#编者信息

熊荣川

明湖实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

library(haplotypes)

path = "D:/ziliao/R语言 学习/R语言构建单倍型网络"

setwd(path)

x<-read.fas(file="DatasetB03.fas")

p<-parsimnet(x,prob=.97) #设定遗传距离阈值分割网络

plot(p,net=1)

plot(p,net=2)

plot(p,net=3)

plot(p,net=4)

plot(p,net=5)

plot(p,net=6)

#plot(p, interactive=TRUE,vertex.cex=c(rep(3,nrow(p@d[[1]]))))

plot(p,interactive=TRUE,vertex.cex=c(2, 2, 2, 4, 2, 2, 6, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2)) #逐个试试具体哪个单倍型排在什么位置，设置相应大小

h<-haplotype(x,indels="sic")

h #查看单倍型分类情况