以前用perl 在这个ubantu系统下进行本地blast遇到点问题，本地blast database老是建不了。现在按这里http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52640/的方法装了一个standalone BLAST.主要命令:如 tar zxvpf ncbi-blast-2.2.23-x64-linux.tar.gz。

    建库用类似下面的命令：

    makeblastdb -in '/media/sequence/IRGSP-1.0seq/IRGSP-1.0_genome.fasta' -dbtype 'nucl' -out IRGSP-1.0_genome.db -hash_index -input_type 'fasta'

    blast用类似下面的命令：

   blastn -query /home/bioysy/sequences/rice_clonedgene_seq/cell_res_ricegene.fasta -db IRGPS4.db -out /home/bioysy/sequences/test.out

    查blast database的基本情况：

 blastdbcmd -db IRGPS4.db -info

这些是最简单和基本的功能，这里面能变的花样太多了，还得学习。