博文
- 使用pheatmap软件绘制基因表达热图
- 热度 1
- 使用pheatmap软件绘制基因表达热图 Drawing heatmap about gene expression patterns through pheatmap package 写在前面 在基因的表达模式分析中，我们往往需要对量化的多个基因表达数据进行可视化处理，使得我们所关注的基因在物种的不同组织以及同一组织的不同处理下的表达情况一目了然。在日常研究中， ...
- 通过基因ID文件从fasta文件中提取特定的基因
- 通过基因ID文件从fasta文件中提取特定的基因序列 Extract sequence with header from a fasta file with specific ID given in another file 最近在进行一些转录组数据的挖掘和分析实验，在实际的数据处理中，往往需要对目标序列文件进行基于一定条件的筛选，比如本文中所提到的通过基因ID文件从fasta文件中提取得到 ...
- Download sra file from NCBI through command line (aspera)
- Recently, I need some RNA-seq experiments which have been published in NCBI for my study, while large sra file would take a lot of time in raw-data downloading (i.e. wget downloading). So I want to use aspera connect (command line version) to increse the rate for file downloading. The detail descr ...
- Ubuntu server 14.04最新版本OpenJDK安装日志
- 最近在Ubuntu server中安装Blast2Go时出现报错： Blast2GOCommand Line V1.0.2 build: 31032014 It seems that you ara executing Blast2GO with aversion of OpenJDK Java. Please use themost recent version from Oracle. 表示需要最新版本的OpenJDK Java。经过几番折腾，终于将最新版本的OpenJ ...
- heatmap.2绘制热图
- heatmap.2（）函数属于R语言gplots程序包，其能够将一个矩阵中的单个元素通过不同颜色的形式表现出来，进而对不同的单元进行比较分析，热图往往与聚类图相互作用，对不同样本中的不同单元的特点进行直观的比较分析。 本人近期对热图的绘制进行了简要的学习，现将其流程简述如下： 以矩阵： s1 &n ...
- How to calculate FPKM values of interested genes
- FPKM, Fragments Kilobase of exon model per millon mapped reads, which can be used to indicate the expression (abundance) characteristics of genes. Now I will describe operation about obtaining interested gene FPKM value. 1.Software Download 1).fastq-dump: convert sra file to fastq file. ...
- The question and solution of GEOquery install
- GEOquery is a tool which can be use to obtain GEO database from NCBI. Today I tried to install this packages in R, but I met some questions. my operation as follows: source('http://bioconductor.org/biocLite.R') Bioconductor version 2.14 (BiocInstaller 1.14.2), ?biocLite for help biocLit ...
- 箱线图和散点图叠加图形的绘制——R language
- 热度 1
- 前几日偶然从科学网上看到了一副特别漂亮的统计图形，如下图(摘自博文：http://blog.sciencenet.cn/blog-397960-456174.html)所示： 感觉美翻了都，刚好在学习R，又遇到课题组有一些数据要处理，就花了大约一天的时间对其制作过程进行分析，现将其绘制过程简述如下： 1.数据准备 假设共有三组数据，分别为A，B，C， ...
- 关于Linux系统cd-hit软件和probcons软件的解析
- cd-hit软件是华人科学家Weizhong Li开发的一个快速去除冗余序列的软件，不仅速度快且准确度高，至于软件的详细介绍，科学网博主高山流水已在其博客中做了介绍（address： http://blog.sciencenet.cn/blog-54276-466940.html） 其实对于了解linux的人而言，make其实是一个非常简单的步骤，但对于像我这样的Linux小白而言， ...
12
