see >20% without a Y.
Diane
On Jun 18, 2007, at 9:29 PM, Erica Herzog wrote:
> age matched but not irradiated
> truly less than 1% were Y neg unlike the male into male transplants
> how old are his mice - are they the old ones for the Y loss project
> also depending on fixation, size of probe, length of
> permeablization etc there
> can be issues. depending on the PFA strength, age of reagents
> there can be
> big issues. how is his X staining?
>
>
>
>> Hi Erica
>>
>> In rereading the FASEB paper, I see that we don't have the % of SPC+
>> cells in males that are Y- by confocal. Did you do this with any
>> males? If so, were they age-matched or younger? I am concerned that
>> we don't know the sensitivity of the assay to detect for Y loss after
>> cell fusion. Bugen is seeing epithelial cells have no Y on lung
>> cytospins from male mice.
>>
>> Thanks for any info that you have.
>>
>> Diane
>> --
>>
>>
>> Diane Krause MD, PhD
>> Yale University School of Medicine
>> Associate Professor, Department of Laboratory Medicine
>> PO Box 208035
>> New Haven, CT 06520-8035
>>
>> Phone: (203) 688-4829
>> Fax: (203) 688-2748
>> Office: BML 462
>>
>> Administrative Associate, Pat Sember: (203) 688-3265
>> Pager: (203) 412-0805
>> Krauselab website:
>> http://info.med.yale.edu/labmed/faculty/labs/krauselab/index.html
>>
>>
>
>
> Erica Herzog MD, PhD
> Assistant Professor
> Yale University School of Medicine
> Internal Medicine - Pulmonary and Critical Care Division
> 333 Cedar St TAC 441-S
> New Haven CT 06511
> (203)785-3207
>
----- End forwarded message -----
注：这是老板看了我用自己的Y/CK 多重标记方法所做的公小鼠肺细胞片子后, 她与 Erica 之间就所谓Y FISH方法的电子邮件, 但有意转给我。她两人在Y FISH 方法漏检率的问题上给我演双簧, 其实就是想逼我将我所做的公小鼠肺细胞上的 Y漏检, 当 Y丢失的结论。 老板已知道我当时刚建好的多重标记方法已 突破了她 们文章 FASEB 2007 中方法的技术瓶颈, 想让我用自己的方法做出Y丢失 的结果去 掩盖文章中谎谬的Y丢失结果和结论。两人装着一副好象不知道她们的Y FISH 方法有漏检似的 (因她们总是说其Y FISH方法具有100%的检出率)。 我当然是装 糊涂, 对这种双簧毫无反应, 所以老板也拿我没办法。请见 Erica 于2008年3月6日 给我的电子邮件, 看她是如何说她们的Y FISH方法。
老板说: 步根在公鼠肺细胞片子上已看到CK阳性但Y阴性的细胞（其实就是Y漏检) 也应该是警示 Erica: 其实我已知道她们的秘密只是不说而已。 这里 Erica 的所谓解释在技术上均是一派胡言。
这就是老板2008年3月12日在收到我的邮件后,立马给我的回复。在上午一对一的会谈中我根本就没主动提过 Erica, 更没说过 Erica 造假, 而只是给老板看了她以前的 fellow-Erica 3月6日送给我的电子邮件,看完后她即失态。我还告诉她了一句有关抗SPC抗体（Chemicon, AB3428) 的实话。尔后她即将我大骂一通,让我走人。此回复中居然请我别辞职,详情请见我的博文：事件回放。
----- Forwarded message from Diane Krause <diane.krause@yale.edu> -----
Date: Wed, 12 Mar 2008 14:25:30 -0400
From: Diane Krause <diane.krause@yale.edu>
Reply-To: Diane Krause <diane.krause@yale.edu>
Subject: Re: Request for your comment on me.
To: bugen.hu@yale.edu
Bugen
Please don't quit. I would really like to work this out. I have no
issues with your scientific conduct, and I am very pleased with all
that you have done in the laboratory. In fact, I think that you're
terrific in the lab, and I couldn't ask for someone who works more
diligently, and with more care.
I am also completely content with negative data in your studies using
SPC-/- recipients. Negative data, if it is definitively negative, is
still excellent data. That is why I needed to see the RT-PCR data.
What concerned me today, and it has been building, is your repetition
of concern that Erica is dishonest. I have heard you, and I have
neither agreed nor disagreed with you - I have remained neutral on
the subject without data to support your claims.
Let's try to work this out. I am sorry that I got angry this
morning. Let's just talk about your data and leave concerns
regarding Erica out of our discussions.
Let me know what you think,
Diane
>Dear Diane:
>
>First of all thank you very much for offering me the position in your lab in
>Oct., 2006. I really appreciated that opportunity by my research performance.
>Now I determined that enough is enough. Please write down what you said to me
>including your comments on me about my personality (including that I was fired
>from my previous job because I pissed off some person, and you have evidence
>for this claim), my attitude to science, and my performance of research, then
>you concluded that I am not suited for working in your lab. Please
>give me this
>form letter with your signature. I hope that you will give me two weeks grace
>period.
>
>Thank you for your attention.
>
>Sincerely,
>
>Bugen
--
Diane Krause MD, PhD
Yale University School of Medicine
Professor, Department of Laboratory Medicine
PO Box 208073
New Haven, CT 06520
Phone: (203) 737-1678
Fax: (203) 785-7095
Office: Amistad 237b
Administrative Associate, Pat Sember: (203) 737-1685
Pager: (203) 412-0805
Krauselab website:
http://info.med.yale.edu/labmed/faculty/labs/krauselab/index.html
----- End forwarded message -----
May 7, 2008
Dear Dr. Mayes
Here is the report you requested after our discussion of April 16, 2008.
