适用情形：需要从包含多个FASTA序列的文件中，根据序列名提取其中部分FASTA序列。一般情况，这个序列文件中包含的序列数量比较多，例如水稻基因组全部预测基因的序列，每个序列为一个fasta文件。主要为两步：第一步，建立索引文件。第二步，提取需要的序列。在这两步间还有一个准备步骤。

第1步的脚本文件：

   ####从一个或多个FASTA文件中建立索引

   use Bio::Index::Fasta;

   use strict;

   my $Index_File_Name ='IRGSPv5_gene.fasta';###索引文件名，该文件在程序运行的当前目录中

   my $inx = Bio::Index::Fasta->new(-filename => $Index_File_Name,

                                    -write_flag => 1);

   $inx->make_index('/home/bioysy/rice_genome_seq/IRGSPv5_gene.fasta');###建立索引文件的原始文件。

第2步的脚本文件：

###利用索引文件，按序列名提取序列

   use Bio::Index::Fasta;

   use Bio::SeqIO;

   use Bio::Seq;

open(GENID,'/home/bioysy/bioperl_study/Bio_Index_Fasta /get_genesid');####包含基因名的文件，我建的这个文件中基因名为：Os05t0149400-01，

                                                                     ############如果用Os05g0149400去搜索的话是没有结果的，用Os05t0149400也没结果。

                                                                     ###GENID为文件句柄

@genename=<GENID>;                                                    ##将文件内容储存在数组@genename中。

   my $Index_File_Name ='IRGSPv5_gene.fasta';                        ##已经建立的索引文件IRGSPv5_gene.fasta。

   my $inx = Bio::Index::Fasta->new(-filename=>$Index_File_Name);

   my $out = Bio::SeqIO->new(-format => 'Fasta',

                             -fh =>\*STDOUT);                        ###结果输出到屏幕上，存到文件中，我用的是LINUX系统的重定向,如>gene.fasta

   foreach my $id(@genename) {

chomp $id;

       my $seq = $inx->fetch($id); # Returns Bio::Seq object

        $out->write_seq($seq);

   }  

准备步骤：得准备下第2步里面的名为get_genesid的文件。

当然，要运行上面的脚本得用bioperl.

以前鼓捣过这个东西，失败了。这次算是成功了吧。所以，写篇短文，以念之。当有许多序列需要处理的时候，就会感到现成的软件不够用了，所以得写点小程序才能应付自如。