博文
用于粗定位的基于基因的InDel标记
||||
查询语句:1 select * from m_indel_gene7 where "详细表编号" in (select max("详细表编号") from m_indel_gene7 where "多态类型"='I' group by "染色体","遗传距离标记" ) order by "染色体","多态起"
2 select * from m_indel_gene7 where "详细表编号" in (select min("详细表编号") from m_indel_gene7 where "多态类型"='D' group by "染色体","遗传距离标记" ) order by "染色体","多态起"
注:表m_indel_gene7在数据库:rice_indel_pcrprimers中.
I表示有日本晴插入多态,D表示有日本晴缺失多态.另外一个品种是9311.
标记名(markername)的命名规则:
Os1g1p18:0s表示水稻,"1"第1染色体,g,表示基因组.这个后面那个1表示0-10cM,p,分隔符表示后面的数字为物理距离,18表示标记位于1700 000到1800000间.
附件:
物理位置的参考序列:tigr version 5,引物设计软件:primer3,参数:'PRIMER_MIN_TM'=>50, 'PRIMER_MAX_TM'=>60,'PRIMER_OPT_TM'=>55,'PRIMER_NUM_RETURN'=>1,'PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE'=>'130-200'.
信得过,又有需要的可以试着用一下
https://m.sciencenet.cn/blog-479743-631850.html
上一篇：转座子的进化
下一篇：1159个水稻InDel标记
