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在Ubuntu Linux编译r8s

已有 7447 次阅读 2010-1-4 00:20 |个人分类:未分类|系统分类:科研笔记|关键词:学者

张金龙

2010年1月4日

2016年10月17日修订

r8s是校对分子钟的著名软件,在分子进化领域有着广泛的应用,但是作者提供的可执行文件只有Mac版本,以及该程序的源代码,用户可在linux下对其源代码进行编译。下面介绍如何在Ubuntu Linux系统下编译r8s的源代码。

1 将r8s压缩包下载到本地,如存放在 “下载” 文件夹中

原代码网址为 http://loco.biosci.arizona.edu/r8s

由于上述网址已经不能下载,这里提供源代码下载: r8s.dist.tgz

2 源代码的解压缩
在Linux终端键入 cd 下载/,  
uncompress r8s1.71.dist.tar.Z
tar xvf r8s1.71.dist.tar

此时,出现了r8s1.71目录,该目录下有四个子目录,分别为 bin, doc, sample, src,其中src为需要编译的源代码。

3 源代码的编译  键入如下命令
 cd r8s1.71/src/
 make

 即可完成r8s的编译。

编译过程需要用到gcc编译器,一般情况下,系统均已经安装了gcc编译器,若没有安装,则可键入
sudo apt-get install build-essential

如果出现errno.h相关的错误, 则可以将以下代码按照如下提示更改

修改前: memory.o: /usr/include/errno.h /usr/include/sys/errno.h

修改后: memory.o: /usr/include/errno.h

参考 http://phylobotanist.blogspot.hk/2015/02/dated-phylogenies-my-experience-using.html




https://m.sciencenet.cn/blog-255662-284016.html

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