科学网—IMATSOFT的博文

Discovery Studio | ADMET结果分析

杨志强 2022-12-13 16:32

ADMET是5个首字母的缩写，分别代表了Absorption、Distribution、Metabolism、Excretion、Toxicity。Absorption代表药物从作用部位吸收进入体循环的过程；Distribution是指药物吸收后通过细胞膜屏障向各组织、器官或者体液进行转运分布的过程；Metabolism指药物在体内受酶（主要指P450）系统或者肠道菌丛的作用而发生代谢 ...

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傻瓜小白也能安装Pymol

杨志强 2022-12-13 16:15

Pymol 是伟大的三维结构显示软件，于2009年被收购并完成商业化。好在该公司遵循守则仍然提供部分代码以让广大用户使用开源版本。Pymol版本众多，包含企业版（收费），政府版（收费：$199/年/人），学术/非营利版（收费：$99/年/人），教育版（无出版权限，即不可以用来发文章，也无光线追踪渲染功能，不可以Ray来获得高 ...

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使用Discovery Studio从大量配体中生成药效团

杨志强 2022-11-22 17:21

目的：通过此教程了解Discovery Studio软件中使用大量配体/大数据集中生成集合药效团所需功能模块：Discovery Studio Client、Ensemble Pharmacophore Generation、Find Diverse Molecules、Common Feature Pharmacophore Generation、Ligand Profiler. 所需数据文件：akt1_actives.sd、kt1_decoys.sd &nbs ...

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【自主研发】如何使用Discovery Studio进行反向找靶

杨志强 2022-11-10 11:43

反向找靶又被叫做靶点垂钓（Target Fishing）目前，通过计算机辅助进行反向找靶主要有三种方法：反向分子对接（Inverse Docking）、药效团模型搜索（Compound Profiling）及基于配体分子相似性分析（Lignad Similarity Search）。这三种方法可以实现反向筛选以搜索小分子药物的未知靶标、非预期靶标或二级靶点。这三种不 ...

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使用Discovery Studio进行自由能计算教程——Free Energy Perturbation

杨志强 2022-11-7 16:17

目的：采用Discovery Studio，以一组小分子化合物为实例，示范FEP计算及结果分析操作过程。所需功能：Discovery Studio client，DS Preparing analogs and ligand pairs、DS Setting up the relative FEP calculations、DS Running the FEP calculations、DS Collating and analyzing the FEP results ...

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Discovery Studio | Multi-Site Lambda Dynamics (MSLD) 进行自由能计算

杨志强 2022-11-7 15:57

目的：通过此教程，了解Discovery Studio中使用Multi-Site Lambda Dynamics（MSLD）计算自由能的操作方法及结果分析。所需功能和模块： Discovery Studio Client、DS Enumerate Ligands for MSLD、DS Set Up MSLD Calculations、DS CHARMm Relative FEP Calculations (GPU) 所需数据文件： 4YKR_pr ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）创建2D QASR模型

杨志强 2022-11-7 10:18

目的：通过此教程，了解并掌握Discovery Studio中通过MLR和PLS方法构建二维定量构效关系模型的操作过程。所需功能和模块： Discovery Studio Client，DS QSAR。所需数据文件： trainingset.dsv，test.sd。所需时间： 10分钟介绍药物设计中，当受体的结构未知时，基于结构的药物 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）创建3D QASR模型

杨志强 2022-11-7 10:04

目的：通过此教程，了解并掌握Discovery Studio中构建三维定量构效关系模型的操作方法及结果分析。所需功能和模块： Discovery Studio Client ，DS QSAR。所需数据文件： trainingset.sd ，testset.sd。所需时间： 20 分钟介绍药物设计即试图发现能够同生物大分子靶标在形状 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）分子对接前的准备受体和配体

杨志强 2022-11-7 09:53

目的：通过此教程，了解并掌握Discovery Studio中一些基本操作。所需功能和模块： Discovery Studio Visualizer client 所需数据文件： mdm_random.sd 和1aq1.pdb。所需时间： 30分钟介绍在使用软件进行课题研究前，我们首先应该了解并掌握该软件使用的一些基本操作。为后续的 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）构建基于受体-配体复合物药效团

杨志强 2022-11-4 14:34

目的：通过此教程，了解Discovery Studio中构建及验证基于受体-配体复合物药效团操作方法及结果分析。所需功能和模块： Discovery Studio Client ，DS CatalystConformation，DS CatalystHypothesis，DS Catalyst Score，DS Catalyst SBP。所需数据文件： 2irz.pdb ，active.sd和inactive.sd 所 ...

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