1. FASEB 2007
At page 2594, in the section Results Bone marrow engraftment: “These Y chromosome counts differed from untransplanted male WT and Sp-C null controls, which contained occasional cells that lacked the Y chromosome (0.8+/- 0.8%, P<0.001, 0.92+/- 1.03%, P<0.001).” As a reader, my understanding of this sentence is that on the BM cytospins the authors detected average more than 98% BM cells containing Y by interphase Y FISH for the male WT and Sp-C null (16 mice per group), in other words, their Y FISH detection sensitivity for mouse BM cytospin is more than 98%. I do not dare to say that the detection sensitivity of my interphase Y FISH for mouse BM cytospins is such high. I do not know of anyone other than Dr. Herzog and Dr. Krause who have claimed this sensitivity for interphase Y FISH on mouse BM cytospin. I am at a loss to explain how this number could have been produced by experimental data, my conclusion is that this number is fabricated number instead of experimental data.
I did not see any evidence that the authors really did wt female bone marrow transplantation to spcko male recipients.
The authors misinterpret experimental phenomenon of interphase Y FISH. When I raised this issue clearly during my one-to-one meeting, Dr. Krause became emotional.
2. Science 2004
The authors misinterpret experimental phenomenon of interphase Y FISH and Cre-Lox experimental system.
Issue of the commercial anti-pro-spc antibody that was used for immunofluorescent staining on recipient lung cytospin to identify donor bone marrow stem cell derived type II pneumocyte.
3. Cell 2001
During our lab meeting around Oct. 2007, the major agenda was to ask everyone’s suggestion about research projects (Cell, 2001). Dr. Krause presented some information about this report. After the publication of this paper, no one including Dr. Krause's lab could reproduce the results by even using 1000 “stem cells”. In 2002, Dr. Weissman’s lab at Stanford did a very similar experimental project and published their results in Science (Little Evidence for Developmental Plasticity of Adult Hematopoietic Stem Cells, 27 September 2002 Vol. 297, Page 2256). There was a difference between two teams in the isolation of single hematopoietic stem cell. Dr. Krause said that Dr. Weissman admitted this minor difference. Dr. Weissman's team replied with a challenge: his team will give their cells to Dr. Krause's team, and her team would give his team their cells, then both teams will carry out the same two experiments by using the two kinds of cells. Dr. Krause said that for five years her team did not take Dr. Weissman’s challenge because Saul Sharkis (co-author) refused to do so. Finally, she said that she received a small grant for this project years ago, and now she doesn’t know whether her team should continue to do this kind project or stop. She asked for suggestions from the lab. There was no evidence that would convince me that Dr. Krause was sincerely willing to resolve this scientific discrepancy, otherwise I would have offered two proposals to resolve this scientific discrepancy:
Plan 1. Provided the paraffin blocks of sample (that generated the data for the 2001 paper in Cell), I could use my detection methods to reexamine the tissue samples because my detection methods are much better and more accurate than the methods used for identifying bone marrow derived tissue type cells in multiple organs in the paper. Based on the results, we could draw appropriate conclusions.
Plan 2.
Step1: Verify all the experimental protocols used in that paper in our own lab by using positive and negative controls to see if all work.
If all protocols pass, go to the Step 2: Re-evaluate the protocols used for identifying bone marrow stem cell derived tissue type cells in multiple organs to see if these methods can really identify such cells based on commonly accepted criteria in this research area.
If pass, then go to the Step 3: Use these protocols to reexamine the paraffin tissue samples. If such cells are identified in multiple organs, publish the results.
Failure at any step would require Dr. Krause to decide what is the right thing to do.
The paper (Cell 2001) is one of the most controversial papers in this research area; so far no one has been able to reproduce the results. Even an attempt by the authors could not reproduce the results using 1000 such “stem cells.” In 2003, the authors published a one page comment in Science (Comment on “Little Evidence for Developmental Plasticity of Adult Hematopoietic Stem Cells” Science vol 299 28 February 2003). In this paper the authors used unpublished data to argue that they used Y FISH, and its detection sensitivity is much higher than the GFP used by Dr. Weissman’s team. In the paper the authors state “for example, following transplantation of male Rosa marrow cells into lethally irradiated female wild type mice, the spleen showed > 90% engraftment by Y chromosome analysis,” As a reader, my understanding of this statement is: 1. in their female recipient, more than 90% spleen mass is replaced by donor bone marrow derived spleen cells. 2. the detection sensitivity of the authors’ Y FISH protocol (before Feb. 2003, I supposed the protocol they used in the paper in Cell 2001) is > 90%. Detection sensitivity of the authors’ Y FISH can be easily verified by a neutral third party.
I request that:
- all experimental protocols published in the papers related to stem cell derived tissue type cell by Dr. Diane Krause or Dr. Erica Herzog be verified by a neutral third party.
- all the samples involved in papers (Cell 2001, Science 2004, FASEB 2007) be reexamined by a neutral third party.
I have decided to leave it to Yale University School of Medicine to draw conclusions.
Thank you for your attention.
Sincerely,
Bugen Hu
https://m.sciencenet.cn/blog-352870-290783.html
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