使用pheatmap软件绘制基因表达热图

Drawing heatmap about gene expression patterns through pheatmap package

写在前面    在基因的表达模式分析中，我们往往需要对量化的多个基因表达数据进行可视化处理，使得我们所关注的基因在物种的不同组织以及同一组织的不同处理下的表达情况一目了然。在日常研究中，我们往往习惯于选择热图实现这一基因表达模式可视化的需求，进而直观的表述我们的基因表达模式的分析结果。

基因表达热图     所谓基因表达热图就是通过不同的颜色反应同一基因在不同样本中的一个表达情况，具体如下图所示：

前面的博文主要就如何通过R语言中ggplots包中的heatmap.2函数绘制热图进行了介绍。但相比较而言，pheatmap较heatmap.2更为简洁以及易于理解，对于初学者而言是一款不错的热图绘制软件。

软件安装

source("http://biocoundctor.org/biocLite.R")
biocLite("pheatmap")

软件调用

library(pheatmap)

数据导入（示例数据Results.txt）

data<-read.table("Results.txt", sep="t", header=T)

str(data)

as.data.frame(as.character(data[,1])) #定义列标题

data1<-data[,c(2,3,4,5,6,7,8,9)] #选择数据部分

rownames(data1)<-data[,1] #定义行标题

data1 #查看数据

pheatmap(data1,cluster_rows=F,cluster_cols=F,scale="row",border_color="white",color=colorRampPalette(rev(c("red","black","green")))(102),file="test.pdf",width=10,height=5) #运行pheatmap绘制热图，其中data1位数据矩阵，cluster_rows=F表示列不聚类，可选参数还有T，表示聚类，cluster_cols=F表示行不聚类，类似于cluster_cols, scale="row"表示以列为参照进行标准化，可选参数还有“column”表示以行为参照；border_color参数用来设置不同颜色方块之间的间隔的颜色，color参数用来设置颜色，file参数用来指定导出文件的名称，默认导出地址是当前工作文件夹，width表示图的宽度，height表示图的高度。此外，对于其他参数，可参照软件的manualpheatmap.pdf

最终效果图——test1.pdf

R软件执行脚本——pheatmap.rar

致谢：特别感谢CJchen在其博客http://www.cjchen.name/?p=328  中对pheatmap的详细介绍，本文

是在借鉴（抄袭）其博文的基础上，根据我的数据分析经验进行的汇总。