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对于PDB中存在缺失loop信息的,可以使用Schrodinger软件的Protein Prepare Wizard 进行loop的修复。PDB中不存在缺失loop信息时,可以使用Schrodinger软件的Crosslink proteins进行loop的修复。但是当缺失loop残基数超过20时,这两个模块都无法正常运行,这时可以选择使用modeller修复loop。
该网址是modeller官网详细的说明教程:
https://salilab.org/modeller/wiki/Missing%20residues
值得注意的是,教程最后给出了两个脚本,一个是以缺失的蛋白PDB结构为模板进行同源模建修复loop,这样得到的蛋白骨架结构会和PDB原始结构存在小幅差异;第二个脚本是只行进loop的修复,而保持蛋白其他部分结构不变。
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GMT+8, 2024-5-28 21:55
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