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用inkscape编辑svg矢量图
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1 矢量图
科研作图，一般需要矢量图（绝大部分期刊都要求放矢量图）。那么什么是矢量图呢？
专业描述：使用直线和曲线来描述的图形，构成这些图形的元素是一些点、线、矩形、多边形、圆和弧线等，它们都是通过数学公式计算获得的，具有编辑后不失真的特点。例如一幅画的矢量图形实际上是由线段形成外框轮廓，由外框的颜色以及外框所封闭的颜色决定画显示出的颜色。
白话翻译：矢量图就是放大不会模糊，不会有锯齿的图。 
矢量图 vs 位图（标量图），图片来自网络
矢量图和位图（标量图）的区别如下：
矢量图 | 位图（标量图） | |
分辨率 | 无关，放大缩小都清楚 | 放大不清楚，出现马赛克 |
色彩丰富度 | 不丰富，简单直接图像 | 丰富，自然界的各类实物 |
文件类型 | AI、EPS、SVG、（PDF） | bmp、gif、jpg、tif、png |
占用空间 | 小 | 大，越清晰越大 |
相互转化 | 轻松转标量图 | 难以直接转成矢量图，转了质量也不高 |
我们用adobe illustrator(AI)编辑的一般都是矢量图，而用photoshop编辑的一般都是位图（标量图）。
2 inkscape
Inkscape是一款开放源码的矢量绘图软件。功能十分强大，除了基本的点、线、面、圆形、矩形、曲线之外，也可以做到三维颜色等高级功能。Inkscape预设的格式为SVG，但也可以输出PDF，png等格式。
Inkscape视图
与我们常用的photoshop，adobe illustrator（AI）界面布局几乎一样，所以学习成本很低。
3 微生信+inkscape常用案例
3.1 SVG简介
可缩放矢量图形（Scalable Vector Graphics，SVG），是一种用于描述二维的矢量图形，基于 XML 的标记语言。作为一个基于文本的开放网络标准，SVG能够优雅而简洁地渲染不同大小的图形，并和CSS，DOM，JavaScript和SMIL等其他网络标准无缝衔接。
白话翻译：svg实际上就是文本文件，里边定义了众多的tag，类似于html。
微生信平台使用的编程语言包括：
R语言：backend众多，这里使用的是Cairo，但是兼容性不太好，出的svg图中文字都转成了path，不能直接用txt编辑器编辑文字；python语言：出的svg兼容性良好，直接可以txt编辑器编辑。
所以，当你不想用inkscape编辑svg时，也可以直接用txt编辑器来编辑svg（前提是图片较简单，且你对txt不反感）
Tips:微生信平台为什么不支持中文？
一般发论文，英文的图就行了。用中文的较少，且中文字体配置麻烦！当然，我个人更愿意支持中文！
3.2 矢量图 vs 标量图
这里，我们以最常用的pie图为例。
首先打开微生信平台官网，点击pie图，我们将示例数据粘贴进去，直接提交，生成的图如下：
Pie图页面
我们首先来验证下上面说的矢量图和位图（标量图）。
这里PDF和svg是矢量图。PNG和tiff是位图。
我们分别下载这4张图，均放大500%，看下Gene body文字的局部效果。
可以看出，上面两种（pdf，svg）矢量图最清楚，放大也没有锯齿;600 dpi的tiff要比300 dpi的png清楚，但是都有锯齿了。因此，我们一般文章中都要用pdf或者svg等矢量图。
注：这里仅比较矢量图和标量图放大模糊不模糊。DPI、放大倍数啥的不要给我纠结。
3.3 SVG的真面目
这个pie模块是由python生成的，我们来看看svg文件的真面目。
右键点击用Emeditor编辑器打开（见Emeditor推文）
svg真面目
是不是很惊讶，有没有恍然大悟？左边的图片，就是右边的文本文件。简单的svg图片编辑，可以直接编辑这个svg文本文件，然后保存即可。
例如，我们要把Gene body全部改成大写，那么在文本中搜索Gene body，直接改成“GENE BODY”，保存。然后重新用浏览器打开svg即可。
文本编辑器方式修改文字
注意：这种方式简单方便，但操作有限，且貌似不太支持中文！
Tips: R出的svg类似，真面目也是文本，不过文字被渲染成了path，所以不能直接改。需要将svg转成pdf，再改；或者删除文字，自己添加。
