宏基因组/转录组去除宿主污染

涂波 2021-1-23 00:41

对于宿主（动植物）来源的宏基因组、（宏）转录组，去除宿主序列污染对于序列拼接等分析的准确定至关重要，我们可以通过将raw reads或初步质控后的clean reads与宿主的基因组序列进行多重比对，提取其中未比对上的序列，就可以获得去除了宿主序列的reads。 由于做人体微生物的比较多，所以这里以人宿主污染为例。 ...

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宏基因组分析（2）：拼接及评价（SPAdes+QUAST）

涂波 2017-11-16 13:08

2.1 拼接 工具： SPAdes 网址： http://cab.spbu.ru/software/spades/ 引用： Bankevich A., Nurk S., Antipov D., GurevichA., Dvorkin M., Kulikov A. S., Lesin V., Nikolenko S., PhamS., Prjibelski A., Pyshkin A., Sirotkin A., Vyahhi N.,Tesler G., Alekseyev M. A., Pevzner P. A. SPAdes: A ...

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宏基因组分析流程（1）：质控

涂波 2017-11-16 13:01

宏基因组分析的第一步是质量控制，主要包括adapter 和低质量序列的修剪与去除。 工具： Trimmomatic 网址： http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic 引用： Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. (2014). Trimmomatic: Aflexible trimmer for Illumina Sequence Data. Bioinformatic ...

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基因预测工具：Prodigal

涂波 2017-11-16 12:15

1 简介 p rodigal(Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm)用于原核微生物基因组和宏基因组的基因预测, 是 Oak Ridge National Laboratory 和 University of Tennessee-Knoxville 在2007年联合开发的。更多信息（https://github.com/hyattpd/Prodigal/wiki/introduction） 2下载及安装 代码托 ...

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序列多重比对工具：MUSCLE

涂波 2017-8-15 09:27

Muscle MUSCLE是RC Edgar开发的序列多重比对（Multiple Sequence Alignment，MSA）工具 下载和相关说明地址为http://www.drive5.com/muscle/manual/ 1、比对并保存比对结果为Fasta格式文件 muscle -in seqs.fa -out seqs.afa 对于大数据集可以使用 muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -max ...

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基因预测工具:Glimmer

涂波 2017-8-9 13:05

glimmer（Gene Locator and Interpolated Markov ModelER） 1.1简介 Glimmer是用于寻找微生物DNA，特别是细菌、古菌和病毒中的基因。其采用的方法为内插马尔科夫模型（interpolted Markov model，IMM）来识别编码区域和非编码区域。已经经历了1.0，2.0版本，现在为3.0版本。 1.2官网、下载地址和安装方法 http://ccb.j ...

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CheckM评估基因组完整度

涂波 2017-8-1 10:30

CheckM 1、简介 checkM是用于评估分离出的微生物、单细胞和宏基因组的质量工具。其使用有谱系世系关系的特有和独有基因数据集来大致估计基因组的完整度和污染程度。 。 2、下载与安装 2.1 官网、下载地址说明文档 checkm的代码全部托管在github上。 官方主页：https://ecogenomics.github.io/CheckM/ 下载地址：ht ...

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