经过K值确定和CLUMPP合并Q矩阵，利用可以生成Q值百分比柱形堆积图。

Q plot的绘制有4种方法：1.根据网上所说的的教程2.合并后Q矩阵可以在Excel中插入条形堆积图，生成需要的图形；3.可以将格式整理成STRUCTURE软件的结果文件中，对应的替换掉一个run 的相应位置，用STRUCTURE结果文件生成Q值条形堆积图；4.根据Q值大小进行排序，使用GraphpadPrism5.0软件，生成根据CLUSTER进行分类的Q值条形堆积图即可。

▉GraphpadPrism5.0绘制Q plot

1.软件下载。软件官网无法下载到免费版的，可以百度搜索GraphPad Prism5.0下载破解版，根据说明书进行安装。

2.安装完成后，可以打开exe应用程序，运行软件。

3.Q矩阵整理在excel表格中，如下图所示

GraphPad Prism5.0运行成功后，显示如下界面

 在Grouped分组下面选择百分比柱形堆积图，并且Y subcolumns for replicates or ERROR bars中选择第一个选项Enterand plot a single Y value for each point，点击Create。

4.在如下界面中将excel表格整理好的Q矩阵复制黏贴到软件的数据区。

然后在Graphs那里可以看到初步生成的图。

5.参数调整。Y轴调整。双击Y轴，弹出界面

将Y轴的最大值设为1.0，如下图所示。

全选图例，拖动改变图例位置。

点击change选项下第一排的第二个选项 修改图片大小。

双击X轴，将ALL tick的两个选项都设为none，可以消除X轴下的阴影部分。

双击图例，用不同的颜色代表不同的CLUSTER，同时更改填充、样式和边缘线。

将每个CLUSTER都这样设为不同的颜色。就得到了群体结构的Q Plot。

6.图片导出。点击软件Export按钮，弹出如下界面。根据需要选择图片格式、分辨率、染色方案、存储路径和文件名。

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