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miRNA靶基因之miRLAB: 张俊鹏 2021-11-4 15:17; 写在前面前面几次主要介绍了 miRNA 靶基因的方法简介与数据库。对于 miRNA 靶基因识别方法，一般比较零散。有些方法还不开放代码，所以结果很难复现。这次就介绍一个 R 工具包 miRLAB （ https://bioconductor.org/packages/miRLAB/ ），该工具包汇总 10 多种常规方法进行 miRNA 靶基因识别。 01 ...; 个人分类: 科普|2776 次阅读|没有评论

miRNA靶基因之综合型数据库: 张俊鹏 2021-11-3 09:35; 写在前面接着前两次的介绍（ miRNA 靶基因之实验验证型数据库， miRNA 靶基因之预测型数据库），这次就轮到综合型数据库了。 miRNA 靶基因综合型数据同时含有实验验证型和计算机预测两种类型数据。在 miRNA 靶基因识别领域，综合型数据库既可以被当成真实数据（ ground truth ），又 ...; 个人分类: 科普|2074 次阅读|没有评论

机器学习软件推荐一个: 张俊鹏 2021-10-29 12:14; 写在前面谈起机器学习和数据挖掘，很多非计算机专业的人就望而却步。很重要的原因是，敲代码。这次就推荐一款无需敲代码的独立软件 Weka ，专门做机器学习和数据挖掘，用起来真的很香。当然， Weka 也为开发者提供了接口，方便用户开发新应用。 01 — Weka 之名 Weka 全称为怀卡 ...; 个人分类: 科普|3974 次阅读|没有评论

miRNA靶基因之预测型数据库: 张俊鹏 2021-10-28 10:22; 写在前面接着上次的介绍（ miRNA 靶基因之实验验证型数据库），这次就轮到预测型数据库了。 miRNA 靶基因预测型数据主要基于序列数据来预测 miRNA 靶基因（详细见 miRNA 靶基因识别）。数据库实在是太多了，这次只介绍两款常用的预测型 miRNA 靶基因数据库： TargetScan （ http://www.targets ...; 个人分类: 科普|7585 次阅读|没有评论

miRNA靶基因之实验验证型数据库: 张俊鹏 2021-10-26 12:15; 写在前面目前， miRNA 靶基因方面有三大类型数据库：实验验证型、计算机预测性和综合型。这次就先介绍两款常用的实验验证型 miRNA 靶基因数据库： miRTarBase 和 TarBase 。在 miRNA 靶基因识别领域，实验验证型数据库经常被当作真实数据（ ground truth ）来比较不同计算机识别方法的预测效果。 01 ...; 个人分类: 科普|3521 次阅读|没有评论

你想了解因果推理吗？: 张俊鹏 2021-10-22 14:27; 写在前面 2021 年诺贝尔经济学奖一半授予 David Card （戴维·卡德），另一半授予 Joshua D. Angrist （乔舒亚· D ·安格里斯特）和 Guido W. Imbens （吉多· W ·因本斯）。其中， Joshua D. Angrist 和 Guido W. Imbens 的贡献是对因果关系分析的方法学（如图 1 ）。经济学与人类密切相关，而 ...; 个人分类: 科普|2465 次阅读|没有评论

miRNA靶基因识别：下一步: 张俊鹏 2021-10-21 09:40; 写在前面在上次，我们说了 miRNA 靶基因识别的三大类方法。留下了一个问题：如何选择合适的 miRNA 靶基因识别方法呢？我的回答：每个方法都可以选择，毕竟每种方法都具有数据特异性。作为后来的人，最关心的问题是：如果我想做 miRNA 靶基因识别，下一步如何下手？这次就围绕这个问题，从数据和算力两个维度展望一下 ...; 个人分类: 科普|1606 次阅读|没有评论

miRNA靶基因识别: 张俊鹏 2021-10-19 09:27; 写在前面在前面介绍中（ miRNA 是何方神圣？），我们已经知道， miRNA 和靶基因 mRNA 通过碱基互补配对原则来完成剪切、抑制翻译和蛋白质降解过程，在调控发育过程中有重要调节功能。那么，在计算机角度，如何识别 miRNA 靶基因呢？ 01 — 基于序列数据识别 miRNA 靶基因这个 ...; 个人分类: 科普|4676 次阅读|没有评论

机器学习资源库推荐一个: 张俊鹏 2021-10-16 08:16; 写在前面在机器学习领域，训练和测试数据是很普遍的操作。尤其是在机器学习领域的晚辈：人工智能领域，训练和测试数据尤其重要，并且它还要求数据量要大。如果开发了一个新的模型（例如分类模型），那么自然就想知道该新模型表现如何。这时就需要一些基准数据集（ benchmark data ）来训练和测试。今天就推荐一个 ...; 个人分类: 科普|2118 次阅读|没有评论

miRNA富集分析之clusterProfiler: 张俊鹏 2021-10-14 09:45; 写在前面关于 miRNA 富集分析，前面介绍的都是在线工具。在线工具的主要问题是数据更新问题。地球人都知道， miRNA 与表型或者 miRNA 靶基因与表型之间的关系数据库始终处于动态。如果用在线数据库（最新版本停留在 2020 年，不知道要等几年才更新）， miRNA 富集分析结果可能存在过时问题。那么，如何保持 miRNA 富 ...; 个人分类: 科普|4019 次阅读|没有评论

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