qiime2的richness指数

林国鹏 2021-2-6 17:48

#原文链接https://mp.weixin.qq.com/s/nB7cPb0ij0srVc_v_KG0AQ otu_table.tsv group.xls rm(list=ls()) library(tidyverse) library(magrittr) library(ggsci) library(ggpubr) otu - read.delim(otu_table.tsv,header = T,sep=\t, ...

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alpha多样性指数绘图

林国鹏 2021-2-6 17:16

#参考原文链接 https://mp.weixin.qq.com/s/Cb5NqNWCqXvGsrm5BdTyDA otu_table.tsv taxa.xls group.xls rooted_tree.tre rm(list=ls()) install.packages(pacman) #library(devtools) library(pacman) pacman::p_load(tidyverse,phyloseq,MicrobiotaProcess,ape, ...

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鸢尾花PCA分析与绘图

林国鹏 2021-2-6 13:33

参考https://www.plob.org/article/22240.html 一 载入数据集和R包 library(ggplot2) #使用经典iris数据集 df - iris head(df) #二 进行主成分分析 df_pca - prcomp(df) #计算主成分 df_pcs -data.frame(df_pca$x, Species = iris$Species) head(df_pcs,3) #查看主成分结果 #3.1 基 ...

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微生物菌群CDA与RDA分析

林国鹏 2021-2-6 12:58

参考来自宏基因组https://mp.weixin.qq.com/s?src=11timestamp=1612576794ver=2873signature=jWvM0w2wPnqc44STYsN09yIp5mGZL6Uu16vy0c0LIQ6JH5f8Sz-QXEd*BZgV0qi3zNI17KrSkwYeUuTj*Zv7VKuaqzJ0KFpI9kqTMI4kuCRLVBX-WjuChnhBUBHl*MYJnew=1 otutab.txt new_meta.txt #首先要安装devtools包，仅需安 ...

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otu分隔不同归属

林国鹏 2021-2-4 10:29

1.csv require(tidyr) df1-read.csv(1.csv,header = T) df2 - separate(df1, otu, into = c(K, P, C,O,F,G, S), sep = ;) write.csv(df2,df2.csv) ...

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