植物分子育种分享 http://blog.sciencenet.cn/u/bioysy 欢迎对分子育种有兴趣的朋友们!

博文

用cut命令从n多列中提取特定的几列

已有 17417 次阅读 2013-11-30 15:50 |个人分类:linux|系统分类:科研笔记|关键词:学者

例如:cut -f 1,2,3,4,5,6,7,8 Cul_Wild_1529lines.chr2>1529snp_chr2

这个文件有1529+8=1537列,前8列如下:


Chromosome
PositionRefBaseSnpBaseTotalHitNumMAFRefNumSnpNum

后1529列为不同品种在相应位置的SNP。文件Cul_Wild_1529lines.chr2的大小为2.3G,后面产生的1529snp_chr2的文件大小为33.2M。这个就小多了,可以把所有数据导入一个SQL或者MySQL数据库。就这样一个看似简单的命令,完成的工作,可不那么简单。这可能是Linux的魅力。



https://m.sciencenet.cn/blog-479743-745965.html

上一篇:blast in Linux
下一篇:变异效应预测工具Variant Effect Predictor

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (3 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-6-2 04:20

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部