heatmap.2（）函数属于R语言gplots程序包，其能够将一个矩阵中的单个元素通过不同颜色的形式表现出来，进而对不同的单元进行比较分析，热图往往与聚类图相互作用，对不同样本中的不同单元的特点进行直观的比较分析。

本人近期对热图的绘制进行了简要的学习，现将其流程简述如下：

以矩阵：

   s1    s2    s3    s4    s5

A    10    20    14    13    46

B    20    30    70    80    4

C    13    64    37    9    68

D    44    23    90    43    8

E    23    54    78    65    1

F    44    19    64    22    41

为例

于F盘Test文件夹中新建matrix.txt文本文件，将上述数据拷贝至matrix.txt后保存

打开R

>install.packages("gplots") #下载gplots程序包

>library(gplots) #加载gplots程序

>setwd("F:/Test") #定义R的工作目录

>data<-read.table("matrix.txt") #读取文件

>data=na.omit(data) #将带有文件中带有缺失值的行去掉

>View(data) #查看数据（Fig1）

>data<- as.matrix(data) #将数据矩阵化

>heatmap.2(data) #生成热图（Fig2）

该图与我们平时见到的热图相差甚远，需要对其进行后期优化。

1.优化颜色

col=redgreen(或greenred)

>heatmap.2(data,col=redgreen)

2.对所有数据进行标准化（scale=（”none“，"row","column"））,主要是为了防止单个数据过大（过小），导致冷热色分布不明显的现象。

>heatmap.2(data,col=redgreen,scale="row") #本文数据间差异不大，故该命令效果不明显，对于数据差异大的矩阵，该命令能够显著的优化图形。

3.是否需要图标以及图标的大小（key，热图左上角）

>heatmap.2(data,col=redgreen,scale="row",key=T,keysize=1.5) #不需要时选择key=F，此时不输入keysize（表示图标大小）命令。

4.是否需要基准线（图上青色的线条）

>heatmap.2(data,col=redgreen,scale="row",key=T,keysize=1.5，trace="none") #不需要基准线，需要时输入"both","row" 或者"column"

5.定义xlab和ylab的字符大小

>heatmap.2(data,col=redgreen,scale="row",key=T,keysize=1.5，trace="none",cexCol=1,cexRow=1)

此外，Rowv, Colv以及dendrogram命令可以确定是否需要在行或者列上标注聚类图。

对于更多详细的信息，读者可移步：

http://www.inside-r.org/packages/cran/gplots/docs/heatmap.2