博文
- 预测蛋白质序列性质（PTM、抗原表位、亲水疏水性等）
- 目的： 通过此教程，了解Discovery Studio中预测蛋白质二硫键的操作过程。 所需功能和模块： Discovery Studio Client ，DS Sequence Analysis 所需数据文件： 1jfq.fasta 所需时间： 1 小时 介绍 Predict Protein Sequence 功能可基于单一蛋白序列预测并计算如下性质： ...
- Discovery Studio（Help-Tutorials） 采用QMMM的方法对配体结构在活性位点中进行优化
- 目的： 采用QM/MM的方法对配体结构在活性位点中进行优化。 所需功能和模块： Discovery Studio Client, DS CHARMm。 所需数据文件： 1UZE.dsv 所需时间： 1小时 介绍 本教程中，对一个配体分子将对接到human testicular angiotensin I-converting enzyme中，采用QM/MM的方 ...
- Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials） 构建基于分子共同特征的药效团模型
- 目的： 通过此教程，了解Discovery Studio中构建基于分子共同特征的药效团的操作方法及结果分析。 所需功能和模块： Discovery Studio Client ，DS Catalyst Conformation，DS Catalyst Hypothesis，DS Catalyst Score。 所需数据文件： 5HT2c_ligands.sd ，sulfonamide5HT2c_ligands.sd，sampledrugs ...
- Discovery Studio官方教程-使用Flexible Docking进行柔性分子对接
- Flexible Docking – 全柔性受体 - 配体对接技术 目的： 受体和配体柔性均考虑的分子对接 所需功能模块： Discovery Studio Visualizer client ， DS LibDock ， DS Catalyst Conformation ， DS CHARMm 及 DS Protein Refine 所需数据文件： 1s1x_prot.dsv 和 1fk9_lig ...
- Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials） 定义蛋白活性位点以进行分子对接
- 目的： 采 用 Discovery Studio ，以一个蛋 白为实例，示范 定义受体 结合位点的操作过程。 所需功能和模块： Discovery Studio Visualizer client 所需数据文件： 1kim.pdb 所需时间： 10 分钟 介绍 受体结合位点的定义对于分子对接和打分都非常重要。 寻找结合位点有两种方法： ...
- Discovery Studio分子对接后分析结果
- 前面我们介绍到分子对接前受体、配体的准备以及受体结合位点的定义，还以LibDock为例执行分子对接，可是对接完之后我们该怎么去分析结果呢和展示精美的分子对接图呢？ 在Discovery Studio中我们可以通过以下方法来分析分子对接结果：基础：对接结果可视化、对接打分、计算结合能；进阶：分子动力学、拉伸分子动力学。在这 ...
- Discovery Studio 分子对接前准备
- 分子对接（molecular docking）是依据配体与受体作用的“锁-钥原理” （lockkey principle），模拟配体小分子与受体生物大分子相互作用的一种技术方法。 在Discovery Studio（DS）进行分子对接我们需要进行如下操作。a. 准备受体；b. 准备配体；c. 定义结合位点。 1. 准备受体。 DS接入PDB数据库，只要输入PDB的ID即 ...
- Discovery Studio虚拟筛选
- 1. 介绍 虚拟筛选（Virtual Screening），即在进行生物活性筛选之前，利用计算机上的分子对接软件模拟目标靶点与候选药物之间的相互作用，计算两者之间的亲和力大小，以降低实际筛选化合物数目，同时提高先导化合物发现效率。 从原理上来讲，虚拟筛选可以分为两类，即基于受体的虚拟筛选（分子对接、分子动力学） ...