3.4 inkscape vs AI
AI是商业软件，需要license，没有license有撤稿风险！
AI闭源，兼容性不好。
例如，微生信平台R出的图，用AI打开，是一片黑；而inkscape就没问题。
AI打开一片黑
当然，作为多面手（见微信推文），两个软件都装上使用。
3.5 inkscape案例
现在，我们以这个pie图为例，探讨下inkscape的常见操作。
3.5.1 调整字体
包括使用中文（例如将Gene body改成中文“基因体”）
将默认字体改成times new roman，字体加粗，将字体改成红色等
首先，我们使用inkscape打开刚才那个pie.svg文件。
打开svg
然后，点击左侧侧边栏的“A”按钮，点击后，将鼠标放在Gene body文字上，会出现鼠标闪动，这时，可以直接修改文字，例如删除Gene body，改成“基因体”。Ctrl A全选，backspace删除，切换中文输入法，输入“基因体”，按esc键，保存。即可搞定中文字体！
选中文字
使用中文
想要修改字体，也类似，先选择左侧侧边栏的“A”图标，然后鼠标选择3’UTR文字，ctrl+A全选后，点击软件上方标题栏的各种字体选项，各种字体，加粗等随便选。
修改字体、加粗
修改文字颜色
这里就不一一举例。
3.5.2 处理文字截断
如果我们的图片中文字特别长（例如，pathway/go的名字），超出了图片的范围，那么在pdf，png，tiff中看到的现象就是文字截断，此时svg就可以大显身手了，它是不会截断的（虽然你看到的是截断的，但是当你用inkscape打开时，它是完整的）。
我们还以pie模块为例，这次还使用示例数据，但是把Gene body改成abcdefghijklmnopqrstuvwxyz
长文字截断
在生成的4种格式图中，常规软件打开均是g前面的文字被截断（这里不一一展示）。
文字截断
然而，我们用inkscape打开后svg格式文件后，发现文字是齐全的，并没有被截断。
svg文字齐全
这是为什么呢？因为svg图片有个视图（view），类似画布（见下图），红色框是画布的位置，黑色虚线是实际图像的位置。
画布与图像对象
举个实际的例子，例如我们在一张桌子上的一张A4纸（画布）上画个饼图，一不小心，左边画到A4纸（画布）外面了,那么我们把视野放在A4纸（画布）上的话，饼图就被截断了，但是，我们把视野放在桌子上的话，饼图还是全的。
截断的不是我们的饼图，而是我们的视野。
现在我们可以：1，把饼图移动到A4纸（画布）范围内，就看到饼图的全貌了。
实际操作中是把图像拉到画布里边，例如下图，我们可以直接鼠标选中饼图，然后向右拖动饼图，让画布包含整个饼图，保存即可。
将图像对象拖动到画布中
当然，这里若画布不够大，需要调整画布大小。点击页面标题栏的“文件”-> 文档属性，即可弹出画布宽度，高度的数值，根据实际需要进行修改即可。这里画布是向右，向下扩展的。
修改画布大小
2，直接把画布拆掉，也能看到完整的饼图
点击“文件”，另存为pdf，选择“使用导出对象的尺寸”，最好出血2mm（把图片弄到边边边，不好看）。
导出对象尺寸，出血另存
3.5.3 改变元素/文字的位置
大家都搭过积木吧，这里我们可以把svg矢量图想象一副由许许多多很薄很薄的积木拼成的一个图片，图片中每个元素（“积木块”）都是可以拆卸并拖动的（类似图层的意思）。
拆解元素
当你打开一个svg图片后，鼠标放在你要拆解的元素块处，使劲点鼠标，当点到一定程度（一般点一下选中的是画布，点两下选中的是图像），就可以把图像中的元素（积木快）选中，如下图黑色虚线选中了饼图中红色部分的扇形，现在拖动鼠标，即可把红色部分的扇形从整个图中拆出来。
选中图像元素
拆解图像元素
拆解文字
文字同样可以拆解移动
鼠标放在你感兴趣的文字处，使劲点鼠标，当点到一定程度（一般点一下选中的是画布，点两下选中的是图像），就可以把图像中的文字（积木快）选中，如下图黑色虚线选中了饼图中“TSS200”的文字，现在拖动鼠标，即可把这个文字拖到你想要的地方。
选中文字
拖动文字，改变文字位置
当然，inkscape的功能还有很多，大家可以多用用看！
因此，微生信+inkscape，能够解决大部分作图问题，赶紧来试试吧！
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