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实验小鼠品系鉴定
邓倩云 2021-12-31 09:46
遗传背景 实验小鼠品系鉴定的遗传背景鉴定普遍采用 SNP 遗传位标,国际著名的小鼠供应商 Jackson Lab 和 Charles River 分别选择了 2 9 个和 32 个 SNP 进行实验小鼠品系的鉴定。 翼和特色 上海翼和生物从小鼠单核苷酸多态性 (SNP) 数据库筛选出相对均匀分布在 2 ...
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SNP——动植物健康的密码
邓倩云 2021-12-23 17:28
什么是S NP ? SNP(single-nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。 SNP既可能在基因序列内,也可能在基因以外的非编码序列上。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异,这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换 ...
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群体遗传结构分析软件系列(4)
邓倩云 2021-12-23 17:15
群体遗传结构: 是指群体中存在分层的现象,即在群体中存在多个亚群。亚群的混合会增加群体的复杂程度,使得对遗传连锁不平衡的评估偏高。因此,在基于连锁不平衡进行定位的关联分析中,需要对群体结构进行分析,将其作为协方差,校正群体分层造成的假阳性关联结果。 翼和生物往期文章介绍了群体遗传结构分析软件, ...
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群体遗传结构分析软件系列(3)
邓倩云 2021-12-23 16:59
经过 K 值确定和 CLUMPP 合并 Q 矩阵,利用可以生成 Q 值百分比柱形堆积图。 Q plot 的绘制有 4 种方法: 1. 根据网上所说的的教程 2. 合并后 Q 矩阵可以在 Excel 中插入条形堆积图,生成需要的图形; 3. 可以将格式整理成 STRUCTURE 软件的结果文件中,对应的替换掉一个 run 的相应位置,用 STRUCTURE 结果文件 ...
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群体遗传结构分析软件系列
邓倩云 2021-12-19 14:35
种质资源评价的内容包括遗传多样性、亲缘关系、指纹图谱和遗传结构分析。遗传多样性和亲缘关系的分析方法详见往期文章。本系列主要是讲群体遗传结构分析的软件Structure2.0、最佳K值确定、Clumpp2.0合并Q矩阵和Q plot的绘制。 STRUCTURE2.3.1 ...
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肾不“虚”,人不老--拜读慢性肾病CKD与端粒长度队列研究论文有感
邓倩云 2021-12-15 21:24
肾者,主蛰封藏之本,精之处也。其华在发,其充在骨。每当你有夜尿增多、腰酸、肌肉抽搐、下肢肿胀、心力衰竭、消化道出血、乏力、高血压、慢性肾炎等症状之一,老铁,这可能你的肾不太行。 肾是人和高等动物的主要排泄器官,形如蚕豆,位于脊柱两侧,左右各一,表面有纤维组织构成的 ...
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RPL治疗新视角——DNA甲基化
邓倩云 2021-11-23 09:27
什么是甲基化? 生物体内存在基因表达的机制被称之为基因调控,转录水平上的调控是基因调控重要形式之一,其中甲基化是基因调控的一种表观遗传机制, 在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用,是目前新的研究热点之一。 甲基化是指从活性甲基化合物上将甲基催化转移到其他 ...
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不治之症的曙光
邓倩云 2021-11-13 16:47
曾有伤寒书诗云:两感伤寒不需治,阴阳毒过七朝期,此乃不治之症。伤寒、瘴气、肺痨、疾风、天花为古代五大不治之症。在遥远的古代,染上这些不治之症的人不是投河自尽,就是僵卧孤村,一杯黄土井中埋。随着现代科学研究的深入和医学的发展,越来越多的不治之症成为可以治疗的疾病。 不治之 ...
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利用二代测序进行基因组高同源区段序列分析的挑战及应对
邓倩云 2021-10-27 09:36
基因组遗传学研究时,经常会遇到各类高同源区段。比如人基因组中 P 450 基因家族, HLA 基因座位;在植物、鱼类和两栖类中,同样存在大量的高同源序列。这些同源区段多来自于物种进化过程中的基因组复制事件或染色体加倍。对高同源区段进行序列分析或基因分型时,由于同源序列干扰,获得高质量数据仍然是一个非常具有 ...
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SNP基因分型
邓倩云 2021-10-25 11:01
SNP介绍 SNP 全称 Single Nucleotide Polymorphism ,即单核苷酸多态性,是指在基因组上单个核苷酸的变异,包碱基的转换和颠换,由此而形成的遗传位标。其数量很多,多态性丰富,有些 SNP 位点直接影响基因功能,从而导致生物性状改变。 SNP 是研究人类家族和动植物品 ...
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