1 简介

prodigal(Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm)用于原核微生物基因组和宏基因组的基因预测, 是Oak Ridge National Laboratory和University of Tennessee-Knoxville 在2007年联合开发的。更多信息（https://github.com/hyattpd/Prodigal/wiki/introduction）

2下载及安装

代码托管于github上，主页地址为：https://github.com/hyattpd/Prodigal

从github上下载压缩包

使用tar -xzvf解压，进入文件目录，使用make install安装即可。

3 使用方法

prodigal [-a trans_file] [-c] [-d nuc_file] [-f output_type]

                [-g tr_table] [-h] [-i input_file] [-m] [-n] [-o output_file]

                [-p mode] [-q] [-s start_file] [-t training_file] [-v]

        -a: 输出的蛋白序列文件名

        -c: 封闭的两端。即不允许基因的一端没有起始和终止结构.

        -d: 输出的核酸序列文件名

        -f:  输出文件格式(gbk, gff, or sco)，默认gbk.

        -g:  指定密码子表(默认11).

        -h:  帮助.

        -i:  指定FASTA/Genbank输入文件(默认标准输入).

        -m:  屏蔽碱基N.

        -n:  Bypass Shine-Dalgarno trainer and force a full motif scan.

        -o:  指定输出文件（默认标准输出）.

        -p:  选择过程（单个样品或meta样品），默认单个样品。

        -q:  Run quietly (suppress normal stderr output).

        -s:  将所有带有得分的潜在基因写入到指定文件中

        -t:  写入一个训练文件。否则读取并使用一个指定的训练文件

        -v:  打印版本号

以基因组contig文件为例：

   prodigal -a protein_seq.fasta -d nucleotide_seq.fasta -o genes.gff -s poteintial.stat -i contig.fasta")