高通量测序后会获得很多序列，一般公司都会进行注释，但是如果参考基因组或参考序列注释不完整的情况下，往往需要我们开展本地blast。NCBI的BLAST+是常用的程序，但是需要输入参数和语言。实践证明，这会将N多人挡在门外。为此，利用python语言特编写了一个小程序，以方便使用。

      此外，这个小程序还有一个额外的功能，即可以实现将多对引物与拟进行扩增的靶序列进行比对，尤其是设计好序列的特异性引物后，检查能否扩增出若干个相似度高的序列（如不同剪切体），即检查引物的脱靶效应时能派上用场。

下载地址：

                  链接：https://pan.baidu.com/s/1VuDFO3esJlTZPmbNV5AQGA 

                  提取码：wwr8 

使用说明： 

              1. 请提前安装NCBI的BLAST+（https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/），并按照安装说明将BLAST+加入环境变量中（参考：https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9414163.html）。加入环境变量的方法是很多软件通用的方法，仅第一次使用的时候需要，后续就不需要了。

              2. 拟比对的序列或引物以fasta格式的形式存储在记事本（.txt）文件中；相应的序列库需要是.fasta格式的文件。

              3. 将此exe文件和上述的.txt和.fasta文件放在任一文件夹中，双击后根据提示操作即可。

注意事项：

                1. 本程序仅适用于win10操作系统。

                2. 一定要将blast+加入环境变量。

                3. 有的时候报错，可能是由于所在盘的空间不够。

                4. 最后会输出2个文件，一个是简化的版本的txt文件，一个是详细的版本的txt文件，建议先浏览详细版本的文件，简化版本的有它用，推荐使用EditPlus、Notepad++（免费, https://notepad-plus-plus.org/downloads/）等软件查看。

致谢：

        1. 特别感谢温州大学肖鹏老师的帮助。

        2. python 社区（https://www.python.org/）。

        3. Biopython, CSV， BLAST+软件包的开发者、维护团队及资助者。