！phonopy有个网站，上面有很多东西可以学习！

phonopy -d --dim =" 2 2 3" 扩胞，原则是a, b, c 都大于10， 原子数不少于70个。

要保证扩胞后的空间群和扩胞前的一致， 如果有必要， 可以设置精度：--tolerance = 0.01

对扩胞后的结构跑vasp， 提任务脚本：job.sh:

#/bin/sh
for i in 13 14 15 16
do
mkdir $i
cp IN* POT* vasp.pbs  $i
cp POSCAR-0$i $i/POSCAR
cd $i
qsub vasp.pbs
cd ..
done

待所有的POSCAR都跑完（有时无法生成力文件就是因为个别POSCAR没跑完）， 就可以提出数据画图了：

要所有的vasprun.xml 文件：（脚本cp.sh）

#/bin/sh
for i in  17 18 19 20 21 22 23 24
do
cp $i/vasprun.xml ./vasprun.xml-0$i
done

phonopy -f vasprun.xml* 生成力文件。

准备INPHON：

ATOM_NAME = Li B C
DIM = 2 2 3
#LSUPER = .TRUE.
#MP=20 20 20
#ND=7
#NPOINTS=50
#QI = 0.0 0.0 0.0  0.0 0.0 0.5  -0.333 0.667 0.5  -0.333 0.667 0.0  0.0 0.0 0.0   0.0 0.5 0.0   0.0 0.5 0.5
#QF = 0.0 0.0 0.5  -0.333 0.667 0.5  -0.333 0.667 0.0  0.0 0.0 0.0   0.0 0.5 0.0   0.0 0.5 0.5  -0.333 0.667 0.5O
BAND = 0.0 0.0 0.0  0.0 0.0 0.5  -0.5 0.0 0.5  -0.5 0.0 0.0  -0.5 0.5 0.0  0.0 0.5 0.0  0.0 0.5 0.5  -0.5 0.5 0.5
BAND_POINTS = 51

phonopy -p INPHON, 直接可以看下图。

bandplot --gnuplot > phon.dat , 导出数据，命名为phon.dat, 在origin 里可以画声子图。

ZPE：

声子计算完之后的数据处理过程:

cp INPHON INPHON-dos
在INPHON-dos里，加上MP = 8 8 8 （#8 8 8 是你要用的网格。K点644，网格用20 10 10吧）；BAND的全屏蔽掉
phonopy -t INPHON_dos, 得到thermal_properties.yaml就可以读出ZPE：最上面free energy就是zPE， kj/mol换成eV乘以0.010364，这是所有原子的，相应转换就行了。

PdDOS：
phonopy -t -p INPHON_dos，这样zpe和dos都出来了

数据处理：bandplot --gnuplot mesh.yaml > phdos.dat

http://atztogo.github.io/phonopy/vasp.html#vasp-dfpt-interface

王晖老师建议用线性相应理论来算声子， 这个只有一个结构，和之前的方法不同。按照上述链接可以做， 我还没有试过。

由于super cell方法计算有可能造成由于扩胞不够大而导致的Gamma点出现非真实虚频的情况， 所以，通常我们认为，扩的超胞越大，算得越准。但是我zai 这里发现反常， 如下图。左侧为2*2*1supercell, 右侧为3*3*1supercell。我认为是右侧的没有算准，因为supercell 的a,b,c 差别较大导致的。

zzu002@mu01old]$ head 221/SPOSCAR

SPOSCAR

1.0

7.4527997969999999    0.0000000000000000    0.0000000000000000

0.0361351390000000    7.4527121954000002    0.0000000000000000

0.0000000000000000    0.0000000000000000    7.6539001464999998

32  32

Direct

0.3838950100000000  0.1161049975000000  0.5000000000000000

0.8838950100000000  0.1161049975000000  0.5000000000000000

0.3838950100000000  0.6161049975000000  0.5000000000000000

[zzu002@mu01 old]$ head 331/SPOSCAR
SPOSCAR
  1.0
   11.1791996954999995    0.0000000000000000    0.0000000000000000
    0.0542027085000000   11.1790682931000003    0.0000000000000000
    0.0000000000000000    0.0000000000000000    7.6539001464999998
 72  72
Direct
 0.2559300066666667  0.0774033316666667  0.5000000000000000
 0.5892633400000000  0.0774033316666667  0.5000000000000000
 0.9225966733333334  0.0774033316666667  0.5000000000000000

因此，在扩胞时，要尽量使超胞的a,b,c 接近。