根据IFOAM的文件，有机农业以健康（health）原则、生态（ecology）原则、公正（fairness）原则、关爱（care）原则为基础。这四项原则是通过广泛征求所有相关方的意见而制定的，它们是有机农业得以成长和发展的根基，是设立有机项目和制定有机标准的指南。

1、健康原则

这一原则要求有机农业将土壤、植物、动物、人类和整个地球的健康作为一个不可分割的整体而加以维持和加强，它认为个体与群体的健康与生态系统的健康不可分割，健康的土壤可以生产出健康的作物，而健康的作物是健康的动物和健康的人类的保障。

健康是指生命系统的完整统一性，它不仅仅是指没有疾病，而是在身心、社会和生态各层面都能够维持健康。健康的关键特征是具有健全的免疫性、缓冲性和可再生性。不论在农作、加工、销售和消费中，有机农业的作用都要维持和增强整个生态系统以及从土壤最小生物直到人类的所有生物的健康。有机农业要生产出高质量和富有营养的食品，为预防性的卫生保健和福利事业做出贡献，应避免使用会有损健康的化肥、农药、兽药和食品添加剂等。

2、生态原则

有机农业应以生态系统和生态循环为基础，并与之和谐共生，共同发展。生态原则是有机农业的根本，它表明有机生产要建立在生态过程和循环利用基础之上。生物的营养和健康来自特定的生态环境，比如，栽培作物的土壤、养殖动物的牧场和鱼类等水生生物生活的水环境。

为维持和改善环境质量，保护资源，有机管理必须与当地的条件、生态、文化和规模相适应，通过系统内物质和能量的循环再生和有效管理来减少外来投入物质的使用。为实现系统的生态平衡，需要对农业体系进行设计、为野生动植物提供多样化的生境，并保持基因与农业多样性。而且，所有从事有机产品生产、加工、销售及消费有机产品的人都应为保护包括景观、气候、生境、生物多样性、大气和水在内的公共环境做出贡献。

3、公正原则

有机农业应建立起能确保公平享受公共环境和生存机遇的各种关系。公平原则要求我们尊重人类共有的世界，平等、公正地管理这个世界，这既体现在人类之间，也体现在人类与其他生命体之间。有机农业应向所有相关人员提供高质量的生活，并保障食物主权和减少贫困，其目标是生产足够的食物和其它高质量的产品。

公正原则强调所有从事有机农业的人都应当以公平的方式来处理各种人际关系——包括农民、工人、加工者、经销者和消费者等之间的关系。这一原则还要求根据动物的生理特征、自然习性及它们的健康需要来为它们提供其必要的生存条件和机会。应本着开放、平等并认真考虑环境和社会成本的态度建立生产、流通与贸易体系，并以公平公正和对子孙后代负责任的方式来管理利用自然资源。

4、关爱原则

有机农业应承担起保护当代人和子孙后代的健康以及保护环境的责任。有机农业是一个充满活力的动态系统，预警和责任是有机农业的管理、发展和技术选择所要考虑的两个关键因素。从事有机农业的人应对拟采取的新技术进行评估，对正在使用的方法也应当进行审核；要充分关注生态系统和农业生产中的不同观点和认识，不能为提高系统的效率和生产力而对人类和环境的健康和福利造成危害。

Care除翻译为“关爱”外，还含有“审慎、谨慎”的意思。有机农业在技术选择上，要报以审慎和负责的态度，即使某些新技术、新手段和新产品能够显著提高生产力，在其安全性还没有完全确定之前，也不要轻易采用，比如，当前颇受争议的转基因技术和转基因产品。有机农业要通过合理的技术选择、抵制无法预知后果的技术等方式来防止重大风险的发生，要采取多方参与的方式进行决策，所做的任何决定都应公开明了，要如实反映出各方的价值和诉求。