我在linux系统下面运行命令： macs14 -t CD4-H3K9ac.bed -f BED -g hs --bw 200 -n test
(这里面macs14是一个软件，CD4-H3K9ac.bed为处理得文件名，其他全部是相应参数)
但是，每运行一次，只能执行一个文件。我手上现在有CD4-H3K9ac.bed ，CD4-H3K8ac.bed ，CD4-H3K7ac.bed ，.....
等等类似的文件，都放在同一目录下，我想些一个perl脚本，将这些文件都一次加到linux命令中，这样我只要运行perl一次，就能把所有文件都处理完。

解决办法如下~~
step1:读取文件列表并存入text文件

#!/usr/bin/perl

use warnings;
use strict;
my $dir ='D:\data\tem2';
my $file;
opendir (DIR, $dir);
my @dir = readdir DIR;
open(SAVEOUT,">&STDOUT");
open(STDOUT,"+>test.txt");

 foreach $file (@dir) {
    if ( $file =~ /[A-Z]*\.bed/) {
 print $file,"t";
 }
}

open(STDOUT,">&SAVEOUT"); #记得最后恢复STDOUT
closedir(DIR);
close STDOUT;
close SAVEOUT;

step2:调用system命令

#!/usr/bin/perl  

use strict;

use warnings;

my $file;

my @files= qw /CD4-H3K8ac.bed CD4-H3K9ac.bed CD4-H3K10ac.bed  /;  #这个地方若改为qw /test.txt /不行

foreach $file (@files){

print $file;

system ("macs14 -t $file -f BED -g hs --bw 200 --llocal 5000 -n test-$file");

}

然后就解决了。

但是就qw那句若改为qw /test.txt /这个命令时，得不到想要的文件名，只能得到test.txt ，不知何故，所以我干脆将文件列在qw/ /之间得了~~
现在还没有解决，但是问题太初级，所以继续赶小骆驼吧~~，以后可能会明白的。