论文亮点

COVID-19相关的非药物干预措施（Nonpharmaceutical interventions，NPIs）降低了浙江省杭州市急性腹泻发病率，但非伤寒型沙门菌（Non-typhoidal Salmonella，NTS）的检出量意外上升，菌株基因型也产生了显著的变化；此外，NTS人畜共患传播的规模也减小，预示着NPIs对NTS的防控可能产生意外的积极影响。

论文导读

2024年3月24日，国科大杭州高等研究院乐敏研究团队在hLife上发表了题为“ Impact of COVID-19-related Nonpharmaceutical Interventions on Diarrheal Diseases and Zoonotic Salmonella ”的研究论文，采用生物信息学和流行病学研究方法，探究疫情期间NPIs对腹泻病原体和沙门菌基因组的影响。

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新冠疫情暴发以来，全球各地采取了多项非药物干预措施，例如隔离病人、追踪接触者、隔离接触者、旅行限制等，以降低SARS-CoV-2的传播。研究表明NPIs对控制COVID-19的传播起到了有效作用。许多研究还指出，NPIs可能对其他病原体的传播产生直接或间接影响，尤其是在疫情期间呼吸道病原体的流行明显减少或出现异常波动。然而，对于非呼吸道病原体，例如食源性或人畜共患病原菌的流行，NPIs的影响尚未得到充分研究。非伤寒型沙门菌感染主要表现为自限性腹泻疾病，严重情况下可能导致死亡，是一种典型的人畜共患食源性致病菌。目前尚缺乏系统的研究来调查疫情期间NPIs对中国NTS的遗传学特征以及通过途径传播的塑造情况。

本研究对浙江省杭州市新冠疫情前后急性腹泻门诊病例进行了分析。结果显示，在疫情期间实施的非药物干预措施显著影响了门诊患者的年龄和职业构成。大多数食源性病原体的检出率下降，但NTS的检出率却呈现出“逆势”增加的趋势，引起了我们的特别关注。通过对病人饮食习惯的追踪研究，我们推测，COVID-19相关的NPIs可能减少了外出用餐的频率，导致居民更多地在家中自制饮食，可能增加了因食用受污染肉类而传播NTS的风险。此外，研究还表明，疫情期间NTS的侵袭指数显著下降，我们推测疫情期间NTS逆势增加的现象可能与NTS新的传播途径有关，从而导致急性腹泻的发病率上升。

随后，本研究进一步收集并分析了人源和动物源NTS样品的全基因组数据。揭示了疫情后非伤寒沙门菌谱和血清型模式的动态变化，以及耐药性和毒力水平的显著降低。需要注意的是，这些变化在人类和动物样本之间存在显著差异。此外，单核苷酸多态性（SNP）分析结果表明，在疫情期间，NTS导致的人畜共患传播事件发生的可能性和频率均呈下降趋势。这提示了与COVID-19相关的非药物干预措施在控制NTS方面产生了意外的积极影响。

综上所述，本研究对比了浙江省杭州市急性腹泻疾病的发病情况，并通过生物信息学方法解析了NTS的基因组数据。研究发现，与COVID-19相关的非药物干预措施有效降低了急性腹泻的发病率，但NTS的感染情况出现了意外的增加。总体上，NTS的耐药性、耐消毒能力和毒力能力有所降低，人畜共患传播的规模也减小，这暗示着NTS可能通过其他潜在途径感染人类。尽管多项非药物干预措施主要用于应对新冠大流行，但它对其他传染病和非传染病的研究仍值得进一步关注。

作者简介

 黄琳琳

 第一作者

机构：浙江大学动物预防医学研究所

研究方向：病原生物学，基因组学，传染性疾病与公共卫生

周海洋

第一作者

机构：浙江大学动物预防医学研究所、浙江大学海南研究院

研究方向：病原生物学，基因组学，传染性疾病与公共卫生

乐敏 研究员

通讯作者

机构：国科大杭州高等研究院、浙江大学医学院

研究方向：病原基因组与生物安全

引用格式：Huang L, Zhou H, Chen J, et al. Impact of COVID-19-related nonpharmaceutical interventions on diarrheal diseases and zoonotic Salmonella. hLife. 

https://doi.org/10.1016/j.hlife.2024.03.005

期刊简介

hLife是中国科学院微生物研究所主办，中国生物工程学会，上海市免疫治疗创新研究院，西湖大学医学院和广州霍夫曼免疫研究所联合支持，与国际出版商爱思唯尔合作的的健康科学领域综合性英文期刊。

hLife聚焦健康科学领域的前沿进展，旨在促进基础研究与临床应用的融合发展。期刊发表与医学相关各研究领域最新成果，学科领域包括（但不限于）病原生物学、流行病学、生理学、免疫学、结构生物学、疾病监测、肿瘤、药物、疫苗和健康政策等。

2022年成功入选“中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊”。

投稿网址：https://www.editorialmanager.com/hlife

hLife官方网址：https://www.sciencedirect.com/journal/hlife