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R中的极大似然估计
热度 2 张金龙 2012-6-25 09:42
R中的极大似然估计
R中的极大似然估计 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com 人们经常用样本(sample)来估计总体(population)的参数, 假定一个概率密度函数,如正态分布,并给出所有可能的参数组合,那么每一种参数组合所生成当前样本的可能性分别有多大?将最可能产生当前样本的参数,作为总体参数的估计,这就是极大似然(Maximum Likelihood) ...
个人分类: 统计分析|13328 次阅读|4 个评论 热度 2
MCMC中的Metropolis Hastings抽样法
热度 4 张金龙 2012-2-29 07:54
MCMC中的Metropolis Hastings抽样法
Metropolis Hastings抽样法示例 jinlongzhang01@gmail.com Metropolis Hasting(下面简称MH)是蒙特卡罗马尔科夫链中一种重要的抽样方法。本文简要介绍MH算法,并给出一个实例。 MH算法在参数空间随机取值,作为起始点。按照参数的概率分布生成随机的参数,按照这一系列参数的组合,计算当前点的概率密度。依据 ...
个人分类: 统计分析|30199 次阅读|5 个评论 热度 4
什么是bootstrap?
热度 6 张金龙 2011-12-30 00:00
什么是bootstrap?
Bootstrap又称自展法,是用小样本估计总体值的一种非参数方法,在进化和生态学研究中应用十分广泛。例如进化树分化节点的自展支持率等。 Bootstrap的思想,是生成一系列bootstrap伪样本,每个样本是初始数据有放回抽样。通过对伪样本的计算,获得统计量的分布。例如,要进行1000次bootstrap,求平均值的置信区间,可以对每 ...
个人分类: 统计分析|44872 次阅读|9 个评论 热度 6
一个简单的马尔可夫链
热度 2 张金龙 2011-12-1 15:04
一个简单的马尔可夫链 在一个随机过程中,如果事件发生概率在t时刻所处的状态为已知时,它在t + 1时刻只与t时刻的状态有关,而与之前所处的状态无关,则称该过程具有马尔可夫性。 时间和状态都是离散的马尔可夫过程称为马尔可夫链。马尔可夫链在经济学,社会学,生命科学领域有着广泛的应用。这里举例说明。 例子: 姜 ...
个人分类: 统计分析|26393 次阅读|5 个评论 热度 2
二项分布的对数似然面:算法与R语言实现
热度 1 张金龙 2011-11-19 00:47
二项分布的对数似然面:算法与R语言实现
二项分布的对数似然面 : 算法与R语言实现 jinlongzhang01@gmail.com 对数似然面是极大似然估计的结果之一,这里介绍在R语言中如何绘制对数似然面(Log Likelihood Surface),这里用到的对数似然函数是二项分布的,对于泊松分布,正态分布,负二项分布等,只需对对数似然函数进行适当修改即可。 ...
个人分类: 统计分析|10386 次阅读|1 个评论 热度 1
用R语言绘制似然面Likelihood Surface
热度 1 张金龙 2011-11-18 12:46
用R语言绘制似然面Likelihood Surface
本文的目的,是直观表达极大似然估计。给出一组数,若用正态分布拟合,则其平均值和标准差最可能的取值是什么? 极大似然面的顶点,就是最优估计。实际情况下,是对对数似然函数 Log Likelihood 取极值。这里只按照似然( Likelihood )的原始定义,直接求 Likelihood 。 like ...
个人分类: 统计分析|9410 次阅读|1 个评论 热度 1
如何编写R函数
热度 1 张金龙 2011-10-26 19:28
如何编写 R 函数? 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com R 语言实际上是函数的集合,用户可以使用 base , stats 等包中的基本函数,也可以自己编写函数完成一定的功能。但是初学者往往认为编写 R 函数十分困难,或者难以理解。这里对如何编写 R 函数进行简要的介绍。 ...
个人分类: 统计分析|43088 次阅读|3 个评论 热度 1
PCNM动画展示:生态学与空间统计学
热度 2 张金龙 2011-7-28 19:29
PCNM动画展示:生态学与空间统计学
PCNM (Principal Coordinates of Neighbourhood Matrix) 是 Legendre 教授等开发出的表示空间关系的方法,类似于 pcoa 。常用于生物多样性空间格局研究中,例如在古田山 beta 多样性研究中, Legendre ( 2009 ) 就使用了这种方法。用样地的规则栅格距离可以对点两两之间的距离关系进行 PCNM 模拟。 &n ...
个人分类: 统计分析|21597 次阅读|2 个评论 热度 2

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