科学网—IMATSOFT的博文

Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）创建2D QASR模型

杨志强 2022-11-7 10:18

目的：通过此教程，了解并掌握Discovery Studio中通过MLR和PLS方法构建二维定量构效关系模型的操作过程。所需功能和模块： Discovery Studio Client，DS QSAR。所需数据文件： trainingset.dsv，test.sd。所需时间： 10分钟介绍药物设计中，当受体的结构未知时，基于结构的药物 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）创建3D QASR模型

杨志强 2022-11-7 10:04

目的：通过此教程，了解并掌握Discovery Studio中构建三维定量构效关系模型的操作方法及结果分析。所需功能和模块： Discovery Studio Client ，DS QSAR。所需数据文件： trainingset.sd ，testset.sd。所需时间： 20 分钟介绍药物设计即试图发现能够同生物大分子靶标在形状 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）分子对接前的准备受体和配体

杨志强 2022-11-7 09:53

目的：通过此教程，了解并掌握Discovery Studio中一些基本操作。所需功能和模块： Discovery Studio Visualizer client 所需数据文件： mdm_random.sd 和1aq1.pdb。所需时间： 30分钟介绍在使用软件进行课题研究前，我们首先应该了解并掌握该软件使用的一些基本操作。为后续的 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）构建基于受体-配体复合物药效团

杨志强 2022-11-4 14:34

目的：通过此教程，了解Discovery Studio中构建及验证基于受体-配体复合物药效团操作方法及结果分析。所需功能和模块： Discovery Studio Client ，DS CatalystConformation，DS CatalystHypothesis，DS Catalyst Score，DS Catalyst SBP。所需数据文件： 2irz.pdb ，active.sd和inactive.sd 所 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）使用CDOCKER进行半柔性分子对接

杨志强 2022-11-4 13:47

所需功能和模块： Discovery Studio Client, DS CDOCKER. 所需数据文件： 1 EQG.dsv, 1EQD-ibuprofen-conf.sd, 1EQG-ibuprofen.sd 所需时间： 15 分钟介绍 CDOCKER 是基于CHARMm力场的分子对接方法，这种方法可以产生高精度的对接结果。在本教程中，天然布洛芬配体分子对接回COX-1受体 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）药物设计之片段生长

杨志强 2022-11-4 13:31

目的：采用Grow Scoffold，在蛋白活性位点内从骨架进行先导化合物优化所需功能和模块： Discovery Studio Client, DS CHARMM Lite, and DS CATALYST CONFORMATION. 所需数据文件： 1kv2_complex.dsv, 2yis_scaffold.sd, diverse_sulfides.sd, sulfide_halfreaction.rxn. 所需时间： 30 分钟 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）使用LibDock进行快速分子对接（虚拟筛选）

杨志强 2022-11-4 11:46

目的：采用Libdock，以一组配体及一个明确活性位点的蛋白质为实例，示范分子对接及结果分析的操作过程。所需功能和模块： Discovery Studio Visualizer client, DS LibDock, DS Catalyst Conformation 。所需数据文件： 1kim_prot.dsv 和kinase_ligands.sd。所需时间： 15 分钟介 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）构建及优化组合化合物库

杨志强 2022-11-4 11:32

目的：通过此教程，了解Discovery Studio中构建组合化合物库并进行优化操作方法及结果分析。所需功能和模块： Discovery Studio Client ，DS Library Design。所需数据文件： amines_35.sd ，acids_45.sd和AmideFormation.rxn 所需时间： 10 分钟介绍组合化学为发现新的药物 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）使用LUDI寻找或修改化合物骨架（二）

杨志强 2022-11-4 11:07

所需功能和模块： Discovery Studio client ，DS_Ludi，DS_De novo evolution 所需数据文件： 1fvv_protein.dsv, 1fvv_ligand.dsv 所需时间： 10 分钟介绍随着蛋白质结构解析技术的发展以及人类基因组计划的开展，对蛋白质晶体结构的研究发展迅速。怎样有效的分析这些靶点的信息以及设计 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）使用LUDI寻找或修改化合物骨架（一）

杨志强 2022-11-4 10:53

所需功能和模块： Discovery Studio client ，DS_Ludi，DS_De novo evolution 所需数据文件： 1fvv_protein.dsv, 1fvv_ligand.dsv 所需时间： 10 分钟介绍随着蛋白质结构解析技术的发展以及人类基因组计划的开展，对蛋白质晶体结构的研究发展迅速。怎样有效的分析这些靶点的信息以及设计 ...

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