流式细胞仪的应用非常广泛，但在数据分析方面，流式细胞仪至今还仰仗人工gating。为了能像microarry一样，发展自动gating方法，NIAID赞助了两天的第一届flowCAP会议，请专家们用不同的自动聚类方法，对五组数据进行分析，分析结果与人工gating的结果进行比较。比较结果表明，有些algorithms比人工gating更有优势。其中的 FLAME 和 FLOCK 有web interface。从事流式细胞仪工作的同仁，可以到如下网址试用这两个软件：

FLOCK： http://www.immport.org

FLAME: http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/