谈完了二代测序数据后用的分析软件，就不得不谈一下比对和注释时候用的数据库了。

       细菌(16S)的数据库主要有Silva (http://www.arb-silva.de/), RDP (http://rdp.cme.msu.edu/) 和Greengene (http://www.greengene.com/)。Mothur在align的时候倾向于用Silva的数据库(http://www.mothur.org/wiki/Silva_reference_files) (Current Release 119)，而在classify的时候用RDP的数据库(http://www.mothur.org/wiki/Classify.seqs)；而QIIME软件在align和classify均默认用Greengene的数据库(http://qiime.org/home_static/dataFiles.html) 。

       真菌的数据库，Mothur用的是Silva18S全长的，而QIIME用的是UNITE(https://github.com/downloads/qiime/its-reference-otus/its_12_11_otus.tar.gz)的数据库。

       用不同的数据库分析，最后的结果肯定是有差异的，但是你数据间的差异一般不会因为数据库的不同而变化。即你样品之间的差异，即使用不同的数据库分析，差异是稳定的。

       另外，分享一个关于数据库的链接(http://www.bioinformatics.fr/resources.php?tag=rrna)。