怎样安装beast和beagle就不多说了，在beast的官网上有详细的说明，现在关心的是如何使beast能够使用beagle。
在windows下，首先找到beagle安装目录，比如在C:/Program Files/Common Files/libhmsbeagle/。然后设置环境变量如下：
右键点我的电脑。打开属性。然后选择“高级”里面的“环境变量”，在新的打开界面中的系统变量需要设置三个属性“JAVA_HOME”、“path”、“classpath”.
一：点“新建”，然后在变量名写上JAVA_HOME，就是java的安装路径，然后在变量值写入java安装的路径（比如“C:jdk1.6”）。
二：其次在系统变量里面找到path，然后点编辑，path变量的含义就是系统在任何路径下都可以识别java命令，则变量值为“.;%JAVA_HOME%bin”，(其中“%JAVA_HOME%”的意思为刚才设置JAVA_HOME的值），也可以直接写上“C:jdk1.6bin”
三： 最后再点“新建”，然后在变量名上写classpath,该变量的含义是为java加载类(class or lib)路径，只有类在classpath中，java命令才能识别。其值为“.;%JAVA_HOME%libdt.jar;%JAVA_HOME%libtoos.jar (要加.表示当前路径)”，与相同“%JAVA_HOME%有相同意思” 。在后面加上beagle安装目录C:/Program Files/Common Files/libhmsbeagle/就OK了
在Ubuntu里面同样如此。假设beagle安转在/home/work/tools/beagle-lib/目录，那么在运行beast的时候需要告诉java这个beast在哪里，通过下面两种方式：
1 运行beast之前，运行以下命令：
export LD_LIBRARY_PATH=/home/work/tools/beagle-lib/lib;$LD_LIBRARY_PATH
2直接运行：
java -Djava.library.path=/home/work/tools/beagle-lib/lib -jar beast.jar
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