最近，看到一个“应用网络药理学和生物信息学技术方法研究中药复方/单体学习班”招生。其招生广告指出：

近年来，随着网络药理学和生物信息学的发展，将生物信息学技术和网络药理学方法相糅合，联合实验验证成为中药复方机制研究中的重要方式之一，在SCI论文发表方面获得了新的进展。基于该模式的中药复方研究打破了传统的中药复方机制研究的瓶颈，使得原先难以定性的机制得以预测和验证。该研究方法适用于各类病症的中药复方/单体治疗机制研究，现已成功应用于多篇SCI（IF＞5）论文的发表。

通过该学习班学习，可以解决下述问题：

（1）如何去筛选中药复方的有效成分和预测作用靶点？具体如何操作，如何实现，有无高效可行的方案？

（2）如何去挖掘成分-靶点、靶点-疾病、靶点-信号通路之间的关系？并绘制网络关系图？

（3）如何通过多种方式去预测中药单体成分作用的靶点，并进行机制研究？

（4）如何利用生物信息学数据库将基因表达谱数据和药物机制关联在一起？

（5）如何利用生物信息学的方式解析中药复方/单体的作用机制，把疾病-药物-机制三者关联在一起？

（6）如何利用GEO等数据库，在没有R语言基础的情况下也能实现芯片分析和处理，挖掘免费可得的数据，为自己的中药复方研究和基金申请增添亮点？

（5）如何利用多种富集分析的技术和方法，为自己的机制研究提供方向指引，为文章发表和基金申请绘制高质量的富集分析图片？

（6）如何利用网络药理学和生物信息学的方式，通过大数据挖掘和整合分析，为自己的国自然基金添砖加瓦，充实自身的前期研究基础，讲好属于你的故事？

学习班的课程内容、目标与特色：

本次学习班课程严格按照中药复方解析的顺序设计，层层递进，逐步挖掘中药复方的作用机制。将讲述如何利用VBA工具检索复方成分并使用ADME参数筛选有效成分；如何利用VBA工具检索成分靶点；同时也会讲述如何使用药效团模型靶点预测工具开展中药单体成分的机制研究；如何使用Cytoscape构建成分-靶点网络和进行网络拓扑分析，以及多种插件的灵活使用；如何利用Cytoscape构建多数据库来源的蛋白质相互作用网络；如何利用拓扑分析算法筛选网络核心靶点；讲述如何将GEO数据库和ConnectivityMap数据库相关联，应用于中药复方的机制研究；如何利用简单在线工具进行富集分析，以及绘制富集散点图、文恩图等。

而且，本次学习班全程电脑实战教学，90%以上内容都会涉及到上机指导，无繁琐的理论授课，有超过30种数据库和在线分析工具的使用教学，做到课程学完，就能独立解析中药复方，分析复方/中药单体治疗疾病的潜在分子机制，为后续实验验证、基金标书写作提供指导。

授课内容包括：

1. 中药复方有效成分的筛选、成分作用靶点预测

（1）中药复方网络药理学和生物信息学结合的SCI文章套路学习。

（2）中药有效成分的查找和基于ADME参数的成分筛选（包括使用VBA工具快速获取中药成分信息数据，上机实战）。

（3）应用结构相似度等多种方式预测中药复方或单体成分的靶点、靶点整理和基因名转换（包括使用VBA工具快速获取成分-靶点关系数据，上机实战）。

（4）基于药效团模型的中药单成分/化合物的靶点预测（包括PubChem数据库的简单使用和成分3D结构文件的下载）。

2. 多种网络的构建和疾病相关靶点的获取

（1）成分-靶点网络、靶点-疾病构建过程中数据文件的编排以及网络绘图的注意事项，上机实战。

（2）Cytoscape软件以及相关插件的详细使用（包括中药复方成分-靶点网络绘制、网络美化和调整、交集网络构建、子网络提取构建、图片导出和数据导出等，上机实战）。

（3）疾病相关靶点的检索和获取（通过多个数据库联合检索疾病相关的已知靶点，实战演示）。

（4）利用文本挖掘工具检索疾病相关靶点，增加疾病靶点可靠性。

3. 生物信息学在中药复方研究中的应用及网络分析

（1）GEO数据库分析和获取特定疾病靶点（包括GEO数据库的简单介绍，GEO芯片的在线分析和利用在线工具进行GEO芯片的分析，绘制热图，非常适合没有R语言基础的初学者，上机实战）。

（2）多种方式绘制文恩图，交集分析。包括在线工具、软件等方式，最多支持6组的文恩图分析，无需任何R语言基础，上机实战。

（3）基于ConnectivityMap的中药复方或单成分的机制分析，以及药物耐药、药物预警研究思路探讨。

4. 中药复方作用机制探讨和应用网络药理学申请基金的讨论

（1）常用蛋白质相互作用关系数据库的介绍以及如何使用Cytoscape插件快速构建蛋白质相互作用关系网络，并使用相关插件进行网络中心性分析，寻找蛋白质相互作用网络中的关键节点，构建子网络，上机实战。

（2）基于DAVID的靶点GO注释分析和KEGG信号通路分析，以及利用在线工具绘制富集散点图，利用GlueGO等Cytoscape插件进行富集分析和结果绘图，上机实战。

（3）如何将网络药理学或生物信息学应用于基金书写和申请，套路分享和探讨。

（4）常用网址的使用和简单教学（包括简单的miRNA靶基因预测、TCGA简单差异、生存分析，共表达分析等，根据时间安排，上机实战）。

备注：自带笔记本电脑，安装WINDOWS操作系统，需要安装Cytoscape3.2.1（需要安装java，具体插件报名后告知如何安装）、OfficeExcel 2013等软件。

作为退休的中医临床医生，本人始终关注中医药的现代化探索，尽管对复方药理学研究一知半解。