2.1 拼接 工具: SPAdes 网址: http://cab.spbu.ru/software/spades/ 引用: Bankevich A., Nurk S., Antipov D., GurevichA., Dvorkin M., Kulikov A. S., Lesin V., Nikolenko S., PhamS., Prjibelski A., Pyshkin A., Sirotkin A., Vyahhi N.,Tesler G., Alekseyev M. A., Pevzner P. A. SPAdes: A ...
宏基因组分析的第一步是质量控制,主要包括adapter 和低质量序列的修剪与去除。 工具: Trimmomatic 网址: http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic 引用: Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. (2014). Trimmomatic: Aflexible trimmer for Illumina Sequence Data. Bioinformatic ...
1 简介 p rodigal(Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm)用于原核微生物基因组和宏基因组的基因预测, 是 Oak Ridge National Laboratory 和 University of Tennessee-Knoxville 在2007年联合开发的。更多信息(https://github.com/hyattpd/Prodigal/wiki/introduction) 2下载及安装 代码托 ...