写在前面

前面几次主要介绍了miRNA靶基因的方法简介与数据库。对于miRNA靶基因识别方法，一般比较零散。有些方法还不开放代码，所以结果很难复现。这次就介绍一个R工具包miRLAB（https://bioconductor.org/packages/miRLAB/），该工具包汇总10多种常规方法进行miRNA靶基因识别。

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miRLAB

miRLAB（图1）是合作开发的第一个R工具包。它是专门识别miRNA靶基因的干实验工具包，有单一方法也有集成方法。另外还有获取在线数据资源、验证分析和富集分析的相关实用函数。

图1 miRLAB主页

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miRLAB功能

如图2所示，miRLAB主要有三大模块：输入数据与预处理模块、miRNA靶基因识别模块和验证与后处理模块。特别地，miRLAB内的miRNA靶基因识别方法分为五大类：相关方法（包括Pearson、Spearman、Kendall、Distance Correlation、Hoeffding’s D measure、Randomised Dependence Coefficient和Mutual Information）、回归方法（包括Lasso和Elastic-net）、因果推理方法（IDA和ICP）、集成方法（Borda和BordaTopk）和其他方法（Zscore）。作为用户，输入数据至少有匹配样本的miRNA和靶基因表达数据。当然，如果想提升miRNA靶标识别精度，也可以提供先验miRNA靶基因调控信息作为输入数据。

图2 miRLAB功能模块

后话

miRLAB将多种方法融合在一个R工具包里面。给定输入数据，每种方法只需一个实用函数就可以出结果。详细情况可以查阅miRLAB的帮助文档。Enjoy it！

参考文献：

[1] Le TD, Zhang J, Liu L, Liu H, Li J. miRLAB: An R Based Dry Lab for Exploring miRNA-mRNA Regulatory Relationships. PLoS One. 2015;10(12):e0145386.

更多背景知识如下：

1. ​miRNA是何方神圣？

2. ​What？植物miRNA能够调控动物靶基因？

3. miRNA也走非主流路线！

4. Tools4miRs：只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

10. miRNA富集分析之clusterProfiler

11. ​miRNA靶基因识别

12. ​miRNA靶基因识别：下一步

13. miRNA靶基因之实验验证型数据库

14. ​miRNA靶基因之预测型数据库

15. miRNA靶基因之综合型数据库

号外，ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流，我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志（ 2020_IF = 5.246）整了个专刊，主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接：https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。